在建树之前的这步对过滤后的vcf文件排序时出现这个报错，哪位大佬知道为啥吗
...{Chr} \ --tmp-dir $tmpdir" done done > gvcf.sh 运行 gvcf.sh这个代码后，目前过了16小时，一个样本才只完成了5条染色体（一共12条染色体，一个样本大致是12G的数据量），还是太慢了，我有几百份的样本。老师看有别的方法吗？ ...
...应用时，Rosetta 2都会在后台运行，自动翻译转化，使应用可以在 Apple 芯片的 Mac 上运行。 打开终端，执行以下命令 /usr/sbin/softwareupdate --install-rosetta --agree-to-license 安装Rosetta 2成功后，即可成功打开应用 ————————...
...evtools::install_local("proteusLabelFree-master") 通过本地安装，就可以解决该问题。
在此之前已经通过grep -v -E "^##|^Contig"过滤掉以##和Contig开头的行了，染色体名字也从LG01转变成1了
fastp是一款数据质控软件，可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_tr...
...间序列。 Mfuzz 使用模糊 C均值聚类算法，将数据点分配到多个聚类类别中，同时计算每个数据点的成员隶属度。与传统的硬聚类方法不同，模糊聚类允许数据点属于多个聚类类别，这对于基因表达数据非常有意义，因为某些基...
... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？...
...tions have backported the necessary changes to older versions). Tornado 这个包有问题，解决办法是用 下面apt-get解决，会自动帮我们检查SSL： sudo apt-get install python-tornado
...到需要从nwk文件中提取基因ID的情况，为此写了一脚本，可以实现此操作。 用法： perl nwk_geneid.pl -i in.nwk -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i...
...怎么解决，如果优化代码，该如何优化，希望老师解惑，这个问题一直困扰无法进行下一步。 > # 加载R包 > library(TCGAbiolinks) > library(SummarizedExperiment) 载入需要的程辑包：GenomicRanges 载入需要的程辑包：stats4 载入需要的...
...的时候分析的拟南芥WRKY的E-value值是选取的小于0.001，我这个出来的结果最小都3e-10，怎么设置能让筛选条件（E-value）变小，从而晒出更多 的基因？
...s * (len / effLen) } 如果您对转录组数据挖掘感兴趣的话，可以学习我的转录组分析和挖掘课程： 《转录组标准分析后的数据挖掘》《RNAseq有参转录组数据自主分析》
...在注释本的5UTR内。 最后一个就是哪里或哪个数据库可以调取hg18版本的基因组注释。 老师，这几个问题我纠结了一个月，麻烦您了，万分感谢！
...种样本的数据，那该如何下载指定类型的数据呢？ 其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数，指定sample.type 去筛选样本。 比如：需要下载实体瘤组织的样本，那么指定sample.type 为 “Primary solid Tumor”即可： query <- GDCquery(...