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文章 string数据库下的文件

...综合评估得出的,具体的评估方法可以根据具体的研究或分析需要而有所同。通常情况下,这个分数越高,表示两个基因之间的相互作用可能性越大。

文章 win7使用“远程桌面连接”连接到另一台计算机

...允许远程桌面连接通过其防火墙。 如果你的用户帐户需要密码即可登录,你需要先添加密码,然后才允许你启动与远程计算机的连接。 在要连接到的计算机上允许远程连接 打开“系统”,方法是单击“开始”按钮 、右...

文章 LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

...etools/genometools (github.com) LTR_retriever: 一个更加准的LTR整合分析工具 - 简书 (jianshu.com)

问题 差异基因用p-vaule筛选可以吗?

老师,您好:转录组分析时因为DEGs个数较少,用的p-vaule筛选的DEGs,审稿人一直问为什么用FDR,老师这个问题该怎么回答。 Point 6: - Line 600: DEGs were determined using p-value < 0.05 and fold change ≥ 1.5. What is the rationale behind using pvalues i...

文章 ssh-keygen和ssh-copy-id实现免密登录远程主机

...着就可以免密登录远程主机,这个过程似乎与我们想想的太一样,我们可能希望远程主机免密登录本机。这就好比我要去朋友家,我先将我们家的钥匙放在朋友家,结果我就可以随便进入朋友家里。正常来说,我家钥匙在朋友...

文章 非模式物种单细胞转录因子 SCENIC 数据库创建

... 我们从 motifs-v10-nr.Sus.tbl提取出所有的motif,并过滤掉,存在与singletons的motif grep -v '^#' motifs-v10nr_clust-nr.duck-m0.001-o0.0.tbl|cut -f 1 |sort -u > motif_all.txtls ../v10nr_clust_public/singletons | cut -d '.' -f 1 > motif_nr.txtgrep -Ff motif_all.txt motif_n...

文章 R脚本绘制多层环形饼图

...算得到。 3. 数据处理  #按照Category 的字母顺序排序(区分大小写) data <- data %>% arrange(tolower(Category)) #提取第1列和第3列 lbls<-(paste(data[,1],data[,3])) #通过第二列数值计算每个ID的百分比 values <- data.frame(Percentage = round(da...

问题 老师我的基因组都是Scaffold,没有染色体级别的基因组,这种适合做泛基因家族鉴定么。我是在BnPIR(http://cbi.hzau.edu.cn/cgi-bin/rape/download_ext)下

做JCVI做共线性分析时出现了这种情况

文章 抗体Fab段的主要功能及制备方法

...菌表达系统进行Fab抗体的表达。   由于很多抗体Fab片段能很好地结合蛋白A、蛋白G或蛋白L亲和树脂,我们通常在抗体重链的C端添加poly-histidine标签,以便于纯化。在设计构建体时,可在His标签和Fab之间加上蛋白酶识别位点...

文章 统计同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计

...做了 一个对照和处理各取了四个时期的样品进行转录组分析,每个样品3个生物学重复,共24个样品基因表达量数据; stage1stage2stage3stage4controlDAF2 DAF5DAF11DAF16caseGDAF2 GDAF5GDAF11GDAF16 以上是输入数据,CK代表DAF,T代表GDAF,样品2...

问题 重测序

重测序分析的是并行任务运行怎么出错?命令是nohup ParaFly -c  work285.sh -CPU 8 > work285.sh-4.o& , 而用并行命令 直接运行nohup sh work285.sh >work285-3.sh.o& 这个命令就报错,这是怎么回事? sh: -I: command not found warning, cmd:...

文章 细胞长好?那是你没选对细胞因子!

...把控,如今市场上的细胞因子产品琳琅满目,质量也良莠齐,到底怎么才能选到合适且优质的细胞因子呢?今天,学霸姐姐就带你了解一下。 选择细胞因子需要注意哪些问题? 首先,你应该根据实验目的及细胞因子的功能...

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

...相互调控,可以学习我的ceRNA课程。 《TCGA-ceRNA调控网络分析

文章 提取 VCF 文件中的基因型信息

...e Analysis Toolkit)GATK 提供了丰富的工具和库用于基因组数据分析。它包含了用于处理 VCF 文件的工具,可以提取基因型信息。你可以使用 GATK 的 VariantsToTable 工具来提取基因型。例如,使用以下命令可以提取所有样本的基因型:gatk ...

文章 Nature communications 评价怎么样?好投吗?

...四名男博士的瓜,相信大家都知道, 其实学霸姐姐本人是很愿意将这个事情与“女博士”挂钩, 各行各业,男男女女,好也罢,坏也罢, 这都是个人的选择,与“女”无瓜,与“女博士”这个群体也无瓜。 希望大家要...