文章 用二代数据对三代数据进行纠错，用什么软件

文章 快速统计fastq 和fasta 数据的数据量

文章 R数据集合并

在进行数据集处理时，经常会合并两个数据集，这里说一下合并数据集常用的2个函数： 合并列：cbind 合并行：rbind 1.cbind cbind使用非常直观简单。当我们需要直接合并2个矩阵或数据框，不需要指定任何公共索引时，可以采用c...

问题 请问拼装的转录组数据如何上传到TSA数据库？

请问拼装的转录组数据如何上传到TSA数据库，麻烦给说一下相关的上传提交步骤，或者有相关的视频课程吗？谢谢。 另外，我需要把哪些拼装序列上传到TSA？谢谢！

文章 pfam数据库被合并之后，还有很多数据库可以进行结构域的查询

pfam数据库被interpro数据库合并了，还有很多宝藏数据库可以进行结构域的查询 给大家推荐pfam官网推荐到数据库——HMMER网站 网站链接：hmmscan search | HMMER (ebi.ac.uk) 放入查询到序列，缺点是不能放文件，根据需要进行选择要查...

文章 Mapman对表达数据进行聚类分析

Mapman除了对基因进行注释及表达数据可视化之外，还可以利用软件之际对多样品数据进行聚类分析。主要操作过程如下： 从Experiments导入表达数据,具体参考文章：植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman  按shift 或者ctrl...

文章 GEO数据库之芯片数据下载

GEO数据库是NCBI开发的基因表达数据库，主要接收通过高通量测序、基因芯片等方法获得的基因表达数据——这就方便大家利用他人数据发文章了。 而进行GEO数据挖掘的第一步就是进行数据下载，但是进入网站点点来下载，查询...

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解！

Uniprot数据库是资源最广、信息最丰富的蛋白质数据库，是查询蛋白功能的首选数据库。Uniprot数据库由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库构成，数据主要来自于各物种基因组测序完成后得到的全基因蛋白质序列，并包含了很多...

问题 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的？

老师好，GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选，但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师，有没有这部分的教程？

问题 老师，从GEO数据库下载的数据是标准化后的RNA-seq数据，能用哪个R包进行差异分析

文章 转录组分析基因注释常用的数据库

1 、Nr：NCBI非冗余蛋白数据库，包含的信息很全面, 注释到的基因较多。 2、COG ：中文释义即“同源蛋白簇”。COG 分为两类，一类是原核生物的，另一类是真核生物。原核生物的一般称为 COG 数据库；真核生物的一般称为 KOG 数...

文章 ggplot从数据到图形绘制逻辑

1、图形语法 一张统计图形是从数据到几何对象的图形属性的一个映射。此外，图形中还可能包含数据的统计变换，最后绘制在某个特定的坐标系中，而分面则可以用来生成数据不同子集的图形。 一张统计图形就是由上述这些...

文章 TCGA数据库介绍

1.TCGA数据库介绍 是由National Cancer Institute ( NCI, 美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目（Cancer Genome Atlas，TCGA），通过收集整理癌症相关的各种组学数据，...

问题 老师您好，在做GWAS分析的时候，性状数据不是连续的数字，是0，1这种，这样的数据也可以按照上课讲的流程分析吗？性状数据没有多年数据，在后续的分析步骤中，不定义tassel_trait这个变量可以吗？

文章 cBioPortal数据库使用教程

cBioPortal介绍 使用cBioPortal数据库可以先阅读关于该数据库的文章： The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data.Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal. 大规模的癌...