问题 关于构建进化树的序列问题

...是estscan预测到的，我将两个文件合起来，参照基因家族分析实操课程中的过程构建了系统发育树，但是从结果来看家族基因成员都比较分散，很多都只是两三个在同一分支下，请问是否应该只用blast比对到的pep结果来分析？（之...

问题 在运行VirusDetect_v1.7时报错

...ethod "link_pattern" via package "Bio::Graphics::FeatureFile" at /root/perl5/lib/perl5/Bio/Graphics/Panel.pm line 1259. [ERR IN CMD]:  /root/VirusDetect_v1.7/bin/virus_identify.pl --reference /root/VirusDetect_v1.7/databases/vrl_plant --word-size 11 --exp-value 1e-05 --exp-valuex 0.01 --percent-i...

问题 VCFtools计算fst, pi, ROD, tajimaD, xpclr计算xpclr，得到这些结果作图的时候，曼哈顿图有阈值线，怎么给平滑曲线加上阈值线？另外，平滑曲线的值是经过怎么转换？

...曲线加上阈值线？ 另外，平滑曲线的值和曼哈顿图的值不一样，平滑曲线的值是经过怎么转换？看了视频教程没有看到仔细的讲解，另外看脚本的说明没有看到怎么添加，可能是我看的不仔细。 如下图

问题 使用MEGA建树时NJ法老是闪退

成功过一次，但是又不可以了

文章 推荐一个好用文献管理软件：CNKI E-Study——数字化学习与研究平台(1)

... 3：选择左侧的导出文献格式为：CNKIE-Study 4：点击导出 5：打开软件CNKIE-Study 6：在学习单元创建属于自己的文件夹 7：先选中自己的文件夹，再选中导入题录，选择刚才导出的CNKIE-Study文献格式 8：导入并下载 9：完成文献下...

问题 Bio::SeqIO模块的快速安装

老师您好！在使用你们的提取启动子的脚本时，遇到缺少Bio::SeqIO模块，请问怎样使用conda快速安装该模块。cpan尝试多次都不成功，太过复杂。谢谢！

问题 想自己画venn维恩图，请教怎么画？

之前做了些转录组的实验，需要自己画些venn图，但是不知道怎么画

问题 想问一下用做药物作用后的itraq标记质谱分析蛋白的变化？对照组是113和114，实验组是115,116,117，那如果得到了115/113,116/113,117/113,115/114,116/114,117/114这些都是实验组与对照组倍数变化fold change 以及他们对应的p值，那我怎么用，筛选的时候要用这六个比值的均值吗？还是有其他的筛选办法？还有六个p值应该如何来筛选？

问题 老师，我想问一下BSA分析实操课程中qtlplot这个命令是一个脚本吗 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast

问题 安装完虚拟机，导入文件之后发生这个错误

以前有人说是我的两个内存条不一样，后来只用电脑自带的也出现相同的情况。

问题 Mscanx染色体名称显示问题

共线性作图之后 染色体显示的名称是数字序号 而不是配置文件里的A01 A02。。。不通过修图软件 能否让图里的编号显示为配置文件里的编号？

问题 BSA实验到底怎么取样比较好？

近期想做个BSA实验，子代混池规模是50+50，导师让我每个子代提取一份DNA，然后混合成一个池测序，可是公司不愿意这么干，我想问下，这个是必须的吗？

问题 老师你好，我想问一下亚基因家族没有pfam号的话，使用blastall，那比对率要设置多少合适呢？

...pfam号，结构域也是整个大家族共有的，现在用blastall（e-5，没筛比对率）找到了三百多个基因，去查大家族的结构域，最终筛到两百多个。但我查了一下在有研究过的物种内，这个小家族都是只筛到了十几二十个基因左右，我现...

问题 数据库里面没有对应格式

老师：       我想下载18年新出的基因组，里面只有gbff、bbs、fsa_nt,文件，文件内容和老师说的fna,faa,gff格式不一样，怎么解决呢，怎么弄成像fna,faa,gff里面的信息内容呢

问题 RNA-seq课程中的初始数据来源于哪篇文章

老师，请问RNA转录组分析的课程中，用于分析的初始人类normal/tumor/.fasta数据是来源于哪篇文献呀，可以提供下文献名吗？