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问题 WGCNA分析中,导入txt的性状数据时(数据为12行样本,10列性状数据),报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 didot have 12 elements。但是数据如果是12行样本,8列性状,会报错

各位老师,WGCNA分析中,导入txt的性状数据时(数据为12行样本,10列性状数据),代码为traitData = read.table("liunatrait1.txt",row.names=1,header=T,comment.char = "",check.names=F)但是报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec...

文章 linux系统中python matplotlib中显示中文乱码

...加设置fontproperties=font: 官方文档 pyplot — Matplotlib 1.5.3 documentation legend方法增加设置 prop=font: 官方文档:https://matplotlib.org/api/legend_api.html#matplotlib.legend.Legend

问题 老师好,我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。

这是我的命令 vcfutils.pl varFilter -w 5 -W 10 "gzip -dc all.raw.gatked.vcf.gz|" |gzip - >all.varFilter.vcf.gz 这是我的报错 Argument "." isn't numeric in multiplication (*) at /share/work/biosoft/bcftools/latest/bin/vcfutils.pl line 323, <> line 167.

问题 老师,我在做共线性分析时,在准备配置文件时有一些关于染色体的问题,因为id文件中有的基因染色体显示是0或者mt或者pt,这种情况下怎么准备呢,难道在配置文件中还是依然写显示出数字的那种染色体号吗

问题 plink 分析pca报错,plink --vcf merge1.recode.vcf --pca 10 --out plink_pca --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --vcf-half-call missing --double-id

文章 JASPAR网站预测启动区域有那些转录因子结合位点

...A数据挖掘感兴趣,请学习我的TCGA系列课程: 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析

文章 使用R包(VennDiagram)进行韦恩图绘制时相关参数调整

...用的一个R包,通过对其中的相关参数进行调整可以达到同的个性化效果,今天我给大家介绍一些常用的绘图参数: ###venn.plot <- venn.diagram(gene_list,#输入的基因数据scaled = FALSE,#根据数据的大小来自动调节圆的大小fill = c(...

文章 win10/win7系统下无法重命名和打开文件提示文件名太长怎么解决

...os.chdir(mydir) cwd = os.getcwd() #group ID map id={"A79_A103_A104_A246_A356_A357_A375_A378_A379_A381_vs_A37_A409_A5_A48_A32_A221_A41_A241_A406_A408":"CW_vs_AW", "A11_A12_A13_A19_A201_A211_A271_A303_A314_A315_A316_A318_A319_A325_A329_A337_A341_A344_A346_A349_A351_A360_A370_vs_A5_A32_A37_A41_A48...

问题 老师您好,我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析,获得了候选基因,我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗?需要怎样判断哪些基因受到正选择,哪些基因受到负选择?谢谢老师!

问题 老师您好,我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析,获得了候选基因,我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗?需要怎样判断哪些基因受到正选择,哪些基因受到负选择?谢谢老师!

问题 在制作基因结构图过程中gene_exon_info.gff文件为空 打开gff文件发现如下情况,请问老师应该如何处理呢

我推测因该是途中id与parent一致导致的,但是并确定 也知该如何处理

文章 Linux中用户组的管理:添加、修改 删除

...: 在创建用户时,需要为新建用户指定一用户组,如果指定其用户所属的工作组,自动会生成一个与用户名同名的工作组。创建用户user1的时候指定其所属工作组users,例:useradd –g users user1 1、使用命令 useradd 创建用户 例...

问题 对基因家族比对结果验证,同数据库的反馈差异很多,求解惑

用课程中hmm search的方法做一个关于黄酮代谢的基因家族分析,在验证比对结果步骤遇到了如下问题: smart网站返回结果显示,分析得到的所有序列都未得到有效验证,如下图: 但CDD和pfam数据库的验证显示,分析得到的序列...

文章 TCGA数据库中应该下哪种表达量数据HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ

...-UQ有啥差别,这个可以查看GDC的官方说明文档中的转录组分析部分,两者的计算公式:     RCg: 比对到基因上的reads数量     RCpc: 比对到所有编码蛋白基因上的reads数量     RCg75: 样品中75%分位对应的基因reads数目     ...

文章 遗传图构建-SNP标记分型

...图谱我们需要对我们群体的每个样本的每个标记做分型,同的遗传图构建软件,对于标记的分型数据记录是一样的的; 例如用的最多的joinmap软件基因型编码如下: 这里介绍如何用SSR标记和SNP标记做分型: SSR标记分型 ...