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文章 TCGA数据下载

...################################################ # 设置环境参数 work_dir <- "/Users/zhangqiuxue/Lab/TCGA/TCGAbiolinks" # 设置程序参数 project <- "TCGA-STAD" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type <- "Gene Expression Quantification" workflow_type <- "HTSeq ...

问题 扩增子：真菌ITS分析unite不匹配

...qs demux-joined-filtered.qza \    --i-reference-seqs $dbdir/qiime2/unite_ver9_99_25.07.2023-Q2-2023.7.qza \    --p-trim-length -1 \    --p-sample-stats \    --p-jobs-to-start 10 \    --p-min-reads 1 \    --o-representative-sequences deblur-repset-seqs.qza  \    --o-table deblur...

文章 linux下samtools安装指南

...搜索结果如下图所示： 找到这个安装文件ncurses-devel.x86_64，安装即可： yum -y install ncurses-devel.x86_64 htslib包安装 再之后需要安装htslib包。 下载： mkdir /biosoft/htslibcd /biosoft/htslibwget https://github.com/samtools/htslib/archive/develop.z...

问题 重测序circos运行失败

...解答，麻烦您了。  *** CIRCOS ERROR ***       cwd: /work/my_reseq/8.circos       command: /share/work/biosoft/circos/latest/bin//circos -conf       /work/my_reseq/8.circos/circos.conf -outputdir /work/my_reseq/8.circos       -outputfile circos   CONFIGURATION FILE ER...

问题 微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分，进行代谢通路差异比较可视化

...应该怎么修改，谢谢老师！Rscript $scriptdir/ggpicrust2.r --daa_method $m  \     --pathway_table q2-picrust2_output/pathway_abundance.qza \     -m $metadata -o q2-ggpicrust2_output \     --top 20 --p_values_threshold 1 \     -t type  -a  A -b B  -p pathway_group_q2

文章 igraph 包安装错误

/usr/bin/ld: /usr/local/lib/liblapack.a(dgeev.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC /usr/local/lib/liblapack.a: could not read symbols: Bad value collect2: ld returned 1 exit status make: *** [igraph.so] Error 1 ERROR: comp...

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

...析 echo "Step8: difference expression analysis " cd /var/data/work/ DE_HTSEQ=/var/data/work/5.de mkdir -p /var/data/work/5.de cd /var/data/work/5.de perl -ne 'if ($_ =~ /gene_id\s\"(ENSG\S+)\"\;/) { $id = $1; $name = undef; if ($_ =~ /gene_name\s\"(\S+)"\;/) { $name = $1; }; }; if ($id &&...

问题 isoseq3 cluster 跑不出unpolished.bam

...asta movie.fl.bam --isoseq --no-pbi -j 24 3.isoseq3 refine movie.fl.primer_5p--primer_3p.bam primers.fasta movie.flnc.bam 4.isoseq3 cluster movie.flnc.bam unpolished.bam --verbose -j 24 --verbose --num-threads 24 --log-file cluster.log 本地的日志文件是： Read BAM                ...

文章 PASA 记录

...备文件： 1. genome.softmasked.fa # 软掩码之后的基因组2. all_transcripts.fasta  # 有参、无参的转录组预测转录本；以及est.fa序列3. all_transcripts.fasta.clean # 2的序列进行seqclean过滤之后的结果4. FL_accs.txt # 全长转录本序列的ID名称5. tdn.acc...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

...ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE192575&format=file" -O GSE192575_RAW.tar tar xvf GSE192575_RAW.tar #选择人的数据解压： tar zxvf GSM5751918_human_Res.tar.gz tar zxvf GSM5751918_human_Sen.tar.gz 运行完以上代码结果目录如下： 单细胞分析代码： 这里是标...

文章 从gff文件当中提取对应转录本ID的基因结构信息用于GSDS绘制结构图脚本更新

脚本名称：get_gene_exon_from_gff.pl 用法：perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_emoved_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.gff3 -out gene_exon_info.gff 输出结果（部分）： 脚本源代码： use Getopt::Long; my %opts; use Data::Dumpe...

文章 qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

alpha_diversity.py -i some.biom -m observed_species,shannon,chao1,simpson,ace,goods_coverage 在运行时报错 File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/scikit_bio-0.2.3-py2.7-linux-x86_64.egg/skbio/diversity/alpha/_ace.py", line 70, in ace raise ValueErr...

问题 docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难

...遇到困难，ascp -QT -I 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasq.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/069/SRR18033869/SRR18033869_2.fastq.gz ./，运行这个命令后报错。麻烦您能指导一下，谢谢安老师 [root@ddc2073137f4  10:50:56 /work]# ascp -Q...

文章 BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

问题： 在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI_CGG_GTA" 相同行出现非paired reads情况，导致比对出错 问题解决：采用bbmap进行f...

问题 基因家族hmmsearch时提示Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm  Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing