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问题 关于多因素 cox分析后,gene signature的构建的问题

...predict 功能构建显著性基因组成的风险模型。 1、是根据这个模型对样本算出的值进行高低风险评价,生存分析,以及ROC的吗? 2、predict 预测之后,可以样本对应的一个值,这个由若干个基因构成的公式 应该如何查看呢?3...

问题 用GenomeScope软件预测基因组偏小

...92M,修正后为387M。与我用GenomeScope软件预测的相距较大。这个物种以前做过基因组测序,基因组大小大概在400M左右,我觉得348M,预测的偏小了。我将--max_kmercov 10000的数值调很大,但是预测的结果没有变化,是什么原因呢?...

问题 构建完新的hmm文件之后,出现这个报错,是什么原因啊,咱们论坛上面找过了,但是没有好的解决方法

问题 老师,我在分析PSMC时,出现无法查找染色体名称,fa文件里面的命名是这个样子的,该怎么办啊

问题 ###16S/18S 方法1:dada2 数据质量过滤,合并,去嵌合,去引物一步完成。这个步骤代码报错,请老师帮我看一下这个问题,之前有帖子这个问题,说是建议下载咱们课程提供的docker镜像,我就是下载的咱们课程的docker镜像,但还是出现了这个问题,请老师解答,谢谢!

文章 linux NFS 服务手动挂载nas文件

.../255.255.255.0(rw,no_root_squash,async) 配置说明: 1、/app/test/:这个是本地要共享出去的目录; 2、*:指的是允许的ip地址指的是【客户机client】,*表示所有;可以是一个IP:10.1.1.0,可以是一个IP段; 3、(rw,sync,no_root_squash): 1)rw...

问题 老师,我做进化树+基因结构+motif一张图全显示的时候是这个样子,为什么有很多基因没有基因结构?但是我在GSDS上得的基因结构图是长这个样子的,这是为什么啊?

文章 误差线该用标准差还是标准误?

...差线对应的表示的底是标准差还是标准误?其实……都可以,此外还可以用特定的置信区间(譬如,95%的区间) 误差线 主要指示数据每一个数据点的误差(或不确定性)范围,显示潜在的误差或相对于系列中每一数据标志的...

文章 synteny collinearity 区别

在比较基因组学的时候,经常会听“共线性”这个词,但是与其对应的有两个不同的概念,即 (1) synteny : 同线性(synteny): 两个物种的几个同源基因分布在同一条染色体上,不需要考虑基因之间的排布 (2) collinear   共线性...

问题 老师,我有141个样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这个格式在后续用不了,这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了

文章 转录组后续实验怎么做?

...辅以什么样的实验继续深入挖掘转录组数据呢?为了求证这个命题,小编搜索了18年三月最新的转录组文章,发现了两篇以积雪草(Centella asiatica)为材料的文章,并且是以同一个转录组数据连发的两篇SCI(2017年12月一篇;2018年3...

问题 请问预测motif后,有没有网站可以查找它的功能

文章 基因结构图修改ID

... Structure Dispaly Server(网址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php )可以基于gff等文件进行基因结构图的绘制,参考:https://www.omicsclass.com/article/63  tbtools可以进行单独的基因结构图绘制,同时可以通过注释功能帮助批量修改ID 1、通过othe...

文章 CORNERSTONE,一款让你无法自拔的项目管理工具

...况,右侧部分显示任务分配状况。 资源日历视图,可以简洁的看出每个任务在各个时间段内(每天、每周、每月或其他时间间隔)所需要的工时、成本等信息,从而可以更合理地调整资源在任务上的分配。 新建任务: ...

文章 vscode如何下载安装并连接服务器

...用的R举例子,安装都是一样的,直接install就行直接点击这个拓展名 就会出来他的文档,开头就介绍了他的一些功能,如语法高亮,markdown拓展,终端交互,管理软件包,查看图片等, 一些软件信息可以在设置里调 一些...