问题 在基因家族分析的时候，结构域的筛选E-value值的时候，选取小于0.0001，运行命令，结果中并没有排除掉一些大于该值的序列，3.4e-05到底等于多少，是3.4乘以e的-5次方还是3.4e的10的-5次方

如下面截图所示，想要选取e-value值小于0.0001的目标结构域，结果运行该命令的结果中，最后的那个结构域的第七行的值为3.4e-05，这个值我的理解为3.4乘以e的-5次方，其值为0.022并不是小于0.0001的值，或者这个值应该是3.4e的10的-5...

问题 各位老师好，按照组学大讲堂的方法，blast手动方法查找，得到的基因对都只符合1，两个基因相似度大于75% 2，比对长度大于75%（相对于较长的基因），但是都不符合基因在同一条染色体且距离小于100kb，请问得到的这些基因对是什么？应该不是串联重复基因吧？谢谢

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文章 定量蛋白质组分析的R软件包proteus

蛋白质组数据采用maxquant 进行鉴定和定量分析之后，还需要进行蛋白的差异表达分析。目前大部分的分析软件都是在windows 上进行分析，不方便自动化。 为了方便进行自动化的分析，可以采用一个R包proteus来完成。该软件包的下...

问题 第一张图是geo直接下载的矩阵文件，是经校准的log数值，而在按照大讲堂标准化处理的课程，我标准化处理后形成的文件不是矩阵类型，而且每个基因的值是 “一串数字；个位数”的格式（如图二所示），请老师解释一下这种数值是什么意思，我应该如何转化成矩阵那样的数据呢？

问题 群体遗传进化分析课程中，如下图所示利用run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个代码并没有在01.phylo_tree文件夹中得到supergene.phy的文件

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问题 老师好，在基因家族分析课程视频里，鉴定基因家族成员时，里面实操用的是基因组的蛋白质序列（pep文件），然而我自己的实验数据是无参转录组，我想问下，我应该用什么文件来鉴定基因家族成员呢？我看到之前有类似问题的答案是unigene或者蛋白质序列，两者有什么区别呢？

基因家族成员鉴定

问题 老师，我想问一下共线性分析时family.txt中的染色体实例上是at1,2,3,4,5，那这个数据是根据基因家族的ID代表的每条基因所在的位置得来的吗，如果我研究的物种基因家族分布在12条染色体上，那我就要写成1,2,3,4,5.....12，是这样的吗

问题 在01.phylo_tree ，文件格式转换这步，用您的docke或自安装 tassel-5 ，给vcf（23G)文件排序，排成tassel认可的序列，错误如下：Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.batto increase heap size. Included with tassel standalone zip.

问题 在全基因组选择育种课程中，所有需要预测的样本（在 pred_ID.csv 中列出的ID），必须已经存在于那个巨大的基因型文件 imputed_snp.raw 中，是否就意味着我只能预测现有群体的缺失部分？我需要预测新的群体，那这 pred_ID.csv文件该如何编写？

问题 bandage中节点的深度

问题一：在bandage中节点的深度有500X，但实际上我的测序数据只有30X，为什么bandage中和实际的深度是不同的呢？ 问题二：在bandage中，不同节点的测序深度差别很大，最低的深度有500X，最高的深度有5000X，请问是什么原因造成了...

问题 qiime2调用dada2报错

在mac上用qiime2调用dada2报错 在mac上使用qiime2调用dada2报错，请问老师如何解决？

问题 想请教一下，如果在stringtie定量后，得到的某基因有多个转录本，那么它的定量结果，即FPKM值应该如何取舍？

FAN_iscf00000040.1     StringTie     transcript     1835     3860     1000     -    .     gene_id "STRG.20"; transcript_id "STRG.20.1"; cov "13.755408"; FPKM "2.461453"; TPM "1.513562";FAN_iscf00000040.1     StringTie     exon     1835     2...

问题 我想请教一下16s高级扩增子分析中的，微生物共存网络的问题，在“确定物种间存在相互作用关系的阈值，将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0”这步中，按照视频中给的代码进行操作后报错，原因是矩阵中有缺失值，请问这个缺失值如何处理，把他如何赋值为0？