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问题 老师,麻烦您看一下我下了这种series_matrix.txt 文件后续可以怎么分析,找到我自己一些感兴趣基因的表达量绘制热图,看这个文件像是双通道芯片对吗

GSE10487_series_matrix.txt.gz

问题 老师,在使用 perl ../script/get_fa_by_id.pl进行基因家族成员顺势作用原件分析与展示时程序报killed

这里用的是玉米基因组2.1G, 开始搭建镜像时docker run -m 10G --cpus 2 --rm -v C:/gene-family:/work -it omicsclass/gene-family:v1.0.1 给了10G, 然后管是使用perl ../script/get_promoter.pl ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa mrna_location.txt promoter.fa还是拆...

文章 你愿意“编辑”自己的宝宝吗?俄科学家已经开始编辑人卵基因!

...四对夫妻进行讨论, 他想帮助像这样的夫妇生一个听力受影响的孩子。 如果可以“编辑”健康,那么,性格或许也能被提前设定 早在去年的11月,我国科学家贺建奎就宣布一对基因编辑的双胞胎婴儿于已经平安诞生, 她...

文章 聚合酶链式反应(PCR)

...、省时等特点。它仅可用于基因分离、克隆和核酸序列分析等基础研究,还可用于疾病的诊断或任何有DNA,RNA的地方.聚合酶链式反应又称无细胞分子克隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术。 工作原理    类似于DNA的...

问题 转录组数据分析中的NR_Description中的PREDICTED: BAHD acyltransferase At5g47980 [Ricinus communis]的predicted是什么意思。为什么有一些没有predicted

问题 老师您好,我想问一下关于双通道芯片转录组数据分析的相关课程和资料有吗?因为我在GEO数据库里找到的我需要的转录组数据是双通道芯片的

问题 老师您好,基因家族分析时,用拟南芥某基因家族用blast比对目标物种蛋白质序列,最后得到的结果有503条,这503条应该怎样取舍,然后做下一步结构域搜寻?谢谢

文章 compare_stat_boxplot.r metadata中变量分组T检验比较并绘制box图

使用说明: metadata中按列分组,做差异比较分析,可以利用 merge_tsv_files.r  或者  merge_metadata_genexpdata.r  将比较的信息合并到metadata中: usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/compare_stat_boxplot.r       [-h] -m filepath -v variate [...

文章 perl 中 $#ARGV 是什么意思

perl中会遇到一些特殊的符号,让人知道是干嘛的,例如前久遇到的 $# 后加数组名($#ARGV),第一次见知道代表什么,查阅后才知道他代表数组的个数减一,即数组@ARGV最后一个元素的索引。用处也就是在程序开始时判断...

文章 你希望自己成为什么样的人?

...。年龄特别像个警钟,隔三差五来敲打一番, 但这未尝是一件好事。 每到一个阶段,它就来了,然后唤起我们内在的反省与思考。  反省与思考是一件很痛苦的事情, 但它是成长过程中必须且必定要经历的一个过程, 唯有...

文章 关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

... A模型,系统发育树被预先分为前景枝和背景枝。在model A分析时会假设存在四种类型位点(site class): (1)class 0:在整个系统发育树中为负选择(negative selection)的密码子,前景枝和背景枝dN/dS估算值为:0<ω0<1 (2)class 1...

文章 停止、删除所有的docker容器和镜像

这些命令总是记住,或者说用心去记,所以记录在本文中,以便将来查询。 列出所有的容器 ID docker ps -aq 停止所有的容器 docker stop $(docker ps -aq) 启动所有的容器 docker start $(docker ps -aq) 删除所有的容器 docker rm $(doc...

问题 你好,请问做顺势作用元件分析时,小麦分染色体提取时,怎么每条染色体都只提取了一条序列,谢谢老师,可是我内存分配了11个G,应该是内存够吧

问题 你好!做基因家族分析,mcscan 做基因组间共线形关系,按课程做没有问题。用自己的数据,在绘制图片时显示如下图。配置文件如下图。文件夹内文件如下图。该如何处理?

问题 老师,我现在在学习泛基因组分析,研究物种是梨;现已找到13个基因组,那我在基因家族鉴定的时候用13个基因组;而泛基因集的构建我需要选择几个?