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问题 juice box调整hic挂数据

...d-DNA 进行了-r 2进行了两轮矫正,后面产生了很多小的scaf,属于我的染色体(已经划分出20条了),这些小的片段怎么处理呢,3d-DNA中-m 是选单倍体好呢,还是二倍体模式,我的材料是自交的二倍作物,谢谢 -m --mode haploid/diploid ...

问题 请问老师我做WGCNA这一步TOM = TOMsimilarity(adjacency);卡主动。

第一套数量比这套大多了,都能正常跑,这一次数据量一般,知道为什么一直卡着动。

文章 HPA:人类蛋白图谱数据库

1.  TISSUE ATLAS     查看和分析蛋白编码基因在同组织和器官中的表达情况      以PAX8为例 2.    SINGLE CELL TYPE ATLAS     单细胞类型图谱包含13种同人体组织的单细胞RNA测序(scRNAseq)数据,以及内部生成的免疫组织...

问题 怎么在表达矩阵数据里一直保留探针ID?

在最终差异表达的数据里我㤇Gene ID和GeneSymbol ID,我要的是探针ID,但是探针ID在这一步“"exptemp2 = aggregate(exptemp[,c(1:(ncol(exptemp)-2))], by = list(exptemp$GeneID),mean)”就去掉了,请问这一步怎么设置来保留探针ID,因为这里的探针ID实际上...

问题 LDdecay

...但是跑出来是0,用的是自己的数据,前一步都还正常,知道popid.txt如何设置,这里是按照示例文件,放了所有样品的集合,但是跑出来是如下这样 the Number of subPop samples[found in VCF] is 0 sub Group Population szie is too small, SubGroup samp...

文章 hmmsearch搜索蛋白保守结构域结果说明

...http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf  在我们《基因家族分析实操课程》里面也有详细说明。 结果文件说明,如下,重点关注的参数已经标黄,三对from to  :第二对为结构域所在的位置,第三对对于一些可靠的结果差异会大...

问题 已知某基因家族的蛋白序列和名称,如何与基因组蛋白序列名称对应

请问有已知基因家族的序列和名称,但是和基因组蛋白名称一致,如何根据序列对应名称

问题 老师,我为什么下wsl是这样样子呢?希望老师可以帮我解答一下

可以安装呢???

问题 如何评价系统进化树的构建的结果

...,我现在通过转录组测序的数据找到某个蛋白质家族中的同成员在两个实验对象中具有差异,所以想对这个蛋白质家族成员构建系统发生树,具体操作是从网上下了她们的DNA序列和蛋白质序列,导入至maga软件中进行序列比...

问题 如何评价系统进化树的构建的结果

...,我现在通过转录组测序的数据找到某个蛋白质家族中的同成员在两个实验对象中具有差异,所以想对这个蛋白质家族成员构建系统发生树,具体操作是从网上下了她们的DNA序列和蛋白质序列,导入至maga软件中进行序列比...

文章 beta多样性中的距离矩阵总结

...平等的。 如下图所示: 课程推荐:微生物扩增子分析课程实操     微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

问题 请问wgcna怎么获得模块hub基因与该性状数据的相关性

就如上图这样,是提取什么数据来构建这个散点图的。 知道怎么提取出这些数据,麻烦老师抽空说下。

文章 如何使用 wget 下一个目录下的所有文件

...o/download/ 各个参数的含义: -r : 遍历所有子目录 -np : 到上一层子目录去 -nH : 要将文件保存到主机名文件夹 -R index.html : index.html 文件

问题 关于基因受选择计算

...作呢?是分别对两个群体做出来的结果取1%么?这个有点太懂哈,请老师解答,谢谢!

问题 如何下国际千人基因组计划完整vcf文件

大家好,请问去哪里下国际千人基因组计划完整的vcf文件呢?我找到了这个数据连接,ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/,但人数好像太完整;这个网址的数据是分染色体的,如何合并数据呢?