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问题 序列上传

老师您好，我想问一下我在Biosample 填写样品Attributes的之后，总是说我样品名出错，用数字1.2.3，或者字母A/B/C/D...都不行，应该怎么改啊应该怎么改啊，谢谢老师

问题 CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

...reads=4" --use-jdk-inflater true --use-jdk-deflater true --reference /path/to/part.fasta $(for i in {001..300}; do echo "--variant /path/to/part_gvcf/${i}.g.vcf.gz " ;done) --intervals chr2_part1 --output /path/to/part_gvcf/chr2_part1.g.vcf.gz --tmp-dir /path/to/temp，其中“--use-jdk-inflater tr...

问题 TCGA基因表达文件中样本名称和临床资料中的样本名称不一样，如何对应？

基因表达文件中样品名称的格式是“TCGA-QH-A86X-01” 临床资料中样本名称格式是：“TCGA-MP-A4TD”

问题 利用perl脚本提取基因上游的1500bp（指定位置）序列时提示出现Incorrect parameters to subseq的错误

...75+ 基因组文件信息为：Setaria_italica.Setaria_italica_v2.0.dna.toplevel.fa网站地址：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-40/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/ 格式大概如下： 在linux系统中运行程序提示的错误：如下图

问题 FileZilla Client出错

...态:读取目录列表... 命令:PWD 响应:257 "/" is the current directory 命令:TYPE I 响应:200 Type set to I 命令:PASV 响应:227 Entering Passive Mode (130,14,29,30,195,87). 命令:MLSD 响应:550 /: Permission denied 错误:读取目录列表失败

问题 vegan包问题请教

...ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples", +      ylab = "Number of  species") > boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+") > dev.off() RStudioGD          2

问题 vegan包问题请教

...ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples",+      ylab = "Number of  species")> boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+")> dev.off()RStudioGD         2 不知道是什么原因

问题 prefetch报错

...8.0 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x8 (  !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA  ) 2022-09-27T11:33:05 prefetch.2.8.0 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR8956151' cannot be found.

文章 Mac使用FileZilla连接服务器-SSH

...illa连接服务器-SSH 文章标签： FileZilla 版权 Mac OS 10.14.x FileZilla 3.46.0 使用SSH，即通过sftp连接服务器前需要为FileZilla指明本机私钥位置。 在FileZilla中，导航栏FileZilla->Settings->Connection->SFTP->Add key file，会调用操作系...

问题 重测序

我把命令放到sh 中运行后显示日志错误 2.data_qc.sh: line 23: syntax error: unexpected end of file， 附件是命令2.data_qc.sh 1ea1d5175cd7f119f2635ceb660d9e2.jpg

文章 screen软件快捷键修改

...么办呢？ 可以创建一个~/.screenrc，并在此处添加类似 excape ^Xx 来让ctrl x 替代ctrl a ，当然你也可以使用ctrl +a 然后再输一个a来实现原本的ctrl a 的用法 在介绍一下这个screenrc的其他用法，比如原先ctrl+a的后续命令 bind c screen bi...

问题 建立索引时报错，有很多关于mRNA的错误输出文件为部分为0KB

...-, all group members must be on same seq and strand RUN CMD: retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile elepant_grass_genome.fa  unknown_refGene.txt --out unknown_refGeneMrna.fa NOTICE: Reading region file unknown_refGene.txt ... Done with 4143 regions from 1 chromosomes /public/home/...

问题 pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available

python 编译之后报错： pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available

问题 泛基因家族分析进化树构建

拟南芥的ID号怎么转化成1/2/3/4的那种形式？

问题 重测序circos运行失败

...      cwd: /work/my_reseq/8.circos       command: /share/work/biosoft/circos/latest/bin//circos -conf       /work/my_reseq/8.circos/circos.conf -outputdir /work/my_reseq/8.circos       -outputfile circos   CONFIGURATION FILE ERROR   Could not parse value for configuration pa...