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问题 利用MeV绘制基因热图时出现问题

...档的分隔符制图,上传时候并没有默认第一列为基因ID,显示紫色背景,显示There is no spot data available,请问这个问题怎样解决?

问题 tassel 画进化树报错

... supergene.phy -format Phylip_Intersupergene.phy文件晒出的核酸序列唯一

问题 基因家族共线性绘图时,画出来的图上只有一对基因连了红线

这个是我的基因家族的分析文件中有一对基因,这个我的基因家族文件里面含有三对基因;                                                                  这个是菠萝发表的文章,一些基因对...

问题 WGCNA-MAD

... operator我查了下是什么“非数值参数为二进制运算符”,是太明白怎么回事。Genedata.xls 麻烦老师看看怎么回事我后来发现,好像需要基因在行排列,那样可以出现上面那个error,fpkm = read.table("data.txt",header=T,comment.char = "",che...

问题 在建立索引时出错,输出文件都是0KB

[majieyu@mgt02 ref]$ singularity exec /public/home/majieyu/perl5/gwas-sif/reseq.sif sh $scriptdir/index.sh elepant_grass_genome.fa elepant_grass_genomenew.gff INFO:    Converting SIF file to temporary sandbox... REF: elepant_grass_genome.fa GFF: elepant_grass_genomenew.gff GTF: mv: cannot sta...

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...胞模型可以与药物筛选和其他治疗研究相结合。 案例分析 利用CRISPR介导的基因敲除MC-3T3,发现一种预防或逆转骨质疏松症的新途径: 骨质疏松症是一个巨大且日益严重的公共健康问题。骨质疏松症以低骨量和骨微结构缺...

文章 linux 常用的解压命令

...FileName.bz2 解压2:bunzip2 FileName.bz2 压缩: bzip2 -z FileName 5、.tar.bz2 解压:tar jxvf FileName.tar.bz2 压缩:tar jcvf FileName.tar.bz2 DirName 6、.bz 解压1:bzip2 -d FileName.bz 解压2:bunzip2 FileName.bz 压缩:未知 7、.tar.bz 解压:tar jxvf FileName.ta...

问题 如何查找某一种功能基因,比如所有的热激蛋白基因,并确定基因数目?

刚刚开始分析我的转录组数据,菜鸟一枚。我用hsp和heat shock protein这两个词搜索过我的注释的差异基因数据,得到了一些热激蛋白基因。但是许多gene-id都注释为同一个基因名称,而且gene-id比对到同一个NR ID,那请问在分析转录...

问题 r读取数据报错did not have 66 elements

这个文本是我直接从excel表复制的,知道出现什么问题,r无法读取

问题 cytoscape如何将选中的node按一定顺序排列?

ceRNA包括lncRNA, miRNA和mRNA, 我想把它们排成三个圆形,lncRNA放在最里面,miRNA放中间,lncRNA放最外面,可是怎么移动它们呢?可能一个个手动移动吧? 这个图怎么转化成下面这个图:

问题 SSR批量设计引物

我用misa跑了一个cap3处理过的序列quercus(里面有418contigs),是应该出现产生结果文件序列名quercus.fasta.misa(以表格的形式列出微卫星的类型和位点)和quercus.fasta.statistics(统计微卫星的类型和数),而是出现一堆txt格式的,con...

文章 R语言、ggplot2的简单绘图(1)

#包的安装 install.packages("ggplot2") #包的加 library(ggplot2) #用内置数据画散点图 a<-ggplot(diamonds,aes(carat,price))#赋值给a a+geom_point() #出图 注:需在英文状态下输入 如果错误,请联系我,谢谢!先试试能用这个!

问题 我在运行MCScanX时报错,以下是我的输入文件和报错截图

GFF文件,由于我分析的物种只装配到了scaffold水平,第一列中我把前面scaffold单词删除了只留下了数字 这个是collinearity文件,相应的我把scaffold单词删除了只留下了数字 这个是family.ctl,我只写了我研究的基因所在的scaffold 这是...

文章 cytoscape软件安装与使用-绘制蛋白互作网络图

...java软件。https://cytoscape.org/ 2.基本使用,网络图绘制,分析等等 2.1 网络导入 导入网络数据,为txt文件两列数据就可以,如果是蛋白互作网络关系,可以从STRING数据库得到:https://www.omicsclass.com/article/1126 文件准备好之后可...

问题 GWAS计算表型数据blup时一直出错

老师,请问下我的这个为什么一直报错,我只有一年的数据,即使我加了Header那一行也会报错,我的性状是性别,二分类性状,知道能能用这个代码计算,以下是我的表型信息以及报错信息,望解答,谢谢!Group.rm_outers.txt