文章 barplot()R语言绘制状图

...101467081Amino Acid Metabolism0.0990784610.1023070980.098133001Replication and Repair0.0640276080.081496790.077107142Energy Metabolism0.0630605790.0669996830.055660175Translation0.0486662250.0525558320.048639947Poorly Characterized0.0501483020.0474659650.049391479Metabolism of Cofactors and Vitamins...

问题 jcvi报错'LayoutLine' object has no attribute 'sizes'

我的layout文件种没有空行，先报错‘LayoutLine' object has no attribute 'color',我将layout文件edges下的e顶格写后变成了这个报错，请问老师应该怎么解决 Traceback (most recent call last):   File "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.9/runpy.py", line ...

文章 muscle新版，旧版使用的一些差别

...使用存在一些差别： 1.旧版:以muscle V3.8.31为例，muscle  -in <inputfile> -out <outputfile> -in 后加输入文件，-out 后接输出文件 -in 后加输入文件，-out 后接输出文件 即：muscle  -in in.fa -out  out.fa 2.新版以muscle 5.1版为例：m...

问题 使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

...oolkit (GATK) v4.4.0.0 10:53:02.160 INFO  GenomicsDBImport - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 10:53:02.160 INFO  GenomicsDBImport - Executing as root@1fea4655ae23 on Linux v5.14.0-284.11.1.el9_2.x86_64 amd64 10:53:02.160 INFO  GenomicsDBImport - Jav...

文章 univariate_cox_batch.r 基因表达量批量单因素cox回归分析

...onoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -m metadata, --metadata metadata                        input metadata file path with suvival time [required]  -g expset, --expset expset                        input gene expression set fi...

文章 edger_analysis.r 差异基因分析edgeR

...e/1506 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i filepath, --input filepath input read count file [required] -m filepath, --metadata filepath metadata file , required -t treatname, --treatname treatname ...

问题 做PCA分析时报错

Error in `geom_point()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `get()`: ! object 'stagestage' not found 做PCA分析时报错

文章 tsne_analysis.r 表达聚类分析

...e/1498 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i filepath, --input filepath input the dataset martix [required] -m metadata, --metadata metadata input metadata file path[required] -d dims, --dims dims set Ou...

问题 老师您好，在跑TCGA生存分析的时候，在进行lapply()的时候一直报错。Error in terms.formula(formula, special, data = data) : ExtractVars里的模型公式不对

问题 这种报错怎么解决Error in simple_vs_index(x, lazy_eval(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected

文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

...用于细菌和真菌的基因编辑。 参考文献 Identification and characterization of a metalloprotein involved in gallium internalization in Pseudomonas aeruginosa. ACS Infect Dis 2019, 5(10):1693-1697. Research Topic on Pseudomonas aeruginosa, Biology, Genetics, and Host-Pathogen Int...

问题 预测基因家族成员的顺式作用元件，提取启动子序列失败

...答，谢谢。 manager@bl8vbox[share1] perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 gene_id.txt -in1 MedtrA17_4.0.41.gff3 -out gene_weizhi.txt usage: perl test1.pl -in1  gene_id.txt -in2  genome.gff3  -out gene_location.txt %  

文章 AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color'

...绘制共线性绘图时报错如下： 运行命令如下： /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout 报错信息如下： ms.boundary', 'scipy.spatial.kdtree']12:29:39 [__init__] CACHEDIR=/home/manager/.cach...

问题 TCGA下载数据保存

下载FPKM的时候，保存结果时出现Error in read_connection_(con) : Evaluation error: error reading from the connection. In addition: Warning message: In (function (con, what, n = 1L, size = NA_integer_, signed = TRUE,  :   invalid or incomplete compressed data

问题 在BSA分析结果给的候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno中，发现与all_sample_snp.vcf对比后，发现好多SNP位点没有，请问是什么原因？

在BSA分析结果中，对候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno的SNP位点进行查看并与all_sample_snp.vcf对比发现在这个候选区域中，有些位点没有，这是什么原因？ 候选区域及候选区域基因注释的文件中，如snp位点142198是一个在父母...