...下： 如果你想学习lncRNA与基因表达的相互调控，可以学习我的ceRNA课程。 《TCGA-ceRNA调控网络分析》
...纵轴为对应的Running ES, 在折线图中有个峰值，该峰值就是这个基因集的Enrichemnt score，峰值之前的基因就是该基因集下的核心基因。 第二部分为hit，用线条标记位于该基因集下的基因 第三部分为所有基因的rank值分布图, 对应...
...万的unigene ，如果比对全库的话，就太浪费时间了，我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开，可下载如下文件，然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库： wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gzwget -c ftp://...
...te_genomic_scaffold_v1.0_gene.gff.gz#解压gunzip *gz#如果没有GTF文件可以转换一下gffread P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.gff -T -o P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.gtf 空间转录组 #可选操作，选择蛋白编码的基因：#spaceranger mkgtf P_aphrodite_genom...
...，给大家的使用带来了不便，这里介绍一个工具帮助大家可以从表格文件中快速生成itol需要的配置文件美化进化树。下面给出例子： . 示例数据 1. 进化树数据 abunt-tree.nwk： ((OTU_47:0.101892516,OTU_46:0.205918075)0.999:0.12637554249999997,((...
...AVA的环境设置 export JAVA_OPTS=-Djava.awt.headless=true 但是这样也还是不行，还是显示上面报错。 请老师们帮忙解答一下怎么解决！
...吗？参考基因组好像只有NCBI里有怎么办呢？这种情况下可以手动修改吗？
...一种思路的深度分布图 (2) 组装两套基因组： 第一，可以结合HiC进行组装，软件有：hifiasm；verkko；FALCON-Phase。 第二，结合亲本测序数据，软件：canu；verkko；hifiasm。 其中hifiasm是对组装之后的graph进行拆分，canu是对reads进...
...-TA"; gene_id "Gglean025954"; 转换： Cufflinks里面的工具gffread可以直接实现GFF与GTF的互相转换。 #gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf #gtf2gff gffread merged.gtf -o- > merged.gff3
...辑距离越小，两个串的相似度越大 fuzzywuzzy的process模块可以比较两组（个）数据，并输出比对分数 如下面的脚本即是比对自己的一组数据和参考的一组数据，并得出比对结果，比如我这里使用基因 #!/usr/bin/env python3 import pandas...
... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...
...e/6113.html）进行blast2go本地化，执行以下命令后，我的b2gdb这个文件下并没有作者显示的这么多，请问是哪一个数据库我导入出了问题？有没有无参GO注释的流程或者手册之类的推荐一下？ mysql -s -uroot -p密码 b2gdb < go_monthly-assocd...
...种情况，序列本身进行比对，也就是序列自己和自己比，可以发现内部的一些重复 blastn -query aaa.fasta -subject aaa.fasta -out out -evalue 1e-5 -outfmt 6 二、blast结果 1. 比对结果输出 query_id refer_id identity alignment_length ...
....gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE146771 数据下载与预处理代码： 这个数据有点特殊是smartseq的单细胞数据，为全长数据，并且已经做TPM标准化： #数据下载 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE146nnn/GSE146771/suppl/GSE146771%5FCRC.Leukocyte.Smart...
运行这个命令的时候perl get_fa_by_id_from_bed.pl ATH.bed Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa ATH.cds 脚本：#北京组学生物科技有限公司 #email: huangls@biomics.com.cn die "perl $0 <idlist> <fa> <OUT>" unless ( @ARGV == 3 ); use Math::BigFloat; use Bio:...