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问题 在eclipse中安装statET时出现问题

...eclipse中安装statET时出现：An error occurred while collecting items to be installed，具体如下：An error occurred while collecting items to be installedsession context was:(profile=epp.package.committers, phase=org.eclipse.equinox.internal.p2.engine.phases.Collect, operand=, action=).Una...

问题 扩增子16s分析：heatmap plot报错

...，请问需要怎么解决？谢谢老师！ Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) :   duplicate 'row.names' are not allowed Calls: rownames<- ... row.names<- -> row.names<-.data.frame -> .rowNamesDF<- In addition: Warning message: non-unique value when setting 'row....

问题 SNP过滤问题

...滤SNP时有错误，查看输出日志发现After filtering, kept 200 out of 200 Individuals Outputting VCF file... After filtering, kept 0 out of a possible 26630017 Sites No data left for analysis! Run Time = 433.00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析...

文章 皮尔逊相关系数，并计算其p value 值

...导致的 。 采用R中的cor.test进行计算： cors <- cor.test(x,y) # 获得p_value pvalue <- cors$p.value # 获得相关系数 estimates <- cors$estimate

问题 老师，我绘制柱状图的时候，设置了填充默认彩虹色，为什么您课堂上的是偏红彩虹色（右），而我的却是偏蓝的彩虹渐变色（左）呢？谢谢老师啦，嘿嘿。

p_bar=p_bar=ggplot(dat1,aes(x=dat1[,1],y=dat1[,2],fill=dat1[,1]))+         geom_bar(stat="identity",position ="dodge",width = 0.8) p_bar

文章 R语言-相关性矩阵分析

R内置函数 cor() 可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))，可计算pearson、kendall、spearman三种相关系数。 cor函数计算的是列与列间的相关系数，得到的举证C(i,j)是第i列与第j列相关系数。  例如如下数据：...

问题 maxquant蛋白组数据搜库报错

...TAC一个数据库中的264个文件，结果报错如下maxquantImpl has stopped working.A problem caused the program to stop working correctly, Windows wil close the program and notify you if a solution is available,不知为何，希望老师可以赐教，先谢过您。 另外想请教下您。...

问题 老师您好，新安装的服务器显示镜像下载失败

error pulling image configuration: download failed after attempts=6: tls: failed to verify certificate: x509: certificate is valid for *.bjfu.edu.cn, bjfu.edu.cn, not production.cloudflare.docker.com

问题 基因家族hmmsearch时提示Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm  Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing 

问题 构建进化树

利用hummer搜索之后得到相应的序列，在构建进化树过程中，出现以下问题： （1）（2）如何删除序列差异较大的gap，若有，请给予详细的步骤

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

...o Study |REBC-THYR |Comprehensive genomic characterization of radiation-related papillary thyroid cancer in th |TARGET-ALL-P2 |Acute Lymphoblastic Leukemia - Phase II |TARGET-ALL-P1 |Acute Lymphoblastic Leukemia - Phase I |TCGA-READ |Rectum Ade...

问题 物种内共线性对数太少调节哪个数值可以多一些？

我这里有204个基因，用mcscan X做出来的物种内共线性只有四对，可以调节某个数值来增加对数吗？我反复观看了课程视频只看到了在blast比对那里有调节参数的地方，是需要修改默认参数e-10那里吗？要是修改e值是调大还是调小呢...

问题 为什么这两次是一个文件，只是改变了核数，输出的结果却不一样了

... view -bS -h - > /work/my_reseq/3.map/bwa/Z102A.bam [M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [M::process] read 1072224 sequences (160000246 bp)... [M::process] read 1072130 sequences (160000268 bp)... for i in Z102A; do > echo  "RUN CMD: bwa mem  $BWA_INDEX  $workdir/2.data_qc/...

文章 heatmap_group_plot.r 分组热图展示免疫侵润结果

....], --color color [color ...]                        color map of heatmap, give three color                        [default=c('blue', 'white', 'red')  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix pref...

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

... mydocker $ cd mydocker $ touch Dockerfile 其内容为： # Base image FROM centos:centos7 ################## METADATA ###################### LABEL base.image="centos:7" \ version="1" \ software="Biocontainers base Image" \ software.version="20200312" \ about.summary="Ba...