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问题 R警告:大神能指点下嘛

做WGCNA时候发现这个警告,一脸懵逼,知道错在哪里,请大神指点

问题 去除异常样本的标准

老师,我的29个样本,聚类之后发现有四个样本太乐观,如图所示,abline=2600去除了这四个样本,写文章的时候该怎么描述这里?标准是什么?图左边的Height代表什么?

问题 iTOL中如何显示bootstraps?

用mega做的进化树,存储后上传至iTOL,为什么显示bootstraps?请问怎么设置让其显示出来。谢谢!

问题 基因家族鉴定问题

你好,我用HMEER搜索基因家族的蛋白序列,筛选后进行系统发育树的构建时,有一些属于任何一个家族,是我查找的序列有问题吗?谢谢老师 追加:我从NCBI CDD和Pfam上手动确认了结构域,都有保守结构域的。谢谢

问题 基因与mRNA的对应关系

你好,请问你去年9月15日问的关于基因与mRNA对应(如下图)问题解决了吗?能能指点一下呢?谢谢

问题 WGCNA软阈值计算报错

老师,您好!我在WGCNA第二步,network construction中软阈值计算的过程中遇到了问题,暂时知道如何解决,想请教下各位老师!!

问题 在您的课程《基因组重测序数据分析实操课程》中:变异结果注释ANNOVAR,在运行table_annovar.pl 如何解决报错:Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

具体报错信息如下: NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function.orig /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGene.txt /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGeneMrna.fa -alltranscript -out ./indel_AT899.refGene.fa -newevf ....

问题 老师,我在做泛基因家族成员存在缺失分析时,做统计各个样本家族成员数量,及根据数量对基因组进行排序时候,由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称,和ID.txt文件里的基因组名称无法链接,有很多基因组无法识别出成员数量,(也就是因为这一步,我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了),请问怎么修改指令?

老师,我在做泛基因家族成员存在缺失分析时,做统计各个样本家族成员数量,及根据数量对基因组进行排序时候,由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称,和ID.txt文件里的基因组名称无法链接,有很多基因组无法...

问题 docker镜像下一般需要多久?

正在下omicsclass/pop-evol-gwas,请问大家一般需要多久,我这个好久动,在waiting,已经设置加速器了

问题 比较基因组数据分类

老师我想知道我做比较基因组的韦恩图数据在哪个文件里,我想知道我做的物种里特有的基因家族但是我知道在哪个文件里

问题 QQ-normal

在R语言中,有没有QQ-normal包或者函数能将表达量的值正态化?因为表达量的值大部分符合正态分布。

问题 分化时间计算中的r值

老师,你好,请问计算中的r值是但双子叶同,还是每个物种都一样??谢谢

问题 基因组注释问题

我在运行16.GeMoMa.sh,出现图1中的报错,我查看了database中gff文件,内容如图2,感觉像是正常gff3文件的内容,图3是AI解答,是是database中文件有错误?

文章 DIAMOND建库报错

...特殊字符,如下图所示: 需要检查蛋白序列文件,去掉符合要求的序列。再次建库则会报错。

问题 老师您好,问题是文中说到CPEB3 has a close positive correlation with cytotoxic cells, Th1 cells, and CD8 T cells(图a),为啥作者在正相关的一堆中提到了相关性是最高的这三个,而在后面进一步分析中才提到TCM这中在图a中显示相关性最高的免疫细胞