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文章 Nature | 获得学术成功的3个技巧——享受社交生活很重要!

...说太多?那你可以花改成花两个时完成,然后一步一步调整,最终实现这个目标。二、努力也要有技巧我们平时最大的问题可能就是——与别人对比,你可能好不容易发表了1篇核心论文,然后发现,没有发核心的同学也一样被...

文章 植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman

...文件,这些都需要保证网络畅通,并且下载安装的过程会比较长(当然如果哪一个pathway或者mapping文件没有下载下来也不要担心,这些都可以后期导入)。安装过程主要涉及了语言选择(eng)、代理选择(跳过不选)等等。 软...

问题 进化树中基因分类的问题

老师,您好! 我近期构建了一只进化树,但是分类方面感觉面临一些问题;不知道如何分类好,树的体量比较庞大。有没有相关的软件呢? 附上树的附件: testtree1_wag.nwk

文章 字节跳动核心竞争力到底是什么?

...观最有力的支撑。 1.3.模式集权 个人集权,机构集权比较容易理解,那么模式集权如何理解呢?对ByteDancer来说,就是全公司自上而下的OKR制度,从CEO开始定制自己的目标,然后和直接汇报人一起review,之后逐层细化到各个...

文章 seqcluster软件安装

SeqCluster 是一个用于处理RNA测序数据的生物信息学工具。它主要用于从深度测序数据中识别和表征RNA簇。SeqCluster 尤其适用于发现新的microRNA和其他RNA,以及分析已知的RNA。 SeqCluster 的一些关键特性包括: RNA聚类: Se...

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

...PI,是可以拿到样本的“Primary Site”, 但是采用官方的API比较麻烦。最后找到了Bioconductor中的“GenomicDataCommons ”包,该包是对GDC API 的封装。 简单研究了一下GenomicDataCommons 文档,最后写了一个简陋的代码用于筛选样本: # 筛选...

用户 你这个猪怎么还不约我(´・ω・

文章 导师放养,没有实验经费,该怎么办?

...太多顾不过来,咱们也不能就自抱自泣不是? 针对这个比较普遍的问题,学霸姐姐总结了一些有用的技巧, 帮助你巧妙应对大boss,顺利完成学业! 一、导师不给买细胞/抗体/实验耗材......怎么办? 如果你的导师不给你买你...

问题 大家好,生信白想请教一个问题,当我安转了conda之后,系统自然给我打开了环境模式,也就是说我可以自己创建不同的环境以及在不同的环境中安装不同的软件。那么,~/.bashrc配置文件中不同软件的环境配置会出现什么变化吗?因为我发现有了#conda initialize这个部分了。第二个问题是,当不同环境的软件无法互相依赖互相调用我又该怎么办呢?

文章 已测基因组植物统计(增补完善版),建议收藏!

...新后,截止于2018年3月18日的已测基因组植物物种收录就比较全了,建议您按文末方式索要Excel版收藏!再次对关心支持我们的朋友们表示衷心的感谢!组学生物愿与您一同成长!(此次更新后,截止于2018年3月18日的已测基因组...

文章 beta多样性中的距离矩阵总结

Beta 多样性不同生态系统之间多样性比较:物种丰富度(有无)和均匀度(相对丰度) 先看纵向: present/absence: 基于物种丰富度(种类有无)的计算距离矩阵,样品中稀有OTU数量对其影响较大,稀有OTU也就是相对丰度很低...

文章 linux大文件分割 分开行数文件 split命令

...的文件][输出文件名]  补充说明:split可将文件切成较的文件,预设每1000行会切成一个文件。  参  数:  -<行数>或-l<行数>  指定每多少行就要切成一个文件。  -b<字节>  指定每多少字就要切...

文章 pheatmap绘制聚类热图

...)pheatmap(mat) 利用pheatmap一步出图,其结果如下: 参数调整 初始绘图结果和实际需要的图片差异可能比较大,这些都可以通过对应的参数进行调整,譬如:(1)scale 数据标准化原始数据中,每个基因表达变化范围对应的数值...

文章 univariate_cox_batch.r 基因表达量批量单因素cox回归分析

...说明: 输入生存数据与基因表达量可以做批量单因素cox回归分析 $ Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r --husage:  univariate_cox_batch.r [-h] -m metadata -g                                                         expset [-t time]        ...

文章 怎样画多物种基因家族共线性分析图?

...物种之间的共线性关系,同时我们将油菜自己和自己进行比较,为后面将油菜分为A基因组和C基因组做准备Python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog Arabidopsis_thaliana youcai --cscore=0.99 --no_strip_namesPython3 -m jcvi.compara.catalog ortholog youcai Br...