问题 老师，从GEO数据库下载的数据是标准化后的RNA-seq数据，能用哪个R包进行差异分析

文章 转录组分析基因注释常用的数据库

1 、Nr：NCBI非冗余蛋白数据库，包含的信息很全面, 注释到的基因较多。 2、COG ：中文释义即“同源蛋白簇”。COG 分为两类，一类是原核生物的，另一类是真核生物。原核生物的一般称为 COG 数据库；真核生物的一般称为 KOG 数...

文章 MNP标记设计中DP的计算方法

MNP标记设计中多态性窗口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。 如下所示： 假如有3个品种，1个窗口内有3个SNP。其中品...

文章 ggplot从数据到图形绘制逻辑

1、图形语法 一张统计图形是从数据到几何对象的图形属性的一个映射。此外，图形中还可能包含数据的统计变换，最后绘制在某个特定的坐标系中，而分面则可以用来生成数据不同子集的图形。 一张统计图形就是由上述这些...

文章 cBioPortal数据库使用教程

cBioPortal介绍 使用cBioPortal数据库可以先阅读关于该数据库的文章： The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data.Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal. 大规模的癌...

问题 老师您好，在做GWAS分析的时候，性状数据不是连续的数字，是0，1这种，这样的数据也可以按照上课讲的流程分析吗？性状数据没有多年数据，在后续的分析步骤中，不定义tassel_trait这个变量可以吗？

文章 NCBI中SRA数据库简介

S R A 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的数据，来自四个测序平台，分别为： Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。 SRA 数据库的组织架构  首先是项目编号，通常以PRJ开头，会记录该项目的一些背景信息...

文章 TCGA数据库介绍

1.TCGA数据库介绍 是由National Cancer Institute ( NCI, 美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目（Cancer Genome Atlas，TCGA），通过收集整理癌症相关的各种组学数据，...

问题 从NCBI下载了转录组数据，文件类型为文件，这类数据能不能分析

老师，您好，从NCBI下载了转录组数据，文件类型为文件，这类数据能不能分析？

文章 miRTarBase- 一个收录经实验验证的miRNA靶基因数据库

...RTarBase: 是一个从已发表文章中，收集，整理miRNA靶基因的数据库。相比于其他数据库中都是对miRNA进行靶基因预测，有实验验证的结果，肯定会可靠好多。 该数据库有如下特点 1. 保持更新 miRTarBase数据库一直在更新，目前已经...

问题 三代数据处理后，哪个是需要用二代数据进行矫正的？

各位老师好，我想请问一下，三代数据处理，已经进行了前面的分析，polish也已经完成。得到的结果如下，请问哪个是需要二代数据矫正的呢？是直接将polish.bam文件转换成fasta，进行矫正?或者将LQ进行矫正，然后与HQ进行合并呢...

问题 上传CNCB测序数据出现问题，请问大佬们需要怎样处理啊？

友友们，在上传原始数据的时候报错了，是这样提示的：您的提交数据(subCRA027185)以下文件审核报错，原因为数据中重复的序列ID超出限制, 请核查数据情况，修改后重新上传数据，并登陆数据库点run编号后的修改在线更新数据md5...

问题 如果已知数据没有转录组数据，可以用同属不同种植物转录组代替吗？

老师：      您好！      我想请教您，是不是基因家族分析中的转录组必须是同种的植物，如果已知数据没有转录组数据，可以用同属不同种植物转录组代替吗？谢谢老师。

问题 使用R语言无法从TCGA数据库下载数据

老师好，我使用R语言从GDC里面下载数据发现下载不出来，不知道怎么回事？如图所示，还有就是VIP群怎么一直不通过我的申请呀

文章 小白也能画漂亮的热图--赐你一个非编程热图工具

...urceforge.net/projects/mev-tm4/ 。 使用界面如下图所示。 数据载入与设置 为了方便演示，小编整了四十个基因的表达数据，设置了八个样本（如下图），大家可以按照文件格式准备数据，注意：数据另存成Tab键分隔的文本格...