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文章 IF=4.8 | 不同菊花品种萜类合成相关基因的转录组代谢组联合分析

...分析，结果显示在大多数品种中，心花和舌花的表达模式可以明显区分，但对于 F，心花和舌花样本呈现出更独立和不同的表达模式。 03.代谢组分析 对10个菊花品种的舌状花和管状花进行了代谢物分析，共鉴定出177种化合物...

文章 提取基因组所有基因的启动子序列

有时候们会需要基因的启动子序列，这里有脚本可以提取基因组所有基因的启动子序列。 脚本运行命令： perl gene_promoter.pl -fa Donkey_Hic_genome.20180408.fa -gff Donkey_Hic_genome.20180408.gff3 -out gene_promoter.fa -n 2000 其中 -fa 后跟基因组...

文章 IF=4.3 | 衰老水稻种子的转录组代谢组联合分析

...酸和亚油酸的代谢受到种子老化的显着调节。因此，使用可以提高生长素水平或脂质代谢的植物生长调节剂可能有助于老化种子的发芽和能量调动。这些发现为水稻种子老化的生理和分子基础提供了见解，并为提高种子活力和储...

文章 hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)

...attempt. 报错原因时参考基因组较大，导致建索引失败，可以使用--large-index解决，命令如下： hisat2-build --large-index -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.fa Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel

问题 Circos画图时，想把连接的线换成不同的颜色，配置文件怎么改，基因ID的颜色怎么改？

...的基因ID想改成黑色，问一下配置文件怎么改？ 我现在这个图的配置文件如下： chromosomes_units=1000000chromosomes_reverse=/Ga[01]/<ideogram>    fill=yes    label_font=default    label_parallel=no    label_radius=dims(image,radius)-350p    label_size=2...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...) p 结果如下图所示： 好了，小编就先给大家介绍到这里。希望对您的科研能有所帮助！祝您工作生活顺心快乐！参考文献：Kilfeather, P., Khoo, J. H., Wagner, K., Liang, H., Caiazza, M. C., An, Y., Zhang, X., Chen, X., Connor-Robson, N., Shang, Z.,...

问题 IBD计算

计算IBD 时，找不到cibd.py这个脚本， python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or dire...

问题 基因家族解析报错

...件，且文件大小不为0。这几天运行了好几次，都是卡在这个步骤上。在2024年年初利用你们提供的共享服务器解析另外一个物种的时候，用的是同样的代码，并没有报错。请问是代码的问题，还是什么？如果是代码的问题该如何...

文章 SNP2CAPS使用

...----------------------------- 如果输出文件很多，这里有脚本可以批量提取酶信息，脚本如下。 #!/usr/bin/perl -wuse strict;use warnings;use Getopt::Long;use Config::General;use Cwd qw(abs_path getcwd);use FindBin qw($Bin $Script);use File::Basename qw(basename dirname);us...

文章 华大stereo-seq 添加上底片转换成10X格式方便scanpy和seurat读入分析

...C04042E3.adjusted.cellbin.gem    2.使用R代码转换成10X结果： 可以通过参数设置图片不同的分辨率大小，binsize   Rscript $scripts//STOTo10X/gemTo10X.r \  --gemf C04042E3.tissue.gem.gz \   -t ../01.saw/Demo_Mouse_Brain/outs/image/C04042E3_HE_regist.tif \  --bin 100...

文章 叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

...pe.txt 其中第1、2、5列是固定的，关于颜色可直接指定，也可用色板 2.SSR及TRF文件 #首先准备染色体长度文件chr.txt如下 mt 367808 #用bedtools以500kb为滑窗，沿chr.txt中的基因组长度创建窗口 bedtools makewindows -g chr.txt -w 1000 &...

文章 indel vcf文件转化为SNPT输入文件

... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...

文章 生信挖掘GEO+TCGA 文献速览

...导致诊断不明，治疗困难。研究旨在调查AKAP12和RNF11是否可以用作诊断FM的生物标志物，并确定它们与免疫浸润的相关性。Lin X, Zhang K, Meng T. AKAP12 and RNF11 as Diagnostic Markers of Fibromyalgia and Their Correlation with Immune Infiltration. Oxid Med Cell...

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

使用方法： 指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvar...

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

在分析完单因素的生成分析之后，可以对最显著性的N个单因素进行多因素的分析。 # 构建多因素分析的公式 multi_var <- paste0(sign_rbsure_gene_names, collapse = '+') fml <- as.formula(paste0('mysurv~', multi_var)) # 进行多因素分析 Multi_cox <- co...