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问题 SNP过滤de问题

...   --recode               --stdout After filtering, kept 320 out of 320 Individuals       Outputting VCF file...       After filtering, kept 0 out of a possible 40089272 Sites       No data left for analysis!       Run Time = 2539.00 seconds 求助一下

文章 qiime1 matplotlab绘图报错解决：_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

...4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/taxa_summary_plots/ --x_width 8 --chart_type bar --bar_width 0.5Command returned exit status: 1Stdout:StderrTraceback (most recent call last):  File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/bin/plot_taxa_summary.py", line 278, in <module>    main()  Fil...

问题 FileZilla Client出错

...录列表... 命令:PWD 响应:257 "/" is the current directory 命令:TYPE I 响应:200 Type set to I 命令:PASV 响应:227 Entering Passive Mode (130,14,29,30,195,87). 命令:MLSD 响应:550 /: Permission denied 错误:读取目录列表失败

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...PCAf分析pathway_pca(abundance = abundance_data, metadata = metadata, "type") 功能丰度差异比较分析 # Perform pathway DAA using ALDEx2 method# Please change column_to_rownames() to the feature column if you are not using example dataset# Please change group to "your_group_column...

文章 Linux命令处理文件合并

...e和awk处理： 命令如下： paste file1.txt file2.txt | awk 'BEGIN {OFS="\t"} {print $1, $2, $3, $4 + $11, $5 + $12, $6, $7}'  > result.txt 使用paste命令将两个文件合并，再使用awk命令计算第4列和第5列的和，并保持其他列不变，输出以tab键分隔： aw...

问题 单细胞测序数据差异基因KEGG富集分析

...rocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc  --idtype SYMBOL报错：nohup: ignoring input Failed to create bus connection: No such file or directory please set right --idtype you input to analysis, The example ID types below are supported:   [1] "ACCNUM"      "ALIA...

文章 blast 中的e-value值如何理解？

...概念看起来就相对的比较模糊了，官方的定义是e-value：the number of hits you expect to see by chance/false positive . 对于定义里面的“by chance”，也就是随机情况下指的是什么意思不是很了解，随后查阅了一下文献，是这样解释的： by chan...

文章 【前沿研究】肺癌转移机制的新靶点-- lncRNA AC026904.1

...Long noncoding RNAs AC026904.1 is essential for TGF-β-induced migration and epithelial-mesenchymal transition through functioning as an enhancer of Slug in lung cancer cells”的文章，研究lncRNA AC026904.1在肺癌转移中的作用。发现AC026904.1在转录水平上调Slug表达，进...

文章 R实现统计中的检验方法---方差分析ANOVA

... 前言 方差分析（均数的显著性检验） 方差分析(Analysis of Variance，简称ANOVA)，又称“变异系数分析”，是R.A.Fisher发明的，用于两个及两个以上样本均数差别的显著性检验。 1.适用条件 方差分析数据必须满足3个条件即独立、...

文章 Logistic回归模型介绍及使用（附脚本）

... pvalue cutoff to choose sig gene[default 0.05] --log2 whether do log2 transfrom for expression data[optional,default: False] -o outdir, --outdir outdir output file directory[default cwd] -p prefix, --prefix prefix ...

文章 GenePred格式

...e Predictions table genePred "A gene prediction." ( string name: "Name of gene" //基因名称 string chrom: "Chromosome name" //染色体名称 char[1] strand: "+ or - for strand" //正负链信息 uint txStart: "Transcription start position" //转录起始位点 uint txEnd: "Trans...

问题 Perl SVG绘图怎么设置背景色

...> 10, #    y  => 10 #)->cdata('hello, world'); # now render the SVG object, implicitly use svg namespace #print $svg->xmlify; my $out = $svg->xmlify; open SF, ">tmp.svg"; print SF $out; 老师，利用上面的代码创建一个  width  => 40,height => 40,的画...

文章 GWAS模型介绍

...构； Zβ：标记效应（Marker Effect SNP）； Wμ：随机效应（RandomEffect），这里一般指个体的亲缘关系。 e: 残差 GWAS分析一直需要解决两个问题，一个是随着测序数据量的不断增加，计算速度已经是影响GWAS分析的一个重要问题。二...

问题 Error running system command:

...ant这几个大小为0，运行提示如下NOTICE: Running with system command <convert2annovar.pl  -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 /work/my_reseq/4.snp_indel/all.clean.snp.vcf.gz > /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput> NOTICE: Finished reading 5099177 lines from VCF file ...

文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

... 参考文献 Identification and characterization of a metalloprotein involved in gallium internalization in Pseudomonas aeruginosa. ACS Infect Dis 2019, 5(10):1693-1697. Research Topic on Pseudomonas aeruginosa, Biology, Genetics, and Host-Pathogen Interactions. Front Microbiol 2012, 3:20 ...