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问题 提取不出来结构域序列

第一次hmm搜索时可以搜索出序列,但是接下来一步提取结构域序列时出来的文件是空的

文章 总结:高效阅读学术文献的标准姿势是——

...事件本身的重要性,可适当调整某阶段的学习、休闲比例分配。 研究的本质是一个训练过程, 训练什么? ——强大的精神和意志力,以及“在规定时间内,高效完成任务,快速发现问题,并找到合适的方法解决问题”的能力。...

问题 重复文章代码出错

...m/s?__biz=MzIyNzIyNTczNA==&mid=2247491475&idx=1&sn=8b287625fc3b81f4a3e7b62f48c5e4d8&chksm=e865267adf12af6c8635c6515d5210a097c02a28301dc8923504593611d69db3d80ae2814a93&scene=21#wechat_redirect 在“人工智能(AI)在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预...

文章 PlantPAN数据库

...         PlantPAN3.0 的首页,包含六个模块,分别是基因搜索、转录因子/转录因子结合位点搜索、基因集分析、启动子分析、跨物种和 ChIP-seq 搜索。 启动子分析 点击Promoter analysis,进入的页面为单个基因启动子序列的分析...

问题 一个基因家族得到两个结构域的ID,然后把两个ID合并去除相同的ID,得到一个新的ID文件保存为fasta形式,传到pfam数据库中,得到一个文件,怎么筛选得到同时具有这两个保守结构域的ID。

文章 TCGA数据发表5分文章

...目的主要是为了检验生存预测模型是质量。lncRNA 表达量筛选剔除掉低表达量的lncRNA,保留高表达量的lncRNA。从TCGA下载到14,488个lncRNA, 经过筛选,获得6855个表达量高的lncRNA。鉴定和筛选预后相关的lncRNA在测试数据集中,通过单因...

问题 老师,在看您教学视频用在线数据库CDD,SMART,PFAM手动确定结构域时,想问问怎筛选目的结构域?保守结构域结果怎么解读,SMART中我批量输入会出错,但是一条一条输入就不会这个要怎么办?

文章 如何将GEO芯片注释文件整理成GSEA能使用的芯片注释文件?

...是芯片注释文件要求内容不能为空,所以我们就是用数据筛选不选择空的内容如下图所示。 按照下图红色箭头所示,选择数据筛选: 一般情况下如果是空值第二列和第三列情况一致(空都空,非空都非空),选择第二列筛...

文章 文献图片检索工具-Openi,用图片检索文献!

...为例,进行操作演示。1. 检索框输入关键词“IAA”,点击搜索。 2. 检索结果如下图,这些图片都与关键词“IAA”相关,这些图还可以根据下图红框内选项进行筛选:Article Type:文献类型;Image Type:图片类型;Subsets:科研领域...

文章 blastall 参数详细说明

...数如:-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E...

问题 structure_plot.r 停止调用

...-nosex   调用:<Anonymous>->parse_args_output->.stop 执行停止 2.Error in `[.data.frame`(groupfile, , opt$group, drop = FALSE) :undefined columns selected Calls: [ -> [.data.frame Execution halted  执行停止 structure 运行显示版本停止运行,怎么修改?

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

...载GDC上的TCGA数据。但是最近有学员想基于“Primary Site” 筛选一下样本,只对其中的一种类型进行分析。 如下图所示: 我查看了一下TCGAbiolinks的文档,发现该软件包不支持对Primary Site的筛选。既然GDC官方网站上能显示出Primary ...

问题 筛选GWAS关联区域内的基因时(LDBlock),基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP?视频中说是10%,视频说的10%请问通用吗?这个10%是如何计算的?

文章 几个样品的转录组文章很难发了?这篇文章一定能给您启示

...释统计: MeJA处理组相对于对照组检测到5767个上调基因(筛选标准FC>2,FDR<0.01,下同),YE处理组相对于对照组检测到5767个上调基因4482。对差异基因进行GO富集之后,作者统计了不同比对组差异基因中富集程度最高的5个功...

问题 老师们好,我使用misa工具搜索ssr,网上教程是接下来用primer3设计引物,但是我的电脑是mac系统,网上教程大多是win的,所以就卡在了这一步。请问mac系统可以装primer3吗?misa生成的结果文件还有什么方法可以批量设计引物呢?