文章 教你如何使用u盘安装Linux系统

... 清华的镜像地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos/7.9.2009/isos/x86_64/  版本说明 CentOS-7-x86_64-DVD-2009.iso This DVD image contains all the packages that can be installed using the installer. This is the recommended image for most users. CentOS-7-x86_64-NetInstal...

问题 老师，请问我在做基因组间共线性分析，我的gff 文件，和cds 文件格式如下，如何修改这两个脚本文件get _gene _bed.pl和get _fa _by _bed. pl ，才能提取成功进行下一步分析，谢谢！！

文章 NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

...atabase 如果你输入的是protein gi号的话需要更改：db=protein 2）id=663070995,568815587 指定GI号，多个gi号用逗号隔开 3）rettype=acc  设定返回的是Accession号； 详情可参照：https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2016/12/06/converting-gi-numbers-to-accession-v...

问题 请问老师，对基因组数据进行处理，保留最长转录本为何会出现一个基因有两个5端UTR？如截图所示。

老师，您看这条基因GnomonmRNA41473094172711.-.ID=rna-XM_038109278.2;Parent=LOC105391084;Dbxref=GeneID:105391084,Genbank:XM_038109278.2;Name=XM_038109278.2;experiment=COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239];gbkey=mRNA;gene=LOC105391084;model_evidence=Supporting evidence includes similarity ...

问题 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

...ingularity/bin/singularity exec /public/home/huangyou/docker-images/reseq-v2.0.sif gatk --java-options HaplotypeCaller -R /public/home/wangyongsheng/PepsiCo_OT3098_V2_panoat_nomenclature.fasta \ -I /public/home/wangyongsheng/oats/text/picard-bam/${i}.sorted.dedup.bam \ -O /public/home/wangyongshe...

文章 Windows远程桌面设置及使用方法

...“计算机”，然后单击“属性”。在“计算机名称、域和工作组设置”下，你可以找到计算机名称及其完整计算机名称（如果你的计算机在某个域中）。 允许远程桌面连接通过 Windows 防火墙 如果你在连接时遇到问题，则可能...

文章 命令行 光标移动技巧

...令 M-f ：往后(右)移动一个单词 进阶，极大的增强你的工作效率 Ctrl – h ：删除光标左方位置的字符Ctrl – d ：删除光标右方位置的字符（注意：当前命令行没有任何字符时，会注销系统或结束终端）Ctrl – w ：由光标位置开...

文章 敏捷开发——互联网时代的软件开发方式

...并将客户反馈纳入产品和流程，要求自组织团队不断调整工作的内容以提高效率。团队可以进行定期调整以满足每天出现的新需求。在项目规划方面，这种波动环境可能会使事情变得棘手：因为几乎不存在明确的截止期限和可预...

问题 老师，我在利用perl ../script/get _ene _ exon_ from _ gff.pl in1 时，老是提不出文件，他说十几行不合适但是这个和视频里面的一样，

试了一天了，就是不合适

文章 grep 两个文件内容取交集

...grep 筛选两个文件中共有的信息 N.txt cat N.txtZm00001d003640_P001Zm00001d003640_P002Zm00001d003640_P003Zm00001d010870_P001Zm00001d011034_P001 C.txt cat C.txtZm00001d003640_P001Zm00001d003640_P002Zm00001d003640_P003Zm00001d010870_P001Zm00001d011035_P001 N.txt 和C.txt 的交集grep -F -...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...s("GGEBiplotGUI")library(GGEBiplotGUI)library("GGEBiplots")library("reshape2")library(vegan)library(corrplot)library("psych")library(Cairo)setwd("D:/potato/")data1<-read.table("张北data.txt",header = F,row.names = 1,comment.char = "",sep = "\t",encoding = "UTF-8")data.t<-as.data.frame(t(data...

文章 Perl 变量命名规则

... 1.不要与perl中的内置变量名相同如：%ARGV，$a,$b $_ 等等 2.perl中的变量名严格区分大小写 3.建议使用大字母，小写字母，数字，下划线组合命名变量名。其他特殊字符。 变量命名示例 变量名采用 形容词_名词 的格式命名，...

文章 三代纠错软件LoRDEC安装

...64/:$LD_LIBRARY_PATH 解压并编译： tar -xjvf lordec-src_0.9.tar.bz2cd lordec-src_0.9make clean all -j8 报错1: 提示/usr/bin/cc 下的gcc版本低，发现自己安装的gcc的bin目录没有链接好cc： 可将/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/ 下的gcc链接成cc cd /shar...

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

以下是日志 [root@b3b8d8255335  13:06:20 ~]# cd $workdir [root@b3b8d8255335  13:06:34 /work/desaturase]# cd 01.data_prepare [root@b3b8d8255335  13:06:41 /work/desaturase/01.data_prepare]# ll total 0 -rwxr-xr-x 1 root root 152M Jul 23 16:04 Branchiostoma_floridae.fa.gz -rwxr-xr-x 1 root ...

问题 请问用cytoscape进行conet网络构建时原始数据文件是怎么得来的

...但是用我的数据文件就报错。我尝试了用测序公司提供的xlsx格式，并把数据形式改成和课程提供数据完全一样，再转化成txt制表符文件格式后输入，选择第二个选项（由biom格式转化来的文件），结果报错。把测序公司提供的biom...