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文章 二倍体杂合基因组组装策略

...否存在另外一个和它同源的contig深度与其相当。结合深度信息和contig之间的同源性做杂合contig的判断。该思路的软件:Purge_haplogs、Purge_dups等;第二种基于contig自身比对相似性覆盖度情况,来判断contig是否需要保留,同时会结合...

文章 linux系统中ls命令的常用用

...查看文件权限(包括目录、文件夹、文件权限),查看目录信息等等,ls 命令在日常的linux操作中用的很多,在此给大家介绍一下ls 命令的使用方法。 一、ls命令使用介绍 ls命令格式:ls [选项] [目录名]。ls命令功能:列出目标...

文章 顺式作用元件基础知识及预测

...)。 每个html格式的结果都可以打开查看,如下图:展示信息有提交的单条序列信息(部分截图)和鉴定到的顺式作用元件。点击顺势作用元件左侧的“+”号可以查看更多具体信息,系统并会用同样颜色在promoter序列中标注出顺...

文章 linux下samtools安装指南

序列比对(将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对)是高通量测序数据分析中最重要的一环,无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的,比对结果格式比较常见的是sam和bam文件,例如转录...

文章 pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

pheatmap 绘图出现报错信息类似: Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11) 出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。 其一是原数据中本身存在NA等情况,...

文章 单细胞转录组测序简介

...间存在异质性,这样的数据丢失了细胞与细胞之间的差异信息。而单细胞技术能够检测到混合样品内单个细胞的表达谱,弥补了传统测序技术的缺陷。注:单细胞测序技术示意图 目前的单细胞测序方法 目前常见的单细胞测序方...

文章 biolinux虚拟机不能为虚拟机打开一个新任务,或者一直黑屏解决办法

报错信息:不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务.VT-x is disabled in the BIOS for all CPU modes (VERR_VMX_MSR_ALL_VMX_DISABLED).返回 代码: E_FAIL (0x80004005)组件: ConsoleWrap界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed} 报错截图: ...

问题 isoseq3 cluster 跑不出unpolished.bam

...时,一直运行,且得不到结果,本地日志文件也没有报错信息,cluster.log没有信息。 1.ccs m062922.subreads.bam movie.ccs.bam --noPolish --minPasses 1 -j 24 2.lima movie.ccs.bam primers.fasta movie.fl.bam --isoseq --no-pbi -j 24 3.isoseq3 refine movie.fl.primer_5p--prime...

文章 文章问题撰写及发布审核要求

...敲进去么?在这里,还有一个比较特殊的情况,就是错误信息算不算代码,可不可以用截图代替?在这里,给出明确的答复:算。大部分的错误信息,包括浏览器的出错,c, java等预编译语言的运行时错误,都是一个简单的文本...

文章 NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

...016/12/23/converting-lots-of-gi-numbers-to-accession-version/ 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

文章 使用DNA序列做主成分分析(PCA)——R语言adegenet包

...jsl PC1 PC2 PC3 67.789393 23.930861 8.279746 3、分组信息 自己随便构造一个分组信息,然后用散点图加置信椭圆的方式展示结果 df.pca.scores$population<-ifelse(df.pca.scores$PC1>0,"pop1",                                 ifelse...

文章 boxplot绘图中的离群值Outliers 如何去除

...到结果可以这样: OutVals = boxplot(x, plot=FALSE)$out 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高 ...

文章 Mapchart 添加标尺

...家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 rsync 介绍

...-v" 或 "--verbose": 这个选项用于在标准输出中显示更多详细信息,包括正在同步的文件和目录。"-z" 或 "--compress": 这个选项用于压缩数据传输,以减少网络带宽的使用。"--delete": 这个选项用于删除目标服务器上不存在的文件和目录...

文章 DNA SequenceLogo

...图片,点击Save进行图片保存,结果可如下: 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理...