问题 老师您好：关于TCGA的生存分析，用训练集train来做单因素的生存分析筛选有意义的基因，为什么在鲁棒性分析的时候不用训练集，而是整个数据集exprSet呢？

问题 二代转录组测序reads与基因组比对后，没有相应的注释结果，我们认为是新基因。在NCBI注释后，有些基因显示是参考基因组物种的注释结果，这种基因是新基因吗？

问题 gff文件中，左侧第一列中，AC. AP. Mt Pt. Syng~是什么意思，并且AC AP Mt Pt scaffold:syng~在cds pep文件中找不到对于序列

问题 你好！做基因家族分析，mcscan 做基因组间共线形关系，按课程做没有问题。用自己的数据，在绘制图片时显示如下图。配置文件如下图。文件夹内文件如下图。该如何处理？

问题 您好，我想问一下Primer 3批量设计出引物的话，要从中挑选出一些引物做验证，筛选出一些多态性高的微卫星位点，在批量设计的引物中挑引物有什么标准吗

问题 老师我已经用gemma找到了显著位点，现在想将两位点之间连锁不平衡程度r方大于0.35，且标记之间距离在300KB以内整合成一个qtl，应该用什么命令啊？

文章 exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度（表达量）

...接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生...

文章 扩增子序列直接物种注释代码

...,或者就是想看看每条序列都是什么物种,那就可以使用blastn比对以后汇总结果 汇总代码如下 import re with open("results_clean_batch1.txt", "r", encoding="utf-8") as file: text = file.read() matches = re.findall(r'(Query=.*?)(?=Query=|$)', text, re.DOTALL) resul...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，其中一个转录组出现如下错误，看不太懂，想请教一下老师问题如何解决

19000000 SAM alignment record pairs processed.19100000 SAM alignment record pairs processed.19200000 SAM alignment record pairs processed.19300000 SAM alignment record pairs processed.19400000 SAM alignment record pairs processed.19500000 SAM alignment record pairs processed.19600000 SAM alignment r...

文章 synteny collinearity 区别

在比较基因组学的时候，经常会听到“共线性”这个词，但是与其对应的有两个不同的概念，即 (1) synteny ： 同线性(synteny): 两个物种的几个同源基因分布在同一条染色体上，不需要考虑到基因之间的排布 (2) collinear   共线性...

问题 老师您好，我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件，格式不是.fa后缀的，可以用来分析吗，是不是需要转换一下格式？

下载的文件格式是.genome的格式

问题 老师，您好，我在做序列比对时，两个在不同染色体上的不同基因CDS序列比对相似性是百分之百？抽出来看，确实是一模一样的，为什么会有这种情况呐？

问题 老师请问我想解压.rar文件，然后在网站http://www.rarsoft.com/download.htm下载安装RAR 5.80 beta 1 for Linux x64，make后为何报这个错误？

问题 生存分析：老师,我看到了这个生存分析的代码在利用索引定义一个新的向量时先定义了一个,想请教一下您他为什么刚开始要定义一个纯0向量呢,先谢谢您啦

问题 具有两个结构域的基因家族的分析

文献中NBS-LRR基因家族有NBS-ARC和LRR两个结构域（个别的前面还有TIR结构域），我现在下了NBS-ACR和LRR1的HMM模型（LRR有好几个模型），用hmmsearch命令分别搜索结构域，得到了两个结果文件，我想问下老师这两个结果文件是合并起来...