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问题 GEO boxplot和密度分布图的绘制

...整理后，进行密度分布图的时候， 出现上图的问题， 不是很熟悉ggplot2，不知道代码哪里进行修改。 P_density_GeneID = ggplot(datExp,aes(x=Exp))+geom_density(aes(fill=as.character(datExp$Sample),color=as.character(datExp$Sample)),alpha = 0,size=1,linetype="solid...

问题 perl脚本去除重复的hmmer搜索的转录本ID为一行，且结果ID是蛋白序列ID。

....txt 查看解答区的相似问题：老师的解答为：GFF文件可能不是标准的gff文件。我检查了自己的gff文件，第三列包含了gene,mRNA,cds等信息（标注2）。但是与拟南芥的gff文件相比，多了红色部分内容（标注1）。如图所示： 图一为我...

问题 用GenomeScope软件预测基因组偏小

...大小的时候，结果显示基因组大小是348M。但是，我做kmer分析的时候，kmer总数量是16756256187，主峰的深度是42，这样计算的话（kmer数量除以深度）基因组大小应该是397M。而且测序公司也做了基因组的SURVEY，显示基因组大小为392M...

问题 ParaAT 多序列比对 报错 2.0

... —————— 并且继续用这个结果进行下一步的合并分析时  #合并成supergene seqkit concat ./aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta 输出的结果是空的…… 用蛋白质或cds比对结果构建进化树都出现这个情况 —————...

文章 biolinux 虚拟机内存不能为written怎么解决

...到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高

文章 AI助手帮我整理GEO数据库中样本信息表格

...的问题是，样本信息往往分散在不同的表格中。要想深入分析这些数据，就需要将这些分散的信息整合到一个表格里，这个过程不仅繁琐，还容易出错，十分耗费时间和精力。 不过，现在有了人工智能的助力，情况就大不相同...

问题 甲基化图谱可以直观的展示整个基因组甲基化的情况，绘图前我们需要准备如下文件

这个文件怎么生成？我用bismark提取到甲基化信息，怎么生成那个文件用于全基因组甲基化图谱分析

问题 老师，构建泛基因列表使用的vcf文件，是下面图中的sv数据吗，下面表格包括了CHROM，POS，REF，ALT，TYPE，MAF,MIS，ANN，将这些数据整理成vcf吗？

网站为http://111.203.21.71:8000/multi-omics/variation.html    ，老师您可以帮忙看一下吗？另外，这个表格是不可以下载的，需要手动复制，麻烦您

文章 corr_network.r—ggraph包绘制展示相关性的网络图

...因分组的文件： IDgroupRBM15WRBM15BWMETTL14W -r 输入相关性分析的R值结果文件： YTHDC2ELAVL1IGF2BP2YTHDC1ALKBH5YTHDC210.100844958115642-0.1992666325759190.5461794081189540.075091821006311ELAVL10.10084495811564210.1505323855398740.2250886059097750.298942427929541IGF2BP2-0.19926...

问题 如何鉴定两个物种的相同基因家族中的具体扩张基因是那几条

...了一个家族的基因，在与相似物种的已知基因组进行比对分析鉴定，得到家族基因。发现与相似物种该基因家族相比具有扩张，建系统发育树，发现每个物种自身的家族聚类一起，我们还有什么方法可以具体鉴定那几条基因是扩...

问题 请问，如何将基因家族成员和全基因组复制事件关联起来？

...最近看了一篇基因组学的文献，文中关于基因家族进化树分析的图上（Figure 4），将基因家族成员和全基因组复制事件关联起来，请问这样的关联是怎么做的？我仔细看了文章材料方法部分，但是没有找到关于这种关联的说明，...

文章 非小细胞肺癌（GSE148071）

...P41 60 male LUSC advanced GSM4453617 P42 64 male NSCLC advanced数据读入分析：cat map.txt |while read s t;do  Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r  --count ${s}_${t}_exp.txt.gz  --project GSE148071  \       --metadata.col.name project Capture.Method Sample Tissue\       --metadata.value...

问题 docker Hub中的bio-linux镜像和 gene family 镜像有什么区别

请问docker Hub中的bio-linux镜像和 gene family 镜像有什么区别？目前看的基因家族视频是基于bio-linux的，时候有针对gene family 镜像分析基因家族的课程呢？

问题 16S课程 03.asv_taxonomy

...存不够   我的设备如何设置参数，保证能够跑下来这个分析？

问题 遗传图谱构建

....$chr" done >view.sh ParaFly -c view.sh -CPU 5 该步一直运行不出结果，demo中01.PrepareData的bin.visualize.1-12文件夹为空，部分错误代码如下： IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'pop.bin.12' warning, cmd: snpbinner visualize --out bin.visualize.12 --...