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问题 docker运行mcscanX出现空指针

老师您好，我在docker运行共线性分析的时候，出现了这样的问题，百度说是空指针，但我不是很理解，已经检查了路径是正确的。

问题 用GATK call SNP时报错

...amtools index SRR3274663.new.sorted.bam此命令对输入文件做索引也不成功

问题 BSA结果，只有一个SNP

请问，BSA结果分析之后，QTL和G-VALUE图都很好，但是区间内只有一个snp，去掉这个snp之后就没有峰值了，是为什么？ 需要跑一下indel么？

文章 常见的植物数据库（更新-Ing）

...KEGG:https://www.kegg.jp/ 4、InterPro:https://www.ebi.ac.uk/interpro/ 5、DDBJ：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html 6、 Phytozome ：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html# 7、http://plants.ensembl.org/index.html 8、https://solgenomics.net/ 9、http://genomes.cribi.unipd.it/gra...

问题 mapman数据NA等的处理

老师，请问转录组数据用log2FC做mapman分析，数据中的NA， #NAME？，inf 等字符应该怎么处理呢？谢谢

问题 BSR-SEQ

您好老师~我在做BSR-seq数据分析的时候，总是出现Insert size out of range。我用的hasit2比对，samtools sort，然后再用java picard 来reoder，sort……。就出现了这个问题

问题 老师，想请问一下WGCNA中绘制性状与模块相关性图出现colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions

前面的代码都没有问题，运行绘制的代码的时候出现错误： 我检查了数据的格式和维度，数据的情况如下： 性状数据的具体内容如下： textMatrix矩阵内容如下： 实在是不知道问题出在了哪里。。。

问题 怎么给外地的公司发原始数据呢？

我手里有十来个转录组样品的原始数据，想寄到公司重新分析下，但是太大了，应该怎么给他们呢？

问题 MCScanX 共线性区域太少

老师好，我的基因组组装注释完用busco评估完整性96.3%，然后进行共线性分析，染色体之内和之间共线性区域很少，请问是注释的有问题吗？该怎么检查呢？

问题 聚类前后，基因总数有较大差异

请问大家，对转录组数据进行聚类分析后，发现聚类后的基因总数比聚类前的基因总数少了大约40%，这是怎么回事呀。

问题 请问老师在植物中调控开花的基因有哪些？

想做个开花基因的家族分析。

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

...异/Marker基因 Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ，执行此代码后报错：Warning: When testing 20 versus all: every gene contains at least one zero, cannot c...

问题 运行这个脚本seurat_DimPlot.r时出现报错

... such file or directory Execution halted出现palette_colors.R这个脚本不存在

问题 关于隐马可夫文件的作用和构建。

  老师你好，我做葡萄的基因家族分析，目前没有保守结构域的隐马可夫文件。还有如何通过序列比对鉴定基因家族成员？

问题 转录组学 去除核糖体

基迪奥的网站上关于转录组学的分析中提到：一般来说，在计算转录组测序基因表达量的时候，都要求去掉核糖体的，请问，在定量之前，怎样去除核糖体和线粒体片段