文章 python特殊属性和方法的详解与运用

....__dict__['color'].__del__(x)控制某个对象是否是该对象的实例 your classisinstance(x, MyClass)MyClass.__instancecheck__(x)控制某个类是否是该类的子类issubclass(C, MyClass)MyClass.__subclasscheck__(C)控制某个类是否是该抽象基类的子类issubclass(C, MyABC)MyABC.__...

问题 Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": unable to connect to 199.59.149.205:443. Do you need an HTTP proxy?

老师，请问一下我docker安装成功，怎么无法search镜像

问题 老师，做all_sample_qc时候python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

[root@73d64505fa22  22:26:35 /work/my_rnaseq/2.data_qc]# python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

问题 请问plink质控报错什么原因？

Error: --make-bed doesn't accept parameters.

问题 wrong orderBy parameter; set to default `orderBy = "x"`

dotplot(kegg,        showCategory = 10,        font.size = 12,        x = "GeneRatio",        title="Enrichment KEGG_dot") 运行这个代码，会出现报错：wrong orderBy parameter; set to default `orderBy = "x"`，

文章 GOChord_plot.r GOplot包绘制GO弦图

... GOChord_plot] -o OUTDIR, --outdir OUTDIR output file directory[optional,default cwd] -p PREFIX, --prefix PREFIX out file name prefix[optional,default GOChord_plot] -H HEIGHT, --height HEIGHT the height of the String figur...

问题 使用SummarizedExperiment包的assay提取miRNA数据的表达矩阵时报错是什么原因？

... miRNA Profiling" barcode = TNBC_barcode) GDCdownload(query,method='api',files.per.chunk = 50) BRC_DATA1 <- GDCprepare(query)####一般到GDCprepare就齐活了 library(SummarizedExperiment) BRC_TNBC =assay(BRC_DATA1) 报错：Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to...

文章 R 安装magick 报错

Error: package or namespace load failed for ‘magick’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so':   /share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/mag...

问题 老师，我提取cds ，pep用基因的ID，作为序列的ID命令。运行出来"No such file or directory; can't open file ./.longest_isoform.gff3"但是我打开输出文件看是有数据的。是不是不用管No such file or direc...提示

下面是运行图和输出文件

文章 error while loading shared libraries: libpython3.9.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

移植软件后报了上述错误 解决办法 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:软件下的lib目录

文章 awk同时读取两个文件

...“NR==FNR”我们可以对两个文件中的内容逐行合并： $cat file1 chr 1 chr 2 chr 3 chr 4 chr 5 chr 6 $cat file2 34 69 256 890 135 568 12 39 33 80 18 90 $awk 'FNR==NR{a[FNR] =$0; next} {print a[FNR]"\t"$0}' file1 file2 chr 1 34 69 chr 2 256 890 ch...

文章 vcftools使用

... 参考：vcftools使用手册 基本参数 输入参数 –vcf <input_filename> 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf <input_filename> 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf <input_filename> BCF2文件 输出参数 –out <output_prefix> 输出文件...

问题 成功安装WGCNA包后，调用时报错

...B) downloaded 3.3 MBpackage ‘WGCNA’ successfully unpacked and MD5 sums checkedThe downloaded binary packages are in C:\Users\NY\AppData\Local\Temp\RtmpYrZpG5\downloaded_packages installing the source package ‘GO.db’trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.8/data/annotation/src/contri...

问题 mRNAid_to_geneid.pl出现错误，结果文件只有一行

老师，问答页面不能显示图片，我现在有个问题:gff文件是这样的：，运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的， ，请问怎么解决啊？

问题 mRNA_to_geneid.pl从哪里下载的