文章 部分基础绘图函数隐藏坐标轴（并重绘）

...轴刻度              labels  对应将在坐标轴刻度位置显示的标签                 LETTERS是R内置的一个常量，此处取其中24个元素（https://www.omicsclass.com/article/549） 对y轴进行隐藏后，同样可以利用axis进行重绘。 其他的一...

文章 pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息）

...，基于这个信息可以输出排序后的矩阵，从而获得与热图显示顺序一致的文件结果： > newOrder=mat[list$tree_row$order,]> newOrder              CK-WT-1      CK-WT-2      CK-WT-3   CK-tdr1-1   CK-tdr1-2   CK-tdr1-3AT1G01030   ...

文章 ggtree绘图lable显示不全如何调整

...系统发育树文件并进行绘图。 当使用ggtree绘图出现lable显示不全的情况： p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tiplab(size=4)+ geom_text2(aes(label=label, subset = !is.na(as.numeric(label)) & as.numeric(label) > 1...

问题 基因家族分析预测顺势原件时，得到的Ptomoter文件中原来43个基因只有29个显示启动子序列，其余19个无序列信息

问题 老师，您好，按照教程，启动镜像后，要设置路径变量，按要求运行代码后，输入进入refdir的命令，显示没有这个文件夹，这是怎么回事？

问题 老师，我在做dadi分析的时候，发现没有代码里显示的easySFS.py的脚本，给的文件里也没有，就一直报错

问题 为什么我的WGCNA分析运行到这一步就卡住了，但是显示分析中，WGCNA分析如何筛选数据啊，恳请各位大佬帮帮忙

... 0) dissTOM <- 1 - TOM # 调用层次聚类函数 之后，R就一直显示运行，之前尝试的时候并没有产生这种情况，请各位大佬帮忙解答一下，还有就是请问一下啊如何筛选计算WGCNA的数据

问题 R下载GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

...GSE, GSEMatrix = TRUE, AnnotGPL = TRUE,destdir = workdir)后有一段红字显示： Parsed with column specification:cols(     ID_REF = col_character()     GSM1625995 = col_double()     ....     ....）File stored at: F:/GEO/20180605/Download/GSE66597/GPL6480.annot.gz     但是我...

文章 网络概念以及Cytoscape导入数据格式理解（ceRNA等多元关系网络数据）

...数据文件去理解，很多人以为这样两列格式的对应关系，显示的是一个二元关系网络？ 三元关系网络甚至四元关系等多元关系网络的数据呢？毕竟可能存在对象A和B作用进而间接和C有了作用？ 例如ceRNA网络中经常会有多元关系...

文章 利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

...保守结构域的条目，例如NB-ARC会跳转到它的主页。下图就显示了NB-ARC在pfam数据库的登记号，不过是以pfam开头，后面跟数字，想要在pfam数据库使用这个登记号，将pfam改为大写的PF后面数字不变。 下载蛋白保守结构域的hmm文件 ...

问题 老师好，我在使用TBtools时出现了一些问题，一些功能无法使用，如gtf sequence extractor，报错如图，不显示下拉选项，换了许多版本也还是存在这个问题

在使用TBtools时出现了一些问题，一些功能无法使用，如gtf sequence extractor，报错如图，不显示下拉选项，换了许多版本也还是存在这个问题，希望能得到解决，十分感谢！！！

问题 老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

本地镜像导入：系统运行时

问题 pheatmap做cutree,分成了4组，怎样知道每组中都有谁，每组有多少个基因呢?我数据量比较大，不能全部显示

问题 pheatmap做cutree,分成了4组，怎样知道每组中都有谁，每组有多少个基因呢?我数据量比较大，不能全部显示

问题 pheatmap做cutree,分成了4组，怎样知道每组中都有谁，每组有多少个基因呢?我数据量比较大，不能全部显示