问题 SNP获取

...师，群体遗传中使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l查看不同样品共获得多少SNP，那如何查看每个样品各自拥有多少SNP呢？在该文件SNP_gene_ann.stat中可以查到每个样品的SNP，但是总数和使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l获得SNP总...

问题 进化树中基因分类的问题

老师，您好！ 我近期构建了一只进化树，但是分类方面感觉面临一些问题；不知道如何分类好，树的体量比较庞大。有没有相关的软件呢？ 附上树的附件： testtree1_wag.nwk

问题 串联重复基因定义

老师，你好 我在分析基因家族中串联重复基因的时候发现我对串联重复基因的定义有点疑问 但是我在视频中看到的筛选串联重复基因和计算kaks时看到 我也看了相关的文献应该是有具体的位置距离限制，但是我在想后面这个...

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

官方中心对照表：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/center-codes Code Center Name Center Type Display Name Short Name 中文 1 broad.mit.edu CGCC Broad Institute of MIT and Harvard BI 麻省理工学院和哈佛大学博劳德研究所 ...

问题 学习中遇见的问题

     老师你好，我在学习基因家族分析（生物信息）这么课程，在学习的过程中遇见了一个问题。今天正好学习到提取蛋白Motif这块内容，按照老师的讲解，同时一步一步的操作。在里面使用到一个meme命令的时候，系统提示我...

问题 一个基因下面有两个预测蛋白怎么办

NW_011935983 下 既预测了XP_011438324 也预测XP_011438325 建树时我该怎么取舍 尤其是两者序列不一样的时候

问题 选择清除Fst和Pi联合作图

老师，想问下为什么这个图片右上角的图例，log2(π ratio）的阈值都是一样的，看横坐标的值，应该不一样呀，一个正一个负。

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

问题 想请教一下，conet网络构建的课程，用提供的数据文件分析完全可以，但是用我的数据文件就报错。我尝试了用测序公司提供的xlsx格式，并把数据形式改成和课程提供数据完全一样，再转化成txt制表符文件格式后输入，选择第二个选项（由biom格式转化来的文件），结果报错。把测序公司提供的biom格式文件输入，选择第三个选项（biom HDF5格式，还是报错）。这是什么问题呢？

文章 lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析

...叉验证的方法排除共线性严重的基因优化和简化模型。该分析可以使用R包glmnet(Friedman et al. 2010)完成。 注：LASSO为寻找最佳的模型，引入变量λ (lambda 又叫收缩算子、模型系数比、调优系数或惩罚值)  随着λ增加，各变量的回归...

问题 如何手动将aln转成axt？

kaks计算用了很多种方法转换axt，最后计算都说不equal，查看序列都相同，也符合三的倍数，都含有ATG，但是就是不equal，查到老师说可以用notepad++手动转成axt，请问怎么转呢？

问题 基因变异的VCF文件除了染色体部分外的其他变异数据如何过滤？

各位老师好，想请教一下，我在做BSA分析的时候，VCF文件里面有许多除了染色体外的其他数据（见附图），这种super大概有三千多个，导致后面分析出不了图，请问下这种数据怎样剔除？

问题 使用clusterProfiler进行富集时，无法生成图片

使用clusterProfiler对非模式生物进行GO/KEGG富集时，无法生成图片，最后只有一个白框。而且最终结果dim后发现也不正常，有没有大神知道这是怎么回事？ 代码及详情见图片

问题 老师您好，我购买了扩增子的课程，在做分析时遇到如下问题：我是混样后侧的序列，结果只有一个fasta格式的序列结果。但是跑课程中的代码是把每个fasta文件加序列号改成符合qiime的格式再合并。而我一开始就是合并在一起的文件，想问有什么办法把合在一起的文件拆分成多个fasta文件吗？或是直接在合并好的文件里直接加序列号从而符合qiime格式吗？谢谢

问题 比较基因组学NCBI数据提取CDS失败

好像就只有最后一步没提取出来，我不知道什么原因，请老师解答