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问题 基因表达量的相对表达

...相对定量表达，按照2^-ΔΔCt法(Livak法)计算出倍数后，想分析这个显著性， 因为我想做的是按照归一化法，2^-ΔΔCt这种形式的柱状图，这个显著性是实验组和对照组ct值的比较还是怎样比较啊，加Q1373917905有偿，

问题 参考基因组是scaffolds水平，如何进行比对

大家好，我想做一个物种的GWAS分析，但是我查到的该物种的参考基因组是组装到了scaffolds水平，请问如何利用这种参考基因组来构建index做比对。

问题 get_gene 得到的gene.txt

得到的gene.txt文件，一般怎么使用，是一个个位点到https://www.ricedata.cn/gene/查找，还是先统计。想请老师指导后续的分析。

问题 单细胞测序进行拟时分析绘制细胞骨架图

在进行单细胞测序过程中可不可以绘制细胞轨迹骨架图，此外，可不可以选择自己想要的细胞类群进行分析（不是root_cell）。

文章 R语言-文件行名重复，对行名重命名

... 此时需要对重复的行名进行重命名处理，方法一： 先不读取行名，使用make.names函数给行命名： d<-read.table("test.xls", header = T, check.names = F) row.names(d)<-make.names(d[,1],TRUE) 查看： 此时只需要把文件多余列删除： d<-d[,-1]...

问题 比较基因组绘图时报错

比较基因组分析最后一步时，运行 /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout报错，报错页面为 我的输入文件分别为 ATH.bed Anchors.simple Rapa.bed seqid layout 请问报错...

问题 重测序

我现在在做重测序数据比对和call SNP 分析，有个问题我想咨询一下：每个测序序列生成的g.vcf.gz的文件比较大，所用能一下子生成所有的g.vcf.gz文件，所以只能先生成一部分g.vcf.gz文件进行合并成vcf.gz文件，然后在生成另外一部分...

问题 GWAS获得显著位点如何去设计分子标记？

我现在通过GWAS获得了显著性位点，该怎么去设计KASP分子标记呢？通过结合表型值判断不同基因型是否存在显著差异？还是通过基因单倍型分析找到优势单倍型，通过优势单倍型的tag位点设计KASP标记？

文章 给一个fastq ID列表，输出指定ID对应的双端fastq文件：

...$0 <id><fq1><fq2><OUT1><OUT2>" unless(@ARGV==5);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[1] |" or die "$!";open my $FQ2 ,"zcat $ARGV[2]|" or die "$!";my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq');my$fq2=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ2,-format=...

问题 安捷伦双色通道：探针表达值是什么？log2（R/G）还是 log2（G/R）

...数据的正负性发生了改变，进而影响了我对logFC的判断，不知道该探针到底是上调还是下调了。

问题 我用conda 根本安装不了软件，非常慢，比如UMI-tools

...last):   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/bin/umi_tools", line 5, in <module>     from pkg_resources import load_entry_point   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3260, in <module>     def _initialize...

文章 绘制全基因组甲基化图谱

...     CHG     CHH     samplechr01   0       1000000 0.0620822859927886      0.029991922127504       0.0567165930331734      Achr01   1000000 2000000 0.0592625465859257      0.0307502898944927      0.0595774936891281      Achr01   2000000 3000000 0.0696789832473424...

问题 GEO数据挖掘中遇见的问题

老师你好， 在学习GEO数据挖掘的课程中，在GO富集分析过程中，课程用的是人的基因注释R包：org.Hs.eg.db，请问做水稻用什么基因注释R包呢？我用拟南芥的R包org.At.tair.db总是出问题。谢谢！

问题 16s双端合并后reads数减少

老师你好，我在做16s分析时，在qiime2平台上使用qiime vsearch join-pairs命令进行双端合并时，合并前每个样本里fastq文件中有100000+多reads，但合并后就只剩下500~2000左右的reads

问题 TCGA的ENSEMBL编号如何转换成gene symbol

TCGA下载下来的基因表达数据中，基因的ID是ENSEMBL编号，请问如何转换成Gene Symbol 进行下游的GSEA分析？