已经使用MCScanX做了共线性分析得到了collinearity和tandem文件，但我用命令的水平太菜调不出links.txt格式，请问有没有可以用的脚本或者工具之类的？
...status" > object.size(geneID)88 bytes 5、rm()删除一些不需要的变量（使用gc()进行Garbage collection） > rm(geneID)> rm(patientData)> rm(patientID)> rm(age)> gc() used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)Ncells 999611 ...
我用meme分析motif时，部分蛋白在TBtool中显示没有motif，但网页版中motif location中显示motifsites➕scanned sites时可以看到比较矮的motif，那么怎么能在用TBtool做图时显示每个蛋白都有motif呢？
如图，我的bio-linux不是新版的，是之前课程提供的ova包，现在我在做这个共线性分析时提示没有这个模块，现在是必须要重新下载最新的bio-linux包吗，可是那个有10G多，能不能就是可以单独安装这一模块。请老师解答！！
...有列为0的otu，同时也更新了taxonomy_sub，然后进行后续的分析，这一步可以过滤吧？然后我另外筛选出别的组再根据那个组的数据过滤，这一步 过滤 掉该组所有样本都为0的otu是不会影响结果的吧？
...! 因此，实验室的一些危险病原体的研究工作职被推迟，不确定何时才能再次重新开始工作。 这里所说的危险的病原体可能包括：埃博拉、天花、鼠疫、炭疽杆菌等等...... 可以说非常吓人了。 如果你觉得不吓人的话，可以去...
...统，经常要用到git 的一些命令，记录如下： 1. 克隆一个分析流程的代码仓库 # 注意不能再cluster 节点上操作，设置端口为880， 输入自己的用户名和密码 git clone http://192.168.1.100:880/root/rna_seq.git 2. 拉取master 分支 git pull master 3. ...
我早运行重测序分析中的命令进行质控 gatk --java-options "-Xmx300g" VariantFiltration -R $REF -V $workdir/4.snp_indel/GATK/CP162209.1.recode.vcf.gz \ --filter-expression "QD < 2.0 || FS > 60.0 || MQ < 40.0 " \ --cluster-window-size 5 --cluster-size 2 --filter-...
...将VCF文件转换成各种格式的SFS文件，可以用于其他软件的分析。 输入文件有两个，一个是VCF文件，另外一个是VCF文件中样本的分类文件。 sample1 pop1 sample2 pop1 sample3 pop2 sample4 pop2 他的使用一般有两步，第一步是运行preview，确...
...的比后者的基因组小了4Mb,我应该用哪个结果用于后续的分析呢？
...修改，视频中展示的是拟南芥的MADS box基因家族的共线性分析，下方的这个rule 就只有几个染色体之间的对比，想问下有没有人知道这个地方具体怎么修改。是根据基因组中所有有共线性的区段所在的染色体进行对比，还是只写...
...获得的WRKY_domain_new_out.txt文件，如下图： 图1 图2 老师分析完，此WRKY_domain_new_out.tx文件中有图2 的描述部分。 在棉花的gff文件中，我也利用老师的脚本只获得图1的内容（如图3），但图2描述部分是空的（如图4），不知是什么...
我是想重点关注糖代谢的，转录组数据显示starch and source显著富集，但在做转录代谢联合分析时，发现与糖代谢有关的kegg通路代谢物有变化的只有一个，请问这该怎么办
library(dplyr)library(ggplot2)library(RColorBrewer)#library(GWAScFDR) #library(condFDR)library(cfdr)mycol=c(brewer.pal(7,"Set2"),rev(brewer.pal(8,"Set1")),brewer.pal(8,"Set3"),brewer.pal(12,"Paired"),brewer.pal(8,"Dark2"),brewer.pal(7,"Accent"))stratifiedQQplot = function(p1,p2, ...
在基因家族分析的视频学习中，设置好所有步骤并成功安装Docker Desktop后，根据老师的教程输入命令进入虚拟机时一直报这个“New state of 'nil' is invalid”。尝试卸载Docker Desktop后重启电脑重新安装还是这样。这种情况应该怎么办呢...