文章 删除linux文件行尾^M符号

...为 DOS下的编辑器 和Linux编辑器对文件行末的回车符处理不一致。 这种情况会导致运行脚本不成功。 当怀疑文件格式问题时，可以用 vim/vi -b [filename] 打开文件，查看是否有^M存在。 快捷删除这些符号的方法有以下几种： 1. ...

问题 基因组信息文件内容格式

老师您好，我在进行基因家族分析的时候遇到一个问题：下载的基因组信息文件内容格式是每条染色体的所有碱基都在一行，也就是只有一行。如图所示。 当我做基因上游瞬时作用元件分析的时候，由于文件太大，防止内存不...

文章 小尺度的种群历史分析——∂a∂i原理解析

...我们对历史事件进行预设，即通过参数设置提供给它一些分析模型，而它对每个模型进行多次模拟，根据最大似然法对每一次模拟进行打分，得分越高，则认为越接近真实群体历史的模型。 4.文献示例展示 例如2013年发表在 Na...

问题 在群体遗传学的分析中，通常会计算核苷酸多样性。一般是以滑动窗格的形式展示的pi值，但是在文章里通常会展示一个整体的pi值，这个整体pi值通常是怎么计算呢？

问题 Te amo老师 就是 我在做共线性分析哪里，遇到下面这个问题，就是遇到生成的*.axt文件是空的，然后报错我截屏在下面啦，您帮我看一下嘛 谢谢，上面的那个问题我已经解决啦。

问题 Te amo老师 就是 我在做共线性分析哪里，遇到下面这个问题，就是遇到生成的*.axt文件是空的，然后报错我截屏在下面啦，您帮我看一下嘛 谢谢，上面的那个问题我已经解决啦。

问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

基因组重复序列分析的时候，在运行【汇总 不同软件生成的repeat库，并用RepeatMasker进行重复序列注释】时候 for lib in ModelerAll.lib MITE_LTR.lib Homology.db; do  blastx -query ${lib} -db ${SPROT} -evalue 1e-10 -num_descriptions 10 -num_threads ${threads} -out $...

问题 求助：Docker启动不了了。

老师，我的Docker Toolbox启动不了了。 您上次建议我把系统升级到win10，并且安装桌面版。（我的上一个问题见链接：https://www.omicsclass.com/question/4670） 我看安装桌面版的链接里说需要先开启Hyper-V。由于我的电脑是华为matebook x pro...

问题 老师您好!我在做mcscan分析时blastall出错，显示两个错误，首先是unable to open output file mcscan/ChaShu.blast,第二个是return non-zero status. 请问老师这种情况应该怎么处理呀?

文章 nomogram_multi_cox.r 多因素cox分析构建模型并绘制列线图nomogram

使用说明： 使用方法类似于基因表达量多因素cox分析https://www.omicsclass.com/article/1533 ，但这个脚本支持输入临床数据用于模型构建并绘制列线图，列线图用的R包rms； $Rscript $scriptdir/nomogram_multi_cox.r -husage: /share/nas1/huangls/test/TCGA...

问题 老师您好，我现在有一组扩增子数据，但是这一组数据是由不同引物扩增出来的，我想放在一起分析，但是咱们课程里的代码在剪切引物那一步只能剪切一种，我应该怎样修改一下代码呢？

这是咱们课程里的代码

问题 用circos进行基因组共线性分析。config1.txt 用的是老师给的参考资料中的文件。最后运行绘图命令时出现如下报错，请问老师这个是哪里出问题了呀？要怎么解决呢？谢谢老师~

问题 尊敬的老师，在按照咱们课程进行选择消除分析 fst pi ROD时，可以正常输出pi.wild，为什么画图的时候图为空的，是不是数据有问题，我的数据是真菌的，fai文件只有1kb，

文章 cBioPortal数据库使用教程

...更多的癌症基因组数据。这使得这些数据的整合，探索和分析越来越具有挑战性，尤其是对于没有计算机背景知识的科学家来说。cBioPortal是专门设计来降低对这些复杂数据的接近门槛，因此，促进基因组数据向新的生物学视野...

问题 CAZy注释阶段，hmmer的太慢占用cpu只有一直很少

run_dbcan \   --out_dir $workdir/6.annotation/CAZy \   --db_dir $Database/CAZy/db/ \   --tools diamond hmmer \   --dia_cpu 40 \   --hmm_cpu 40 \   $workdir/5.pred_cluster/cluster/protein.fa \   protein 如何设置参数