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问题 进化树构建模型的区别

老师您好，WAG model 和WAG with Freqs. (+F) model有什么区别呢？

问题 circos基因的名字无法显示

输入的 chr配置文件和text文件如下：

问题 Ka/Ks结果分析问题

 老师，您好。请问一下：分析基因的选择压力时，Ka或Ks等于一方或双方都为0时，要怎么分析呢？ 

问题 Fst染色体数量不对

进行Fst分析之后染色体数量不对是什么原因呢？怎么确定Fst中曼哈顿图的阈值线呢？

文章 数据分析代码2__用法

...示不全，看着不对应，实际上是几万行相互对应的，我现在想知道每个分类层级那些物种都有多少丰度，就用代码 生成了3个文件，随便看一个就是order级别各个物种在不同样本里的丰度占比这个在功能注释里用的更多，有兴趣...

问题 Docker会限制线程数吗

各位大神，在用hifiasm进行基因组组装时，线程数设置为100，但是后台发现线程数不到10个，请问这是怎么回事？

问题 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在linux  R语言安装某些R包时，出现以下报错，在网上搜了一些解决办法仍未能解决。 In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status

问题 基因家族数据准备

请问下载下来的基因组文件和注释文件查看了下是这样，能直接用吗，还是要做修改，我看基因组数据后面还有好多短的contig，要全部去除吗

问题 泛基因家族分析

不同品种基因组的保守型不是挺高的吗？为啥都是WRKY家族，成员数量差这么多，11和12是野生种，3是栽培种。基因组当时没下载错误吧。

问题 我在进行变异结果质控过滤，去掉低质量的变异结果发现我材料的变异结果都是0

hrA1   1       .       A       <NON_REF>       .       PASS    END=3   GT:DP:GQ:MIN_DP:PL      ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0: 0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:...

问题 wgcna hub基因

老师好 请问怎么从wg一个模块中找hub基因 我把cytoScapeinput-edges文件输入cytoscape中 用cytohubba计算 但是每次出来的结果都不一样 试了很多遍也不行 求解答 谢谢！

问题 将biolinuz导入虚拟机报错

verr vd vmdk invalid format报错 什么原因 怎么样才能解决呢

问题 去除异常样本的标准

老师，我的29个样本，聚类之后发现有四个样本不太乐观，如图所示，abline=2600去除了这四个样本，写文章的时候该怎么描述这里？标准是什么？图左边的Height代表什么？

问题 iTOL中如何显示bootstraps?

用mega做的进化树，存储后上传至iTOL，为什么不显示bootstraps？请问怎么设置让其显示出来。谢谢！

问题 基因家族分析

我用最新版的基因组数据进行序列相似性（blastp）和结构域分析，得到的基因家族个数只有别人文章里的一半。请问您觉得我是哪里出问题了？您有更准确的基因家族鉴定的方法嘛？