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文章 QIIME1格式转换

...式同otu_table后跟物种注释） 2.转换成biom格式文件：（docker上下载QIIME1镜像） biom convert -i mat.txt -o otu_table.from_txt.biom --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy --to-hdf5 3.在运用QIIME1脚本进行分类： 不同水平下相对丰度文件：...

问题 请问老师，我重新修改了软链接，但是基因组序列文件和注释文件批量链接还是出错，为红色

...是这样 基因数据在这个位置，这是我新修改的软链接，docker run -it --name pangenefamily --group-add keep-groups -v ~/pan-gene-family/:/work -v /home/us367/pan-gene-family/pan-gene-family_maize/data:/work/pan-gene-family_maize/data -v /home/us367/pan-gene-family/pan_gene_list/da...

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

...在做基因组注释时，PASA_assembly中，seqclean报错，使用的是docker的镜像，已添加export USER='me'   报错信息如下： /work/zhushi/04.PASA_assembly/UniVec seqclean running options:  seqclean all_transcripts.fasta -c 10 -n 10000 -v ./UniVec  Standard log file: seqcl_...

文章 紧扣2025国自然热点--10+研究培训总有你需要的！

... ①课程针对0基础学员设计，半自动化分析； ②采用docker虚拟机技术，不同操作系统保持一致分析步骤； ③云服务器上教学，避免电脑性能不足； ④提供回放视频，两年内可反复学习； ⑤问答社区解决售后技术问题。 报...

问题 老师，在使用 perl ../script/get_fa_by_id.pl进行基因家族成员顺势作用原件分析与展示时程序报killed

这里用的是玉米基因组2.1G， 开始搭建镜像时docker run -m 10G --cpus 2 --rm -v C:/gene-family:/work -it omicsclass/gene-family:v1.0.1 给了10G, 然后不管是使用perl ../script/get_promoter.pl ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa mrna_location.txt promoter.fa还是拆...

问题 老师，您好，我按照课程安装doekcr，下载了群体遗传学的镜像，在启动镜像的时候总是显示错误，请问老师该如何解决呢？

...下载了群体遗传学的镜像，在启动镜像的时候执行指令：docker run --rm -it -m 4G --cpus 1 -v /home/share/pop-evol:work omicsclass/pop-evol-gwas:latest 总是显示Error response from daemon：failed to create task for container: failed to create shim task: OCI runtime create fa...

问题 Raw-mode is unavailable courtesy of Hyper-V. (VERR_SUPDRV_NO_RAW_MODE_HYPER_V_ROOT).

尝试安装过docker desktop，导致toolbox无法启动 Windows10无法完全关闭Hyper-V导致VirtualBox 虚拟机无法启动 Raw-mode is unavailable courtesy of Hyper-V. (VERR_SUPDRV_NO_RAW_MODE_HYPER_V_ROOT). 返回 代码:E_FAIL (0x80004005)组件:ConsoleWrap界面:IConsole {872da645-4a...

文章 biolinux共享目录文件夹建立及注意事项

...大讲堂不再支持vbox中的biolinux，转向用更好的虚拟机工具Docker，学习安装使用课程见： https://zzw.xet.tech/s/3Rcvt0   更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接...

文章 组学大讲堂周年庆特大优惠---VIP最高返礼6800元！！

...答疑，专业讲师指导，学习没烦恼。配套云服务器，加持docker镜像，学完就能练，完全不卡顿。 学习不断层，成长不停歇730天内新增课程免费学，紧跟最新科研潮流，成果文章发不停！730天内，组学大讲堂所有直播课程免费学...

问题 使用独享服务器A，256G内存，hifi组装t2t基因组（基因组1g，hifi测序60x），命令运行很久后，竟然自动kill，是内存不够吗

docker run -it -m 245G --name t2t -v ~/T75T2T/:/work omicsclass/genome-t2t:v1.1

文章 在运行R时报错缺失libpcre2-8.so.0这个共享库文件

...换/path为你的PCRE库文件所在的目录。 3.如果你使用的是Docker容器，确保在构建镜像时将PCRE库包含进去。 4.如果你使用的是Conda环境，可以尝试通过Conda来安装PCRE库： conda install -c conda-forge pcre 确保你的系统和R都有足够的权限...

文章 扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

...究微生物多样性，您选对区了吗？ 11.微生物多样性分析docker镜像使用 12.生成OTU方法如何选择，去噪还是聚类？ 13.微生物多样性组间差异分析—STAMP使用！ 14.16S rDNA你知道多少？

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...以在扩增子镜像中运行，软件安装介绍就省了：可以使用docker镜像： #下载镜像 docker pull omicsclass/ampliseq:v2.0 #启动镜像： docker run --rm -it -v ~/ampliseq/:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 参考文献： Douglas, G.M., Maffei, V.J., Zaneveld, J.R. et al....

文章 空间转录组实操课程

...图表为发表级，可以直接用于文章撰写；3. 分析环境基于docker一键搭建完成，解决了各种生信软件安装的烦恼； 4. 所有代码封装，可快速批量运行，简介高效。 5.从原始数据到分析结果，采用同一套示例数据连贯讲解，不像其...

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

..._and_load] Could not retrieve index file for '/work/genome/assembly/output/docker/GM/30.ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13g1.txt、sample.clean.counts_GATC.13g2.txt、sample.clean.counts_GATC.13g3.txt...