找到约 15 条结果

问题 使用独享服务器A，256G内存，hifi组装t2t基因组（基因组1g，hifi测序60x），命令运行很久后，竟然自动kill，是内存不够吗

docker run -it -m 245G --name t2t -v ~/T75T2T/:/work omicsclass/genome-t2t:v1.1

文章 在运行R时报错缺失libpcre2-8.so.0这个共享库文件

...换/path为你的PCRE库文件所在的目录。 3.如果你使用的是Docker容器，确保在构建镜像时将PCRE库包含进去。 4.如果你使用的是Conda环境，可以尝试通过Conda来安装PCRE库： conda install -c conda-forge pcre 确保你的系统和R都有足够的权限...

文章 扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

...究微生物多样性，您选对区了吗？ 11.微生物多样性分析docker镜像使用 12.生成OTU方法如何选择，去噪还是聚类？ 13.微生物多样性组间差异分析—STAMP使用！ 14.16S rDNA你知道多少？

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...以在扩增子镜像中运行，软件安装介绍就省了：可以使用docker镜像： #下载镜像 docker pull omicsclass/ampliseq:v2.0 #启动镜像： docker run --rm -it -v ~/ampliseq/:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 参考文献： Douglas, G.M., Maffei, V.J., Zaneveld, J.R. et al....

文章 空间转录组实操课程

...图表为发表级，可以直接用于文章撰写；3. 分析环境基于docker一键搭建完成，解决了各种生信软件安装的烦恼； 4. 所有代码封装，可快速批量运行，简介高效。 5.从原始数据到分析结果，采用同一套示例数据连贯讲解，不像其...

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

..._and_load] Could not retrieve index file for '/work/genome/assembly/output/docker/GM/30.ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13g1.txt、sample.clean.counts_GATC.13g2.txt、sample.clean.counts_GATC.13g3.txt...

文章 illumina平台转录组299/样品，组学大讲堂学员专属福利！速来报名吧！

...： ①课程针对0基础学员设计，半自动化分析； ②采用docker虚拟机技术，不同操作系统保持一致分析步骤； ③云服务器上教学，避免电脑性能不足； ④提供回放视频，两年内可反复学习； ⑤问答社区解决售后技术问题。 ...

问题 老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且也能对上，但是做domaindomain_final.bed的时候就只有一个基因，我试了WRKY和FAE1这两个家族，都会出现这种情况

这是手动找出来的基因，在docker里list也是没问题的，检查了其他文件也没问题，基因也能对上很多 这是之前WRKY的截图，只有一个，后面做FAE1也是一模一样的情况 是list里面的基因格式有问题么？文件里是这种BnaA01G0038300GG BnaA0...

文章 STAMP使用（组间差异）

...易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1.docker 生物信息工具安装 2.OTU网络图 3.R 语言入门与基础绘图 4. 转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl、R语言...

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...前期数据准备与后续进化树构建分析： #运行环境准备：docker镜像启动#镜像下载：docker pull omicsclass/pop-evol-gwas:v1.3#启动遗传进化镜像docker run --rm -it -m 4G --cpus 1  -v D:\pop:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.3#对vcf文件进行数据过滤...

文章 远程服务器登录putty（云服务器，实验室服务器等）

...程 6. 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、docker搭建生物信息分析环境、实验室linux生信分析平台搭建、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精...

问题 重复序列注释问题

老师您好，我在用 omicsclass 的docker 镜像进行基因组重复序列注释时，出现如下错误该如何解决？  W tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:64] Could not load dynamic library 'libcuda.so.1'; dlerror: libcuda.so.1: cannot open shared object file: No ...

问题 Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

...果的CV值都随着K增大而递增，用的是群体遗传进化课程中docker的代码，如下： workdir=/work #设置工作路径 refdir=$workdir/ref datadir=$workdir/data scriptdir=$workdir/scripts export PATH=$scriptdir:$PATH GROUP=$datadir/yuan.txt #LD过滤 plink --vcf  $wo...

文章 生成OTU方法如何选择，OTU/ASV?

...易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1.docker 生物信息工具安装 2.OTU网络图 3.R 语言入门与基础绘图 4. 转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl语言画...

文章 qRT-PCR相对定量计算详解 qPCR

...程 6. 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、docker搭建生物信息分析环境、实验室linux生信分析平台搭建、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精...