文章 用R语言进行KM生存分析

...量，采用KM算法来估计生存曲线，代码如下(summary结果只显示部分） > library("survival") > library("survminer") > kmfit<-survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung) > summary(kmfit) Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ sex, data = lung) ...

文章 绘制简单圈图—RCircos包

...染色体数据 cyto.info<-UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram #设置不显示的染色体，如c("chrX", "chrY") chr.exclude<-NULL #设置内部环形个数 tracks.inside<-3 #设置外部环形个数 tracks.outside<-0 #导入上面四个基本参数 RCircos.Set.Core.Components(cyto.info,c...

问题 gene_stat显示final_gene_stat/all_gene_structure.tsv: Permission denied

老师好，在做基因组注释的最后一步（gene_stat），将各种基因结构cat在一起时显示final_gene_stat/all_gene_structure.tsv: Permission denied。这是什么原因，我看都是root权限。

问题 您好，使用mapman时(官网下载水稻mapping信息)，但是一直显示Data does not fit mapping used (No data points mapped)!

文章 pROC包绘制ROC曲线

...8    4    Good Female  75    2  0.10  6.01 根据数据显示内容，选择：s100b对outcome进行分析 > outcome=roc(response=aSAH$outcome,predictor = aSAH$s100b)> outcomeCall:roc.default(response = aSAH$outcome, predictor = aSAH$s100b)Data: aSAH$s100b in 7...

文章 circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

...都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数： <link> #全基因组共线性     bezier_radius=0r     bezier_radius_purity=0.75     crest=0.5     ribbon=yes     file=./genome.blocklink...

文章 转录组+sRNA+降解组=7分文章

...个 pre-miRNA对应57个成熟的、新miRNA。 差异表达分析结果显示，在处理后不同时期发生表达量变化的miRNA有153个，改变筛选条件（丰度>10)，有79个miRNA差异表达，其中67个为已知的，12个为新的miRNA。通过表达谱热图可以看出同...

文章 转录组如何与其他实验手段结合？（第二篇文献）

...检测鉴定。 CaDDs与CYP716A83酵母系统共表达，生成物鉴定显示CYP716A83酶能够将多种三萜类包括α/β-amyrin C-28位置甲基分步氧化至羧基，生成三萜类酸。 CaDDs分别与其他三个候选P450酶基因酵母共表达体系均能生成三萜醇类，主要...

问题 老师 gff3文件第三列应该显示gene cds exon等符号处 没有gene符号 最后找到的文件也是空的 怎么办

问题 请问使用MCScanX绘制物种内基因共线性出现了共线性连接，但是使用circos绘制彩图的时候，为什么内部所有的线性关系都无法显示啊？

问题 运行WGCNA代码时出现下图报错，下载packageGO.db显示版本不对，是不支持最新版本吗。这一步不解决无法进行下面所有操作，请问老师如何解决

问题 老师，我的结构域搜出来全都是这种不显示我的家族GASA这种字母的，是不是就说明我的这个结构域不存在？

文章 8.28接收-毛竹bHLH基因家族分析文章解读及原文献下载

...（直系同源基因+旁系同源基因），进行Ka/Ks 计算，结果显示仅有16个基因Ka/Ks values >1，说明这些基因受到了正向选择，这说明大部分bHLH基因家族进化较慢，也说明这三个物种都已过了淘汰的进化阶段。下图部分展示： 3. 毛...

文章 Perl数组排序--sort()函数

...r', 'foo', 'moo', 'zorg' ]; 第一个输出显示了排序前的数组，第二个是排序后的。 这是最简单的情形，但是可能未必是你想要的。 比如，如果一些单词以大写字母开头怎么办？ my @words = qw(foo bar Zorg moo); @sor...

问题 picard.jar安装，已从网站上下载picard.jar 2.6.0运行jar -O picard.jar显示 Illegal option: O需要怎样改正

改为0后需要添加怎样的参数