找到约 15 条结果

文章 微生物与环境因子，代谢物，功能等相关性分析linkET

...ithub.com/Hy4m/linkET 示例代码： library(linkET)library(ggplot2)library(dplyr)#读取示例数据#micro <- read.delim('微生物数据.txt', row.names = 1)#env <- read.delim('环境数据.txt', row.names = 1)data("varechem", package = "vegan")data("varespec", package = "vegan")#...

问题 tophat2建立索引报错：Error: gtf_to_fasta returned an error.

tophat建立索引的时候出现报错； "/share/work/biosoft/tophat/tophat-2.1.1/bin/tophat2" -G Sspon.v20180123.gtf --transcriptome-index=transcriptome_data/known Sspon.HiC_chr_asm [2019-04-28 05:49:42] Building transcriptome files with TopHat v2.1.1--------------------------------------------...

问题 单细胞高级分析代码的报错求助

...68","Pclaf","Smc2","Cd79a","Cd79b","Nt5e","Cd44", + "Cdk6","Runx2","mt-Co3","mt-Co1","Trbc2","Cd2","Col1a1","Col3a1", + "Ermap","Aqp1","Cdh1","Mcpt8") > 这个代码开始报错，其它的都是类似的报错 DotPlot(obj, features = marker)+coord_flip()+ + theme_bw(...

问题 ggplot2-气泡图-geom_point几何对象函数中点的颜色/大小映射的问题

...绘制气泡图 已预先设置阈值/标签 enrich = 0.01minPvalue=1e-15xlab=""ylab="Rich factor"title=""color="-log10(Pvaule)"size="DEGs" 使用geom_point（）函数进行点的颜色/大小映射 当aes中写之前定义的标签名时 kegg_point<-ggplot(kegg,aes(x=Kegg_pathw...

文章 An introduction to PERMANOVA and ANOSIM

PERMANOVA（Permutational Multivariate Analysis of Variance）和 ANOSIM（Analysis of Similarities）都是用于分析和比较群组间多元数据差异的统计方法。它们特别适用于生态和环境科学领域，但也可应用于其他需要分析复杂数据集的科学研究。这两...

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

...Positive-specific Interative Basic Local Alignment Search Tools)是基于profile搜索的方法，来寻找目标序列。PSI-BLAST先从query序列开始，获得一系列相似性序列，看作是同一蛋白家族，然后构建一个profile。这个profile的矩阵化形式，称之为position-...

问题 gatk报错：java.lang.IllegalStateException: Read position too high for BAI bin indexing.

50b aligned to Chr1A:536904672-536904820.         at htsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFileWriter.java:140)         at htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.close(SAMFileWriterImpl.java:210)         at htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter.synchronouslyClose(AsyncSAMFileWriter....

文章 三代组装软件Flye安装及使用

...量（根据自己的安装路径进行添加）vim ~/.bashrcPATH=/opt/biosoft/GENOME/Flye-flye/bin/：$PATHsource ~/.bashrc 二、使用 Flye常用选项参数： --pacbio-raw：设置 pacbio 原始数据所在路径--pacbio-corr：设置纠错后 pacbio 数据所在路径--nano-raw：设置 nan...

文章 cactus 软件：从基因组比到泛基因组分析​

...m/ComparativeGenomicsToolkit/cactus 选择的是Pre-compiled Binaries Linux Tarball这个版本： wget https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus/releases/download/v2.9.9/cactus-bin-v2.9.9.tar.gz 安装： # 解压缩tar -xzf cactus-bin-v2.9.9.tar.gz# 进入文件夹cd cactus-bin-v2.9...

文章 plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）

...o(list$tree_row),type="fan") typea character string specifying the type of phylogeny to be drawn; it must be one of "phylogram" (the default), "cladogram", "fan", "unrooted", "radial" or any unambiguous abbreviation of these.cladogramunrootedradial …… 如果想提升自己的绘图技...

文章 Perl 入门 之 context 标量上下文与列表上下文

context 上下文 perl 最独特的特性就在于 它的代码对于上下文是敏感的。 每个perl的表达式要么在 scalar 上下文中求值，要么在列表上下文求值 my $scalar = "mendeleev"; #赋值 标量上下文 my @array = ("Alpha", "Beta", "Gamma", "Pie"); #列表上...

文章 筛选VCF中指定位置变异位点

...完成。 vcftools --vcf Variants.snp.unknown_multianno.vcf --chr A03 --from-bp 577700 --to-bp 607700 --out out_prefix --recode --recode-INFO-all 这里解释一下各个参数       --vcf    后面跟的是vcf文件     --chr    后面跟筛选区域所在的染色体     --for...

问题 R语言 PCA

> data <- read.csv('E:/fpkm.csv', header = T)> student.pr <- princomp(data, cor = T)Error in cov.wt(z) : 'x'只能包含有限值>  请教，这个怎么解决？

文章 Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色

...图： library(Vennerable) data(StemCell) w <- Venn(Sets=StemCell[1:2]) plot(w, type="squares") 自行修改颜色，当然type还有"circles","squares","triangles","ellipses","AWFE","ChowRuskey","AWFE".类型包括圆形，椭圆形等，这里绘制的是方形的维恩图，修改颜...

文章 IF=6.2 | 银杏生理性叶片灼伤的转录组和代谢组联合分析

... 2026年4月，Industrial Crops and Products杂志发表了一篇题为“Integrating transcriptome and metabolome analyses to reveal regulatory mechanism of physiological leaf scorch in Ginkgo biloba L.”的转录组-代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 银杏（Ginkgo bi...