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问题 基因家族共线性绘图时，画出来的图上只有一对基因连了红线

这个是我的基因家族的分析文件中有一对基因，这个我的基因家族文件里面含有三对基因；                                                                  这个是菠萝发表的文章，一些基因对...

问题 WGCNA-MAD

... operator我查了下是什么“非数值参数为二进制运算符”，不是太明白怎么回事。Genedata.xls 麻烦老师看看怎么回事我后来发现，好像需要基因在行排列，那样可以不出现上面那个error，fpkm = read.table("data.txt",header=T,comment.char = "",che...

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...胞模型可以与药物筛选和其他治疗研究相结合。 案例分析 利用CRISPR介导的基因敲除MC-3T3，发现一种预防或逆转骨质疏松症的新途径: 骨质疏松症是一个巨大且日益严重的公共健康问题。骨质疏松症以低骨量和骨微结构缺...

问题 如何查找某一种功能基因，比如所有的热激蛋白基因，并确定基因数目？

刚刚开始分析我的转录组数据，菜鸟一枚。我用hsp和heat shock protein这两个词搜索过我的注释的差异基因数据，得到了一些热激蛋白基因。但是许多gene-id都注释为同一个基因名称，而且gene-id比对到同一个NR ID，那请问在分析转录...

问题 r读取数据报错did not have 66 elements

这个文本是我直接从excel表复制的，不知道出现什么问题，r无法读取

问题 cytoscape如何将选中的node按一定顺序排列？

ceRNA包括lncRNA, miRNA和mRNA, 我想把它们排成三个圆形，lncRNA放在最里面，miRNA放中间，lncRNA放最外面，可是怎么移动它们呢？不可能一个个手动移动吧？ 这个图怎么转化成下面这个图：

问题 SSR批量设计引物

我用misa跑了一个cap3处理过的序列quercus(里面有418contigs)，不是应该出现产生结果文件序列名quercus.fasta.misa（以表格的形式列出微卫星的类型和位点）和quercus.fasta.statistics（统计微卫星的类型和频数），而是出现一堆txt格式的，con...

文章 R语言、ggplot2的简单绘图（1）

#包的安装 install.packages("ggplot2") #包的加载 library（ggplot2） #用内置数据画散点图 a<-ggplot(diamonds,aes(carat,price))#赋值给a a+geom_point() #出图 注：需在英文状态下输入 如果错误，请联系我，谢谢！先试试能用不这个！

问题 我在运行MCScanX时报错，以下是我的输入文件和报错截图

GFF文件，由于我分析的物种只装配到了scaffold水平，第一列中我把前面scaffold单词删除了只留下了数字 这个是collinearity文件，相应的我把scaffold单词删除了只留下了数字 这个是family.ctl，我只写了我研究的基因所在的scaffold 这是...

文章 cytoscape软件安装与使用-绘制蛋白互作网络图

...java软件。https://cytoscape.org/ 2.基本使用，网络图绘制，分析等等 2.1 网络导入 导入网络数据，为txt文件两列数据就可以，如果是蛋白互作网络关系，可以从STRING数据库得到：https://www.omicsclass.com/article/1126 文件准备好之后可...

文章 univariate_cox_batch.r 基因表达量批量单因素cox回归分析

...： 输入生存数据与基因表达量可以做批量单因素cox回归分析 $ Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r --husage:  univariate_cox_batch.r [-h] -m metadata -g                                                         expset [-t time]            ...

问题 GWAS计算表型数据blup时一直出错

老师，请问下我的这个为什么一直报错，我只有一年的数据，即使我加了Header那一行也会报错，我的性状是性别，二分类性状，不知道能不能用这个代码计算，以下是我的表型信息以及报错信息，望解答，谢谢！Group.rm_outers.txt

文章 安装R包的几种方法

R包可以存放在不同的仓库(repository)里，最常见的repo包括CRAN, github，以及生物er必需的Bioconductor。     CRAN，官方包CRAN，通常国内选择镜像，方法自行百度。     Bioconductor，这个通常只有生物信息学的人才用得到。     Github，...

文章 基因组注释分析方法

Genome annotation A combination of structure-based and homology-based approaches was employed to identify TEs and other repeat regions. First, miniature inverted repeat transposable elements (MITEs) and long terminal repeat (LTR) elements were annotated by structure-based methods. The former was pe...

问题 [名词解释] 分子连接？

....ADC和生物偶联，生物偶联涉及将“分子连接”在一起。 不清楚是否有其他相关的解释场景？