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文章 ROC曲线的含义

... 我们期望是TPR越大越好，而FPR越小越好。 在《TCGA-生存分析》课程中，我们就是采用多因素COX回归构建一个Risk Score ,基于Risk Score 值的划分边界不同，可以筛选出最优的预测模型。

文章 maftools 癌症组织突变频谱展示工具

...软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总，分析，注释和可视化MAF文件. 使用说明： https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html

文章 获取MOTIF 位置信息矢量图

...置于文章中，但该图片无法直接保存，而截图获得的并是不矢量图，在后续应用中可能会有麻烦。 下面我们介绍如何使用软件TBtools从xml文件中获取“motif locations”的矢量图。 1.选择工具 选择Java打开软件TBtools，这个软件有很...

问题 用EDTA流程进行植物基因组重复序列注释是否可行？

进行植物基因注释之前，需要对植物基因组重复序列进行注释，直接用EDTA流程进行注释是否可行？相比《动植物基因组组装与注释分析实操》的流程，EDTA流程是否只是遗漏了串联重复序列和小部分的反转录转座子？

问题 问一个玉米基因芯片ID转换的问题

老师： 您好！ 我最近在做玉米基因芯片的数据分析工作。但是我发现芯片文件（GPL.soft）中这些ID都很生僻（如图）,不知如何转换成传统ID？ 貌似那个TIGR ID已经绝版了？我在TIGR ID的对应网站无法下载到对应的转换文件（http:/...

文章 clusterProfiler模式物种的GO与KEGG功能富集与注释

...anthus DK 1622944 简单总结clusterProfiler包进行GO、KEGG的富集分析方法，结果输出及内置的图形展示。 #安装富集分析需要的包if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))  install.packages("BiocManager")BiocManager::install("enrichplot")BiocManager::in...

文章 单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

... sequences of these 26 fungi were compared by BLASTP with e-value < 1e-5 and hit number < 500. Then, the BLASTP result was analyzed by OrthoMCL[73] with default parameters to get the orthologous genes, and 756 single-copy orthologous genes were determined. Multiple sequence alignments of th...

问题 三代数据处理后，哪个是需要用二代数据进行矫正的？

...师好，我想请问一下，三代数据处理，已经进行了前面的分析，polish也已经完成。得到的结果如下，请问哪个是需要二代数据矫正的呢？是直接将polish.bam文件转换成fasta，进行矫正?或者将LQ进行矫正，然后与HQ进行合并呢？

问题 请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理？

Fst和pi一起做选择清除分析，报错：z Fst quantile:  0.7538857 1.410428 1.95557 2.640438  log2 Pi ratio(popa/popb) quantile:  0.4297574 0.8249645 1.297266 4.702742  Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device) Execution halted

文章 扩增子序列直接物种注释代码

...一般都会先聚类,但如果手里的序列非常少,只有几千条,那不一定能得到结果,或者就是想看看每条序列都是什么物种,那就可以使用blastn比对以后汇总结果 汇总代码如下 import re with open("results_clean_batch1.txt", "r", encoding="utf-8") as fil...

问题 SNP过滤问题

....00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析呢？代码是课上的代码：vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \     --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP 4  --maxDP 1000  \     --minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles...

文章 统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

我的数据： 一组差异表达分析结果，包括基因的名称，基因的表达量已经差异分析结果，上下调信息如下，所以我只需要第一列可以做venn图，最后一列做数量统计： 当然我的差异表达分组很多，有很多这样的文件，不同的...

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

...下载临床数据和表达数据，并自动整理成表格，方便后续分析: 如何使用命令行的方法分析数据 扫描下方二维码学习命令行分析数据，以及获得TCGA数据下载最新代码： https://zzw.h5.xeknow.com/s/3mdwk4  

文章 Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

...折叠并删除FASTA/FASTQ注释； seqtk seq -Cl60 in.fa > out.fa 05. 将多行FASTQ转换成4行FASTQ seqtk seq -l0 in.fq > out.fq 06. 对FASTA/FASTQ序列做反向互补 seqtk seq -r in.fq > out.fq 07. 根据输入的name.lst文件内容提取对应序列，name.lst文件格式...

问题 实验室买服务器，咨询一下

... 请问这个配制，内存是不是应该配的更大些？平时就是分析转录组数据，目前没有做基因组。硬盘准备换成8tb的。 另外想问一下朴赛这个牌子靠谱吗？我看他们也是组装的，好像在网上有点名气。28999元这个配制（至强铂金双...