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文章 clusterprofile 支持的物种GO和KEGG富集分析orgdb

地址：https://www.bioconductor.org/packages/devel/BiocViews.html#___OrgDb org.Hs.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Human3org.Mm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Mouse5org.Rn.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation fo...

问题 hmmer网站搜索蛋白序列中的结构域，得到几个domain，但是序列范围重叠。

...，hits found是3即得到3个Thioredoxin domain: thioredoxin、thioredoxin_2、thioredoxin_9，但是序列范围重叠,72-174、85-172、64-173，是什么情况？实际这个蛋白序列中只有一个thioredoxin domain吗？ 用NCBI-CDD搜索的结果类似，也是给出multi-dom，但是序...

问题 合并选择区域时出现错误，请教一下，要怎么解决呢？是不是把前面的- 删掉

...rk/3.map/vcf]# sed '1d' *.selected.region.txt | bedtools merge -i - >fst_top0.5_selected_region.txt Error: Sorted input specified, but the file - has the following out of order record hic_scaffold_13100014100002.170817908590890.004903580.00525442 -0.0996961085700556FS_D selected region

文章 tensorQTL ：最高效的QTL 分析工具

...o a new virtual environment and loadmamba env create -f install/tensorqtl_env.ymlconda activate tensorqtl 总体参考： https://github.com/broadinstitute/tensorqtl?tab=readme-ov-file 有两种用法, 一种是命令行工具调用 python3 -m tensorqtl --helpusage: __main__.py [-h]...

文章 uniref50 数据库下载及格式化

...i.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz #tar zxvf taxdump.tar.gz perl split_taxid_uniref.pl division.dmp nodes.dmp uniref90.fasta.gz ./ for i in PLN MAM INV PHG PRI ROD SYN UNA VRL VRT ENV BCT ;do diamond makedb --in ${i}_uniref90.fa -d  ${i}_uniref90.fa done

文章 xargs一些常用的小技巧

...个进阶的，比如想删掉当前目录下所有的文件夹第一个‘_’后的内容，先随便生成一点无意义文件    运行下面的代码 find ./ -type d -name "*" -print0 | xargs -0 -i bash -c 'mv "$1" "${1%%_*}"' - '{}'修改当前目录下所有的123前缀的文件第...

文章 华大stereo-seq 添加上底片转换成10X格式方便scanpy和seurat读入分析

...s.tech/col1241/index.html 0.SAW流程： saw count \    --id=Demo_Mouse_Brain \    --sn=C04042E3 \    --output ./ \    --omics=transcriptomics \    --kit-version="Stereo-seq T FF V1.3" \    --sequencing-type="PE75_50+100" \    --chip-mask=./C04042E3/fastq/C04042E3.barcodeToPos....

问题 非模式物种功能注释与GO KEGG富集分析遇到问题

...注释库时，首先是保留蛋白编码基因，运行代码是：agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff  $gff --attribute gene_biotype --value protein_coding -t '!' -o P1.protein_coding.gff。再查看结果文件的时候发现不对劲，比如原本的gff文件打开是从染色...

文章 perl自动获取网页上的信息

...use LWP::UserAgent; # main function sub main {     # get params    # @_      # Within a subroutine the array @_ contains the parameters passed to that subroutine.     # Inside a subroutine, @_ is the default array for the array operators push, pop, shift, and unshift.     my $url = 'ht...

问题 客服说泛基因组分析中26Pan-genes.list对应泛基因集分析章节中的final.last.gene.pair.txt文件，但是两者之间有差异，像是缺了几列是怎么回事，如下面详述，请解答

...ndpanChrpanStartpanEndpanStrandexemplar pan-zea.v1.pan00001Zd00001aa032704_T001Zd-Gigi_PanAnd-1.chr94826216948264952+chr91960330419606076+Zm00001eb376300_T001这是玉米26Pan-genes.list的部分结果。下面的是我自己物种的部分结果 PangeneIDgeneIDSpiecesChromStartEnd Baxijiao_BXH1_...

问题 老师,请问CGVIEW中的gene.blast文件格式

...如下： Cannot parse the #PROGRAM field in the BLAST results file ./YC_bacteria_cgview/blast.txt at ./scripts/cgview_xml_builder/cgview_xml_builder.pl line 4716, <INFILE> line 0.000000. #PROGRAMquery_id    match_id    match_description    %_identity    alignment_length    ...

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

...install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at script/domain_xulie.pl line 6. BEGIN failed--compi...

问题 hmmer搜索结构域

...列，注意多个结构域分开提取 #结构域位置 grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >domain1_final.bed grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==2 {print $1,$18,$19 }' >domain2_final.bed #截取序列 seqtk subseq...

问题 在运行这段代码时出现Invalid value for '--m-metadata-file': Metadata column is of type 'numeric', but expected Categorical.

...ata中的分组整理，不同分类水平分类汇总  mkdir -p collapse_table_group mkdir -p collapse_table_group   for g in  type time;do   #这里的type group  来自metadata文件  #--p-mode <up to you, there's sum, median-ceiling, and mean-ceiling>   qiime feature-table gro...

问题 做psmc的时候，显示没有这个get_fa_by_id.pl

.../3.map/scripts/:$PATH [root@cbc85a3c34bd  16:10:01 /work/3.map/psmc]# get_fa_by_id.pl chr1.list HH14_2.psmc.fa HH14_2.Chr.psmc.fa bash: /work/3.map/scripts/get_fa_by_id.pl: /biosoft/miniconda/bin/perl: bad interpreter: No such file or directory