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问题 预测基因家族成员的顺式作用元件,提取启动子序列失败

...答,谢谢。 manager@bl8vbox[share1] perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 gene_id.txt -in1 MedtrA17_4.0.41.gff3 -out gene_weizhi.txt usage: perl test1.pl -in1  gene_id.txt -in2  genome.gff3  -out gene_location.txt %  

文章 AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color'

...绘制共线性绘图时报错如下: 运行命令如下: /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout 报错信息如下: ms.boundary', 'scipy.spatial.kdtree']12:29:39 [__init__] CACHEDIR=/home/manager/.cach...

文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

...用于细菌和真菌的基因编辑。 参考文献 Identification and characterization of a metalloprotein involved in gallium internalization in Pseudomonas aeruginosa. ACS Infect Dis 2019, 5(10):1693-1697. Research Topic on Pseudomonas aeruginosa, Biology, Genetics, and Host-Pathogen Int...

问题 TCGA下载数据保存

下载FPKM的时候,保存结果时出现Error in read_connection_(con) : Evaluation error: error reading from the connection. In addition: Warning message: In (function (con, what, n = 1L, size = NA_integer_, signed = TRUE,  :   invalid or incomplete compressed data

问题 在BSA分析结果给的候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno中,发现与all_sample_snp.vcf对比后,发现好多SNP位点没有,请问是什么原因?

在BSA分析结果中,对候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno的SNP位点进行查看并与all_sample_snp.vcf对比发现在这个候选区域中,有些位点没有,这是什么原因? 候选区域及候选区域基因注释的文件中,如snp位点142198是一个在父母...

问题 R语言出现error

当R studio运行 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: '操作超时'。 请问怎么解决?

问题 进行16S分析时,对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...type,现在出现的问题是代码无法读取我的 metadata的head line,试过很多方法无法解决。###代码如下: mkdir taxa_summary_group for i in  type group;do   #这里的type group  来自metadata文件     collapse_samples.py -b feature_table_tax.biom -m $metadata \...

文章 单细胞 TypeError: load() missing 1 required positional argument: 'Loader'

...ack (most recent call last):   File "/share/work/biosoft/python/Python3/bin/scumi", line 4, in <module>     __import__('pkg_resources').run_script('scumi==0.1.0', 'scumi')   File "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.8/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 651, in run...

问题 检查数据是否正确时 出现以下错误:> exprSize = checkSets(multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function.

...样解决?谢谢您,可以的话可否加个微信 18289816802 Error in multiExpr[[1]]$data : $ operator is invalid for atomic vectors Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when callin...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...,Low,paired=FALSE)        Welch Two Sample t-testdata:  High and Lowt = 1.9319, df = 13.016, p-value = 0.07543alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 095 percent confidence interval: -2.263671 40.597005sample estimates:mean of x mean...

问题 老师您好,问题是文中说到CPEB3 has a close positive correlation with cytotoxic cells, Th1 cells, and CD8 T cells(图a),为啥作者在正相关的一堆中提到了相关性不是最高的这三个,而在后面进一步分析中才提到TCM这中在图a中显示相关性最高的免疫细胞

文章 提取指定基因的fasta序列

...本,用法非常简单。 用法如下: perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl <id><fa><OUT> 例如: perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl id.txt input.fasta out.fa 其中 id.txt 为要提取的序列ID,input.fasta 为输...

文章 R语言基础入门—运算符!

...结果是布尔值。 运算符描述例& 它被称为元素逻辑AND运算符。它将第一向量的每个元素与第二向量的相应元素组合,并且如果两个元素都为TRUE,则给出输出TRUE。 v <- c(3,1,TRUE,2+3i)t <- c(4,1,FALSE,2+3i)print(v&t)#它产生...

问题 利用getGEO函数下载GSE数据时提示“Error in open.connection(x, "rb") : cannot open the connection”下载GDS,GPL和GSM都是正常的。

我就觉得奇怪了,下载GDS.GPL和GSM的时候都是正常的,就是这个GSE下载不了,就这样提示,谢谢!

问题 在进行WGCNA时,为什么会有如下报错,要怎么解决呢?:Error in hclust(dist(datExpr0), method = "average") : N must be at least 2.