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文章 命令行 光标移动技巧

一个熟悉linux的人,基本太会为了移动光标而使用较远的方向键,更会使用鼠标,那这是怎么做到的呢,我们来简单介绍一下 基础移动光标 Ctrl – a :移到行首Ctrl – e :移到行尾Ctrl – b :往回(左)移动一个字符Ctrl – f ...

问题 关于mcscan问题

为什么分析基因组内基因家族加倍时,我们选用蛋白序列进行比对,而进行比较基因组分析时,我们选择cds序列进行比对呢?

文章 3分钟学会画venn图(维恩图、韦恩图)

...找出各比较组之间共有和特有的基因,是最常用的转录组分析手段之一。但往往测序公司只给了几个固定组合的venn图,后期让公司补图,要加钱说,两天给一副图的速度更是要命。 现在小编给大家讲一个在Windows下就能操作...

问题 老师您好,我在网易云课堂上学习了您关于TCGA的诸多课程,现在在生存分析这一块使用您的代码实操,在运行到clin_info←datClin()这一步后一直报错,提示能发现病人代码,死亡日期等列,具体报错截图如下,还请指教

问题 在基因家族分析的课程里,提取结构域序列,WRKY基因家族当时以提取第一个结构域序列为例,两个结构域都是WRKY DNA -binding domain,为什么要提取第一个结构域呢,我想知道怎末确定自己要提取哪个结构域序列?希望老师解疑惑

问题 老师您好!我想问下当我在计算群体间遗传分化指数(Fst)时,发现其中两个品种间的Fst值很大,但是群体结构分析中(PCA,NJ-Tree,最大似然树)中却发现这两个品种聚类较近,且在一个分支上。这应该怎么解释啊?谢谢老师!

问题 在用EMMAX做关联分析时,#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship emmax-kin-intel64 -v -s -d 10 -o ./pop.kinship.IBS snp_var 用这条命令计算亲缘关系,得到的pop.kinship.IBS全是NA

文章 如何高效的进行多项目管理?

...,都或多或少的会参与项目,而项目要能顺利执行其实并简单,如果又渉及多个单位合作,困难程度又大增。 对项目经理来说,从他们的工作日志片段可以看出每个人都有自己悲惨的故事,程度恐怕只有过之而无及。那...

文章 VIP-转录组数据鉴定病毒

...差多。以VIP这款软件为例。 VIP 是一个鉴定人类病毒的分析流程,主要支持两种分析模式: 1. 快速模式鉴定已知的病毒:这个模式是将转录组的测序数据与已知的病毒核酸序列进行比对,找到那些reads多,覆盖度高的病毒序...

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

R语言 vegan包计算物种累计曲线 vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包,其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线。输入数据,otutable:列表示同的物种,行表示同的采样点,中间的数字代表物种丰度:示例代码:require(v...

问题 eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用,而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新,导致注释关系明确的问题,该怎么解决

老师我在进行如下步骤时,会有warning提示,gff和fasta都是非模式物种ncbi数据库染色体水平的组装,ga_protein_coding.gff3文件正常生成了,请问warning对结果有影响吗,应该如何解决?谢谢! agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gf...

问题 泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加全局变量env.sh,请问这个有什么作用?里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢,修改了要要加这个基因组的具体路径?

 为什么我没改这个基因组名字为自己物种好像也没有啥影响?   说到影响就是 是是会影响后面的命令的运行? #将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ....

问题 你好 我现在在用cytoscape的conet做共现网络分析图,去掉世系之后确实是可以运行正常的,但是我做的图是需要世系的,因为需要标出图例,表明是在门分类下 具体是哪种微生物,请问我要怎么去调整taxonomy的数据格式才能使得conet报错

问题 老师您好!我要进行小麦基因蛋白互作网络分析,使用小麦与拟南芥找到8对同源基因,后来用Cytoscape进行美化时,要用所找到拟南芥映射小麦,这个映射用VLOOKUP比对时是用的之前找到的8对同源基因即下的ortho-orthologs文件吗?

问题 老师你好,我想问一下,我做基因家族分析,明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹,并且做出来的东西也都放在里面,但是我在终端ll一下,显示total0,然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到