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问题 运行这个脚本seurat_DimPlot.r时出现报错

... such file or directory Execution halted出现palette_colors.R这个脚本存在

问题 关于隐马可夫文件的作用和构建。

  老师你好,我做葡萄的基因家族分析,目前没有保守结构域的隐马可夫文件。还有如何通过序列比对鉴定基因家族成员?

问题 转录组学 去除核糖体

基迪奥的网站上关于转录组学的分析中提到:一般来说,在计算转录组测序基因表达量的时候,都要求去掉核糖体的,请问,在定量之前,怎样去除核糖体和线粒体片段

文章 SNP检测Massarray法怎么样?中高通量大样本适用吗?

...换等。 SNP作为第三代遗传标记,分布非常广泛,在遗传分析,疾病诊治,分子育种和种群生态评估等诸多领域有十分重要的意义。 进行SNP检测的方法有很多,如直接测序法、taqman探针法、massarray法、芯片法、高分辨率熔解曲...

问题 结构变异注释步骤生成文件为空

您好,我在进行结构变异分析的时候,跑完注释这一步代码生成的All.variant_function文件为空,请问该如何解决?我的VCF文件如下图:

文章 按物种拆分blast本地库

...omy id:708403)的分类数据时,发现第一种方法提取的序列全,知道什么情况。 方法二:使用blastdb_aliastool创建数据库别名 blastdb_aliastool -db nr -seqidlist Viruses_nr.acc -out Viruses -title "Viruses_nr" 三、用分库 简单的比对,省事...

文章 linux下samtools安装指南

...知序列信息的基因或基因组进行比对)是高通量测序数据分析中最重要的一环,无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的,比对结果格式比较常见的是sam和bam文件,例如转录组Tophat分析软件输出的比对结...

问题 热图绘制需要做几次转换

老师您好,通过分析我现在得到了log2(process/ck)的数据,在绘制热图时,这批数据是否还可以再做一次归一化(scale=row)呢? 谢谢老师!

问题 在运用Linux系统命令,KA/KS,计算重复串联基因时,出现的duplication_gene文件,有点问题

在运用Linux系统命令,KA/KS,计算重复串联基因时,出现的duplication_gene文件,应该是A&B,再出现它的重复B&A,但初次之外,我生成的文件,A&B出现后,又出现A&B,且两次数值还一样

文章 Mac | Mac M 芯片应用意外退出问题

...的 Apple Silicon M1/2 芯片后,原来 Intel 架构的应用在 M1/2上兼容了,这需要应用厂商对自家的应用针对 Apple Silicon M1 /2进行原生适配更新,需要大量的时间,而且还有很多应用厂商在更新自家应用了。 所以苹果为了这段时间...

问题 按照脚本做出pca、structure图

请问老师,按照脚本做,为什么我得到pca和structure的图呀,导致后面没法分析

问题 老师您好,在经过您的2024转录代谢培训班后,我自己运行WGCNA是出现卡住的问题

...- TOM # 调用层次聚类函数 用R跑代码到这句的时候就卡住动了,之前跑过样本量更大的数据都可以正常运行,我尝试过重启和减少数据量,最后都会卡在这块,请问老师这是什么原因啊,再有想请问老师如何筛选用来做WGCNA的...

问题 gvcf合并成vcf文件

老师好,由于时间等某些原因。先把10个样品的gvcf文件合并了生成一个all.vcf后续分析,然后其他几十个样本的gvcf生成之后,是直接和all.vcf可以合并吗?还是说只能和前10的gvcf合并?

问题 linux(虚拟机) 安装Aspera的方法?

老师你好,我按照网上的方法,用家族分析的BIO-Linux:Wget+网址  下Aspera怎么能连接出去呢?是是虚拟机用错了?

问题 hisat2中提示"/work/my_rnaseq/ref/Gmax_508_v4.0.fa" does not exist

查了路径,设置好了,也重新进入docker重设路径了,还是想,一直提示存在