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问题 转录组中筛选功能基因是否需要分性别筛选?

老师您好,基于多数转录组分析功能基因的文献,大部分人都是雌雄基因一起分析,然而我们学科的导师在我毕业答辩的时候问我,为什么没有将雌雄转录组分开筛选功能基因。这个问题,也问住我了。我看绝大多数的文献都是...

文章 蛋白纯化过程中的七大常见问题详解

...重组蛋白从生物体中分离并纯化。蛋白纯化方法主要利用同重组蛋白之间的相似性和差异性。可以根据蛋白之间的相似性去除非蛋白物质,然后根据蛋白之间的差异分离纯化目标重组蛋白。在蛋白纯化的过程中,我们可能会遇...

问题 NJ法和ML法建树大大

用NJ法可以建出来树,用ML法建出来或者支持率几乎都为0是怎么回事呢

文章 计算串联重复基因KaKs的时候,aln文件一定要通过脚本转换为axt文件么?这两种文件格式是否可以直接通过修改扩展名来实现?

    最近有关计算KaKs的输入文件,有人提出了问题:是是可以通过修改后缀名称aln变为axt来改变文件,变成软件可识别的格式?     答案是可以的,因为aln文件跟axt文件的格式是一样的,因此只能通过命令转化。    ...

文章 tassel PCA报错

...SNP: tassel PCA允许的SNP数量: 作者推荐使用MDS替代PCA分析,MDS和PCA的作用比较类似,只过MDS是基于最小线性距离进行聚类,而PCA是基于最大线性相关性进行聚类: MDS分析需要距离矩阵作为输入,先使用tassel生成距离矩阵...

问题 为什么./configure时会出现错误

第一个no前面应该没有错误啊为什么会出现no 第二个问题百度知道怎么解决,求告知

问题 关于构建进化树的序列问题

...是estscan预测到的,我将两个文件合起来,参照基因家族分析实操课程中的过程构建了系统发育树,但是从结果来看家族基因成员都比较分散,很多都只是两三个在同一分支下,请问是否应该只用blast比对到的pep结果来分析?(之...

文章 使用 mygene.info 获取基因注释信息

...。mygene.info是一个提供全面、准确和最新基因注释信息的在线服务。该服务由Scripps研究所提供,并以RESTful API的形式开放给公众。在本文中,我们将探讨如何使用mygene.info的Python包来快速获取基因的相关信息。 特点 多物种支持:...

问题 VCFtools计算fst, pi, ROD, tajimaD, xpclr计算xpclr,得到这些结果作图的时候,曼哈顿图有阈值线,怎么给平滑曲线加上阈值线?另外,平滑曲线的值是经过怎么转换?

...曲线加上阈值线? 另外,平滑曲线的值和曼哈顿图的值一样,平滑曲线的值是经过怎么转换?看了视教程没有看到仔细的讲解,另外看脚本的说明没有看到怎么添加,可能是我看的仔细。 如下图

问题 使用MEGA建树时NJ法老是闪退

成功过一次,但是又可以了

问题 重测序

...的内存了,一个任务分给20G,同时运行5个任务可以把?知道分给20G的内存够够? 这并行运行和直接分给100G 一个任务运行,速度有差别吗? nohup ParaFly -c  w.sh -CPU 5 > w.sh.o&

问题 Bio::SeqIO模块的快速安装

老师您好!在使用你们的提取启动子的脚本时,遇到缺少Bio::SeqIO模块,请问怎样使用conda快速安装该模块。cpan尝试多次都成功,太过复杂。谢谢!

文章 分离NR NT库,快速blast本地比对同源注释基因

...了,我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开,可下如下文件,然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库: wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gzwget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gzwget -c ftp://ftp.ncb...

问题 想自己画venn维恩图,请教怎么画?

之前做了些转录组的实验,需要自己画些venn图,但是知道怎么画

问题 想问一下用做药物作用后的itraq标记质谱分析蛋白的变化?对照组是113和114,实验组是115,116,117,那如果得到了115/113,116/113,117/113,115/114,116/114,117/114这些都是实验组与对照组倍数变化fold change 以及他们对应的p值,那我怎么用,筛选的时候要用这六个比值的均值吗?还是有其他的筛选办法?还有六个p值应该如何来筛选?