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问题 建立注释库

参考基因组存在gtf文件时,是需要gffread将gff转换成为gtf文件?

问题 docker

我运行一个docker 后, 这个docker 怎么自动消失找到了。用docker  ps  -a 也显示出来。  

问题 安捷伦Agilent双通道芯片

请问安捷伦Agilent双通道芯片,根据课程的讲解进行标准化后,是是可以用和单通道芯片同样的代码进行后续的生存分析,差异分析

问题 代码报错

老师,这个是我所有的代码,就是到了画boxplot就开始出现如上报错,我知道咋解决

文章 GWAS抗性性状处理,耐盐,耐寒,耐旱等

方法1:计算抗性指数用于GWAS分析 GWAS分析一些抗性指标时候,我们一般会做对照与处理,分别调查处理和对照的多种性状数据,然后计算抗性指数:  The response of the genotypes to salt stress was expressed using the stress susceptibility index (S...

文章 Linux中修改docker镜像的默认存储位置

...rt=/usr/bin/dockerd -H fd:// --containerd=/run/containerd/containerd.sock 5. 重新启动docker systemctl daemon-reloadsystemctl restart docker 转自:https://blog.csdn.net/fvafuc/article/details/125642391

文章 基因家族复制基因查找之手动查找-blast

...复制,串联重复反转录转座可以用mcscanX和MCScanX-transposed 分析; 但是这种通过共线性的方法查找需要基因组组装到染色体水平,没有组装到染色体水平的基因组无法用上述方法,那就只能用blast手动方法查找,但是只能分析出...

问题 请问老师用McscanX做基因组内共线性分析,在准备family.ctl文件时,对染色体编号有撒要求没,我的染色体编号中还有chrA01,chrC01,以及chrA01_random,以及 chrAnn_random,我看有人说染色体编号只能有2个字母加数字,谢谢!

问题 老师,我做的物种是棉花,基因组约3.5G 利用组学大讲堂的方法建立索引失败,应该是内存够,一般的电脑都是这样的,即使使用的小型服务器内存也达到100G,这个问题应该怎么解决,这一步无法解决,后续无法分析,老师可否给一个可行性的意见!

问题 gwas分析群体画进化树

我用示例文件报错也是这个。用自己文件也是 ../scripts/ggtree.r -t fasttree.nwk -f ../data/pop_group.txt -g GROUP -n fasttree 这个是我给的命令行  WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omics...

文章 淡黄的长裙,蓬松的头发?拿什么拯救你,我的项目

...的承接性,比如一个产品功能的上线需经过「需求发掘-版本规划-方案策划-方案评审-UI 设计-开发-测试-发布」等一系列的流程,哪些任务可以同时进行,哪些任务有先后顺序,都应该合理安排。 四、项目开始执行后,进行进...

问题 测序文件中提取基因序列

从公共数据库中的下的二代基因组测序文件(双端测序:.fastq_1,.fastq_2文件),下后多个样本后,如何从这些测序文件中提取特定某个基因序列信息进行后续分析特异性分析

文章 一个植物ceRNA数据库-pceRBase

...站功能比较强大,支持数据浏览,查找,ceRNA预测,统计分析和数据下。基本功能介绍如下: 浏览 支持基于物种的名称快速浏览相关的ceRNA网络   查询 支持基于物种基因名称的简单快速查询支持基于blast序列比对的序列...

文章 微生物与环境因子,代谢物,功能等相关性分析linkET

https://github.com/Hy4m/linkET 示例代码: library(linkET)library(ggplot2)library(dplyr)#读取示例数据#micro <- read.delim('微生物数据.txt', row.names = 1)#env <- read.delim('环境数据.txt', row.names = 1)data("varechem", package = "vegan")data("varespec", package = "v...

文章 Evolview:进化树设置标签的颜色

... ch   red    prefix 4.控制命令“suffix”: n red suffix 5.控制命令“anywhere”: m red anywhere