文章 密度图--ggplot2

library('ggplot2')########################画图library('reshape2')########################meltA =rep( c("A","B","C","D"),each=2)B = c(6.332968,9.368328,6.674348,4.127901,5.192845,6.652865,7.829350,6.995062)C = c(5.367671,7.286253,5.217053,3.875520,6.679444,6.127819,5.091166,7.942029)D = c(5.171107,...

问题 老师，您好。想问一下，我做的基因家族有好几个pfam文件，hmmer搜索后，除去各个文件的重复转录本，最后合并成一个文档。但这个文档还是有重复的转录本，是什么原因造成的呢？

问题 在做基因家族分析时，有几个基因能找到目标结构域，但是基因碱基数太小，与以往文献中提到的碱基数不匹配，并且在建进化树时总是出错，请问可以删除这三个基因吗

问题 基因家族鉴定方法和BITACORA相比哪个更好？

请问组学大讲堂的基因家族鉴定方法和BITACORA的方法有什么区别？哪个鉴定的基因家族更准确？

问题 基因家族鉴定方法和BITACORA相比哪个更好？

请问组学大讲堂的基因家族鉴定方法和BITACORA的方法有什么区别？哪个鉴定的基因家族更准确？

文章 蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量

...何使用MaxQuant进行蛋白质定量。但是只适用于样品少（11个样品以内）的分析，但是如果样品特别多（比如有18个样品）时，标记是不够用的，这时候可以将样品分成3组分析，每组使用6标测序。然后再使用MaxQuant定量。MaxQuant定量...

问题 老师你好！我通过blast比对获得了BHLH基因家族的目的基因，我现在想要分析这些目的基因的结构，怎么获取某几个基因的注释文件，利用GSDS官网弄出他们的结构图呢？

问题 老师您好，请求帮助！MENA分子生态网络分析时，上传200个OTU节点，但是最后显示nodes为383 （其中一部分不包括上传的节点），请问这样的结果合理吗？为什么会出现这样的情况呢

问题 老师您好，多序列比对完后构建进化树遇到了错误，建不了树，但是删掉几个序列较短的基因又能建树，这种情况怎么办，如果在筛出一些基因要怎么筛除

问题 如果是基于已知的两个遗传位点，用GWAS分方法的目的是研究这两个位点随时间序列的跟踪，处于这样的目的40个品种够吗，出于这样的目的的话对品种数量有要求吗？

问题 关于比较转录组的实验设计

我想通过转录组学对耐寒和不耐寒2个作物品种进行研究，在正常状态下，2个品种生长没差异，经过冷处理后表现明显不同。从有效性和成本来考虑，取处理前后2个点（即4个组）做全转录组分析是否可行？另外，关于生物学重...

问题 PASA预测基因数目过少

...运行PASA_assembly时，因为做的是真菌，best_candidate.gff3有6514个基因，有编码潜力的只有588个，最后筛选的high_quality_gene.gff3只有1538，过滤掉距离太短的只剩下994。您说2500个基因左右即可，但是我预测出来的基因远低于这个数值。有...

文章 组学大讲堂周年庆特大优惠---VIP最高返礼6800元！！

...价21980元的超级VIP限时限量6.9折优惠（券后15166元，限量10个名额），还送独享服务器 7.8 折券，租服务器都能省钱。 注：亦可选择原价购买享优惠差价返礼（大约价值6800元的大额返礼）。 效率火箭蹿，学习超丝滑支持双人同...

问题 老师您好，针对这个问题https://www.omicsclass.com/question/7725。你们提到：你这个数据里面是不是P值有0的情况，取了对数就无穷大了，导致出问题。但是，我发现里面没有P值为0的情况，那是不是脚本gwas_manhattan_plot.r有问题呢？需要修改gwas_manhattan_plot.r脚本的什么地方才可以解决顶部只能画半圆的问题呢？还有，我发现P-Value的原始文件有NaN的情况，是什么原因呢？是否对GWAS有影响呢？

此图是问题https://www.omicsclass.com/question/7725的GWAS图P-value的原始输入文件，红圈是最大值（但是对这个值进行曼哈顿图可视化后只有半个圆形）： 可视化的曼哈顿图：

文章 PM必须懂的4种项目管理模型

...、结构各有不同。采取抛弃型原型模型往往是为了和用户更好地沟通，大家一定要注意区分。 原型模型适用的项目特点： i 处理简单过程明确、涉及面窄的小型系统； ii 大型系统的需求阶段，用原型去跟用户交流，需求分...