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文章 NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

...bank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ;NCBI是由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)开发并负责维护,隶属于美国国立卫生研究院(National Institutes of Health, NIH)。 ENA:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home;欧洲核...

文章 circos-调整基因组圈图的图片大小

...在实际绘图时,可能图片大小不合理等等造成图片中部分信息显示不全,譬如下图部分基因label没有完全显示出来,可以在此处进行修改: 对image参数修改,如果在调用etc/image.conf的同时,则需要对相应的参数添加 *  进行标识...

文章 组学大讲堂征稿通知

...赚钱吗?21世纪什么最贵?知识!尤其在这个飞速发展的信息时代,知识变现越来越简单!苦逼的科研人,你准备好了吗?你读过的文献,你掌握的实验或生信技能,你学习过程中的心得感悟,甚至你学习生活中的趣闻都将成为...

文章 利用Python matplotlib库对基因组同源区域和进化速率进行可视化展示!!!

...理。 2、利用BLAST进行序列比对,或者基因组之间的同源信息。 3、利用强大的ColinearScan共线性分析软件获取共线性区段。 4、利用Bioperl计算Ka/Ks值。 5、利用Python强大的第三方库matplotlib 进行可视化展示。 (华北理工大学生命...

文章 R包venn绘制韦恩图

...pacity = 0.25, cexil = 0.5, cexsn = 0.5, ellipse = FALSE) 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

文章 clinvar数据库人类疾病数据库ANNOVAR数据库使用

...数据库,每个研究机构都可以向其提交数据,对于提交的信息,会有专家团队进行审核评级。对于数据库中的位点,根据注释信息的可靠性,分成了1到4个不同的星级,星级越高,可信度越高。 数据库地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih...

文章 一键显示影响因子与分区

...哪些功能?可以在搜索页面显示期刊的影响因子、分区等信息。同时有简单的文献管理功能。 Scholarscope的安装教程 这里小编以谷歌浏览器的安装为例,给大家介绍一下如何安装Scholarscope插件。 1. 安装谷歌浏览器,如果不能正...

问题 基因家族分析中基因家族成员的筛选与取舍如何判断?

...将我要研究的这个物种和其他几个物种的该基因家族序列信息进行比对,获得另一个蛋白序列文件,现在想将二者进行合并去重复,后面再去用CDD-research筛选出有对应保守域的基因确定最终的基因家族成员。但是我通过两个方法...

问题 老师,找结构域是否存在是怎么看呢?比如我用代码跑出来了ID,去NCBI上上传文件后出来他能检索到的ID,是只要他显示出来能检索到就可以吗?还是一个个查看具体的信息?我要做一个Lipoxygenase家族,但是有一些基因显示的并不是这个家族,而是另一个PLN02337 superfamily,是因为我的目标家族是PLN02337 superfamily中的一个亚族吗?可以这样理解吗?因为我做的这个家族好像确实是从一个超家族里的小家族。

文章 metascape数据库

介绍:生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的...

文章 graphpad prism绘图时,Y轴的缺口设置

...然,你还可以进行其他的设置,分三段等等。 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 linux 用户 环境变量 ~/.bash_profile、 ~/.bash_login、 ~/.profile

...: (1) /etc/profile: 此文件为系统的每个用户设置环境信息,当用户第一次登录时,该文件被执行. 并从/etc/profile.d目录的配置文件中搜集shell的设置。 (2) /etc/bashrc: 为每一个运行bash shell的用户执行此文件.当bash shell被打开时,...

文章 将进化树+基因结构+motif—1张图全显示

...hen/TBtoolsMEGA构建进化树的结果文件:nwk文件,提供进化树信息相关基因的gff3文件或者gtf文件:提供这些基因的结构信息MEME分析结果文件:meme.xml,提供对应基因蛋白序列的motif结构信息 导入数据与设置 打开软件,点击上方Other...

文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

...因.中间为不同的基因在不同的细胞中 的表达量; 2.2 细胞信息metadata文件准备:首先这个地址下载每个细胞的信息表格https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP079058其次, 由于我们的表达矩阵细胞ID是不在这个meta表中,我们需要利用GSE8...

文章 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

...置进化树的root : https://itol.embl.de/ #添加化石校准点时间信息(格式是时间范围’>0.23<0.26’或者时间点‘@0.245’),单位时百万年前100Ma; #再在首行添加两个数字(物种数量和树的数量),空格隔开,可得到input.tre文件。 ...