老师，您好。我也是做关于fst和pi的联合分析，您看方便把R脚本提供一份吗？期待您的回复
重新下载了新的bio-linux，导入虚拟机，在终端进行操作，结果win7系统的文本中复制的命令，没法黏贴到bio-linux系统的终端里。不知道是哪里出了问题。求解答。
老师您好，我购买了咱们重测序的课程。我在分析的时候遇到了vcf文件合并的困难。我的数据是两部分组成的，一部分是自己测的，现在做到gvcf了，还有一部分是从已发表的文章中的vcf文件里提取出来一部分，参考基因组是相...
做完转录组分析完之后，一般会找到一些差异表达的基因，差异表达基因中如果有转录因子的话，可以研究一下转录因子调控哪些基因的表达。首先需要知道转录因子的结合序列特征，之后基于这个特征去预测靶基因。 1. 转录...
...度慢2-3倍# -xsmall 软屏蔽，将重复序列变成小写字母，而不是N或者X。# -gff 输出GFF文件# -nolow 忽略低重复的序列# -norna 忽略Small RNA 下一步运行代码是 # 生成RepeatLandscape ； -g 设置基因组大小计算屏蔽比例 contig_size=$(esl-seqstat --d...
...ly_color, # 设置颜色 name = NULL, # 不显示图例标题 ) + scale_y_continuous( expand = expansion(mult = c(0, .1))) + # 设置y################# theme_bw() + theme(legend.title=element_blank(), axis.text.y=element_blank(), axi...
老师我做的是细菌转录组分析，按照代码跑发现最后生成不了tsv文件，请老师帮忙解答，感谢老师
...umber the height of pic inches [default 5] -W number, --width number the width of pic inches [default 8] 使用命令举例 #box图展示Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -i immu/ssgsea.res.tsv \ -m metadata.group.tsv...
我的是无参物种，做了个转录组实验，公司给的差异分析结果里，基因都是以trinity开头的ID，我在NCBI里找不到相关的信息，请问怎么知道这些基因对应的功能呢？
老师，您好！我按照组学课堂基因家族分析课程操作，输入以上命令后，检索出来的蛋白ID只有几个，这是从拟南芥数据库筛出来的。请问是不是bio-linux默认的阈值太小了？ 我使用 hmmsearch -h 找到了 --domT ，但是不会设置阈值。
老师，您好，我想问下我的蛋白质ID都是以cds的ID表示的，请问怎样转换为gene的ID，以便后续的富集分析？谢谢！
是因为只用了domain1，domain1的基因太少了吗？如果这种情况的话，分析还有意义吗？
...组建重复，因此如果没有批量下载的手段还是挺麻烦，总不能一个个点吧 一般而言有两种常见方法 1 SRA Run Selector直接获取，这个页面链接如下，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/操作也简单，直接搜索project ID号，就可以了 然...
... A B C D1 a b a c2 c k b d3 c k c c4 d e q k5 e f g l6 h g h q7 j f q k8 a b a c9 e f g l10 o o l m duplicated(dat) [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE dat是一个十行的数据框，其中第...
您好！老师。最近学习了组学大讲堂的基因家族分析课程，有个问题想请教您。 比如说我鉴定到一条NBS-LRR基因，用NCBI中的CDD工具发现它的NBS结构域是完整的，但是用Pfam数据库验证又不是完整的，让人很迷惑。 到底该怎样去...