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文章 多种进化树编辑处理软件

...volution.genetics.washington.edu/phylip/software.html 涉及进化树前期分析、构建、编辑美化等多方面的方法、软件等知识,感兴趣可以多了解一点。 2、http://www.treedyn.org/Tree_editors.html 这一网站也提供多种常见和主流的系统进化树编辑处...

文章 GWAS模型描述方法

.../snapshot/2018-04-07/web/packages/lmem.gwaser/lmem.gwaser.pdf GWAS关联分析课程推荐:https://bdtcd.xetslk.com/s/2KgXQq

问题 java -version是内部命令或外部命令或批处理文件

老师:        安装JDK后,设置环境变量,还是安装成功。麻烦帮我看下,哪出错了。 JAVA_HOME D:\Program Files\Java\jdk-11 PATH(为啥我的会这么长一串) %SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;%SYSTEMROOT%\System32\WindowsPowerShell...

问题 购买的《群体遗传进化》新更新的课程怎么观看

...买了《群体遗传进化》课程,后来发现新更新了两节高级分析课程。但是我之前买的课程已经到期了,整个课程现在无法看,想学习新更新的两节课程,请问该怎么学习?有什么渠道可以开放观看这部分内容吗?

问题 vcf文件如何合并

老师,做泛基因家族分析,和作者要到的文件是基于每一个参考基因组基因拿到的vcf文件,下面我应该是需要把它们进行合并,但合并所用到的bcftools,使用指令wgethttps://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.10/bcftools-1.10.tar.bz2 ...

问题 老师,我做泛基因家族鉴定时,06.SV_analysis最后得到的All.final.sv.out基因结构变异信息只有一条,请问哪里可能有问题

这个文件是空的 这个文件正常 这个文件没有变异类型,和教程示例一样

问题 您好,我是买了群体研究合辑的学员,然后我用您的代码跑BSA。我想问你们的默认两条阈值线设定的是多少?

我用我们实验室的代码跑,好像结果有点一样。想咨询一下你们的阈值。

问题 stairway-plot里的mu(每代每位点的突变率)参数怎么确定?mu: assumed mutation rate per site per generation.

怎么计算自己这个物种的突变率呀??画stairway-plot里有这个参数知道怎么算,手里有vcf文件

问题 关于基因芯片affy包rma标准化

看了GEO芯片数据标准化的视,关于affy包,请问如果后续分析需要未进行log转换数据,那我可可以对rma处理的数据进行2^x进行反对数转换?还是应该直接用mas5.0标准化?

问题 circos作图时用到的links.txt要如何得到?

已经使用MCScanX做了共线性分析得到了collinearity和tandem文件,但我用命令的水平太菜调出links.txt格式,请问有没有可以用的脚本或者工具之类的?

问题 meme中motif site和scanned site

我用meme分析motif时,部分蛋白在TBtool中显示没有motif,但网页版中motif location中显示motifsites➕scanned sites时可以看到比较矮的motif,那么怎么能在用TBtool做图时显示每个蛋白都有motif呢?

问题 关于新版BIO-LINUX共线性问题

如图,我的bio-linux是新版的,是之前课程提供的ova包,现在我在做这个共线性分析时提示没有这个模块,现在是必须要重新下最新的bio-linux包吗,可是那个有10G多,能能就是可以单独安装这一模块。请老师解答!!

问题 微生物共存网络数据

...有列为0的otu,同时也更新了taxonomy_sub,然后进行后续的分析,这一步可以过滤吧?然后我另外筛选出别的组再根据那个组的数据过滤,这一步 过滤 掉该组所有样本都为0的otu是会影响结果的吧?

文章 Science:美国P4实验室“没过安全检查”,暂停使用......

...! 因此,实验室的一些危险病原体的研究工作职被推迟,确定何时才能再次重新开始工作。 这里所说的危险的病原体可能包括:埃博拉、天花、鼠疫、炭疽杆菌等等...... 可以说非常吓人了。 如果你觉得吓人的话,可以去...

文章 git 的基本使用

...统,经常要用到git 的一些命令,记录如下: 1. 克隆一个分析流程的代码仓库 # 注意能再cluster 节点上操作,设置端口为880, 输入自己的用户名和密码 git clone http://192.168.1.100:880/root/rna_seq.git 2. 拉取master 分支 git pull master 3. ...