找到约 15 条结果

文章 bowtie2 将fasta序列比对到参考基因组

...步处理 SAM 文件,例如转换为 BAM 文件、排序或进行其他分析

文章 Perl 变量命名规则

变量命名规则: 1.要与perl中的内置变量名相同如:%ARGV,$a,$b $_ 等等 2.perl中的变量名严格区分大小写 3.建议使用大字母,小写字母,数字,下划线组合命名变量名。其他特殊字符。 变量命名示例 变量名采用 形容词_名...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本与基因组的比对

Pacbio三代全长转录组进行数据分析,得到的转录本,可以同基因组进行比对(如果有基因组的话),比对的软件很多,推荐采用GMAP。 其使用方法如下: gmap -D /share/nas1/zhangqx/testing/pacbio/ref/gmap -d ipoBat4 -f samse -n 0 -t 16 --cross-spec...

文章 qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

...ME/.config/matplotlib/matplotlibrc 课程推荐:微生物扩增子分析课程实操     微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

文章 R语言宽型与长型数据转换tidyr包

...换。而今天所要学习的tidyr包可以看作是reshape2包的进化版本,该包的作者依旧是Rstudio的首席科学家,R语言界的大神Hadley Wickham。tidyr包往往与dplyr包结合使用,目前渐有取代reshape2包之势, 是值得关注的一个R包。 在tidyr包中,有...

问题 R下GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

...且我的这个GSE没有对应的GDS。请问这样会会影响后续的分析,谢谢!

问题 蛋白三维结构预测遇到问题:当在swiss-model中选择使用模板的方法时,在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传

...ay, the structure does not apply for modelling 个人感觉是PDB文件是是出现标准,残基的排序有问题,需要重新排序,这样的话,应该怎么弄 Chains A, B of the uploaded template do not start with residue no. 1. Will be renumbered.Chain A of the uploaded template...

文章 KEGG 通路基因列表;

...个基因CYRIB ,但是在kegg官网上是有的; 可能是msigdb更新及时吧 https://www.genome.jp/entry/hsa:51571 下面自己制作最新的kEGG通路基因列表: hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("hsa") names(hsa_kegg) head(hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME) head(hsa_kegg$K...

文章 阿里云 oss linux命令行下数据使用方法

...更多示例,请参见cp(下文件)。 # 或者一条命令,需要设置配置文件: ossutil cp -r  oss://a-cloud-product/user/cache/project/XS01KF2024040319/PM-X 0319-45/ . \    --access-key-id LTfrDcV \    --access-key-secret TBAXLtPYL0IrCa \    --endpoint https:/...

文章 tar压缩解压缩命令详解

...tar包中所有文件,-x是解开的意思查看tar -tf aaa.tar.gz   在解压的情况下查看压缩包的内容压缩tar –cvf jpg.tar *.jpg //将目录里所有jpg文件打包成tar.jpgtar –czf jpg.tar.gz *.jpg //将目录里所有jpg文件打包成jpg.tar后,并且将其用gzip压缩...

文章 组学大讲堂samtools工具docker镜像使用方法:

...micsclass.com/article/1181 docker基础视课程:实验室linux生信分析平台搭建

文章 GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

...来源:1000Genomes 中的 whole genome trio 基因组重测序数据分析课程:https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ或者扫码二维码:

文章 R语言逻辑运算符与算术运算符

...执行上面示例代码,得到以下结果 -[1] FALSE TRUE FALSE TRUE 等于(!=) - 检查第一个向量的每个元素是否等于第二个向量中的相应元素。示例代码:v <- c(2,5.5,6,9); t <- c(8,2.5,14,9); print(v!=t); 执行上面示例代码,得到以下结果 -[...

文章 项目管理软件的应用现状与发展趋势

...效运行的基础。如何达到高效的目的跟管理软件的选型分开。管理软件以企业管理需求为基础,以IT技术为支撑,为企业提供数据信息的综合管理办法。随着项目管理思想逐步被接受,市面上涌现出越来越多的管理软件出现在...

问题 GEO下报错

...是看的很明白,大神讲解下。主要想知道这样对后续的分析有什么影响。 下的平台是 GPL6244[HuGene-1_0-st] Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array [transcript (gene) version]我发现bioconductor上面有HuGene-1_0-st的R package,那样的会会比GPL6244下...