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文章 甲基化水平计算

...位点+蓝色位点 的分母之和） 参考文献：‘Leveling’ the playing field for analyses of single-base resolution DNA methylomes

文章 tripal搭建基因组数据库网站

...ules/contrib/tripal tripalproject/tripaldocker:latest 常见错误1：The provided host name is not valid for this server.  解决办法见：https://tripal4.readthedocs.io/en/latest/install/docker.html 常见错误2： The website encountered an unexpected error. Please try again later.PD...

问题 单倍型分析报错

...要换成自己的数据，就会报错“Error in data.frame(Hap = haps, Type = infos) : arguments imply differing number of rows: 168, 0”。我已经检查了自己的文件，包括gff3文件，site文件，表型文件以及分组文件，对比了demo文件，可以非常确定，这些文件...

文章 eQTL分析之协变量计算

...henoMean(model,as.matrix(expr))#设置想要推断的隐藏因子的数目#The number of PEER factors was selected as function of sample size (N):#15 factors for N < 150#30 factors for 150 ≤ N < 250#45 factors for 250 ≤ N < 350#60 factors for N ≥ 350PEER_setNk(model,15)PEER_getNk(mode...

问题 老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

如果代码没问题，只能手动筛选么，怎么保存成domain_final.bed格式呀

问题 老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

...snp在运行perl $scriptdir/vcf_start.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp时总是出错，显示Use of uninitialzed value in division (/) at /work/scripts/vcf_stat.pl line 313.还有Illegal division by zero at /work/scripts/vcf_stat.pl line 312.运算没有结果，请问老师是什么原...

文章 人类miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 靶向数据库总结

The experimentally verified miRNA-mRNA pairs were downloaded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBase v3.0 (18), LncACTdb2.0 (22), DIANA-LncBase Experimental...

文章 TWAS分析的原理和工具

...关系。（2）建立基因表达水平与性状之间的关联。 2.FUSION Gusev et al. “Integrative approaches for large-scale transcriptome-wide association studies” 2016 Nature Genetics FUSION是另一款TWAS分析工具。其分析思想与Predixcan大致相似，第一步是构建...

文章 科研小白：生物实验做不出来是种什么体验？

...早在前几年，Nature期刊发表了一篇名为“1500 scientists lift the lid on reproducibility”的文章， 文章中公布的一项数据让学霸姐姐“豁然开朗”： 超过70%的科研工作者，在尝试重复另一位科学家的实验时以失败告终; 超过50%的研究人...

文章 NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

...负责维护，隶属于美国国立卫生研究院（National Institutes of Health, NIH）。 ENA：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home；欧洲核苷酸序列数据库（European Nucleotide Archive），由欧洲分子生物学研究室（European Molecular Biology Laboratory，EMBL）开发...

文章 筛选编码蛋白的CDS序列

...put fasta file. [REQUIRED]',required=True)parser.add_argument('-l','--len',type=int,default=300,help='seq length filter, default 300.  [OPTIONAL]',required=False)parser.add_argument('-p','--prefix',default ='demo_seq',required=False,help='Please specify the output file prefix, default demo_seq. [OP...

文章 TCGA 临床随访信息follow up 各列介绍：

...sk_factorsbarretts_esophagus_goblet_cells_presentbmibody_surface_areacause_of_responsecd4_countcdc_hiv_risk_factorscomorbiditycomorbidity_method_of_diagnosisdays_to_adverse_eventdays_to_comorbiditydays_to_imagingdays_to_progressiondays_to_progression_freedays_to_recurrencediabetes_treatment_typedise...

问题 我共线比对结果就这么点是为什么

...LUE: 1e-05# MAX GAPS: 25############### Statistics ################ Number of collinear genes: 12, Percentage: 0.05# Number of all genes: 23995############################################ Alignment 0: score=277.0 e_value=0 N=6 NW_014685782.1&NW_014685782.1 minus  0-  0: XP_014782229.1 XP_014...

问题 conet构建网络图参数设置

...rial OTUs and ARG abundancesshowed that ARGs significantly correlated with the bacterial community composition ( M(平方）= 0.5675, R = 0.7407, P <0.0001, 9999 permutations) ” 文章还列出个元素之间的spearson 系数，如下图。我想问一下，在制图过程中，怎么设置...

问题 在初次docker运行程序时发现问题

WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested