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文章 MCScanX 在biolinux上安装及使用

...命令前面加sudo 之后再运行就没问题了； 如果安装过程中报错，可参照：https://www.omicsclass.com/article/104 二、基因家族复制加倍分析（练习） 官方网站上提供测试代码，还有测试数据，存放在MCScanX安装目录的data目录当中，非...

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

以下是日志 [root@b3b8d8255335  13:06:20 ~]# cd $workdir [root@b3b8d8255335  13:06:34 /work/desaturase]# cd 01.data_prepare [root@b3b8d8255335  13:06:41 /work/desaturase/01.data_prepare]# ll total 0 -rwxr-xr-x 1 root root 152M Jul 23 16:04 Branchiostoma_floridae.fa.gz -rwxr-xr-x 1 root ...

文章 绘制HIC热图

...； -c ：指定配置文件路径； -o：指定输出目录 结果目录中找到　hicpro_out/hic_results/matrix/sample1/raw/20000/路径下的两个文件bed和matrix。 绘制HIC热图 使用EndHiC软件绘制。 matrix2heatmap.py sample1_20000_abs.bed sample1_20000.matrix

文章 桑基图绘制

桑基图是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。 载入数据 rm(list=ls())data("iris")iris...

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...图我们也是可以画出来的。 在 如何绘制SNP密度图 文章中，我们利用R中的 CMplot 包绘制了SNP密度图，其实 CMplot 包还可以绘制曼哈顿图哦！这里就来说说具体怎么操作吧。 CMplot 包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 安装并...

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

在merged.gtf文件中有所有外显子的信息，下面的脚本可根据此文件提取转录本的所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00   Cufflinks       exon    37990   38333   .       +       .       gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000...

文章 8月相约南京--群体遗传进化GWAS分析、T2T基因组、泛基因家族、宏基因组等主题培训！

...效的生信学习方式，是实现弯道超车的最佳选择： ① 集中时间培训，有效治疗“拖延症”，激发体内“自律因子”，学习更加高效； ② 讲师现场手把手指导，及时解决学习中遇到的难题； ③ 和同领域同行进行交流，掌握科...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读（直肠癌）

...据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的基因表达数据（主要包括芯片表达数据，也包含一些高通量测序表达数据）。这里...

文章 在Windows系统中安装并使用seqkit工具

...OWS\system32.将下载的seqkit.exe软件复制到本地C:\Windows\System32中 运行软件： 1. 打开windows系统的Windows power shell页面。输入命令：seqkit version。确认是否下载安装成功： 2. 之后就可以使用seqkit工具处理生信文件了。 seqkit工具的命...

文章 获取关系矩阵（WGCNA)

在进行WGCNA分析的过程（学习WGCNA）中需要基于表达矩阵转换关系矩阵，结合power值构建邻接矩阵，并由此构建TOM矩阵最终构建网络。在代码实现的过程中往往： 1、计算power值 2、基于power直接利用adjacency()由表达矩阵--邻接矩...

文章 blast XML结果解析，获得更多blast比对信息 perl

...，包括比对的序列信息，长度信息等等；接下来我们可以用bioperl包来解析，获取自己想要的信息； #!/usr/bin/perluse strict;use Bio::SearchIO;use Data::Dumper;my $fi     = $ARGV[0];my $out = $ARGV[1];my $format;$format||="blastxml";my $searchio     = new B...

文章 快速生成iTOL配置文件美化你的进化树

...带来了不便，这里介绍一个工具帮助大家可以从表格文件中快速生成itol需要的配置文件美化进化树。下面给出例子： . 示例数据 1. 进化树数据 abunt-tree.nwk： ((OTU_47:0.101892516,OTU_46:0.205918075)0.999:0.12637554249999997,((OTU_7:0.079452354,(OT...

文章 SCI文章投稿各阶段的电子邮件模板合集

...得尊重，因为第一次的投稿不知道具体负责的编辑，只能用通用的Editors）: On behalf of my co-authors, we thank you very much for giving us an opportunity to revise our manuscript, we appreciate editor and reviewers very much for their positive and constructive comments and ...

文章 hmmsearch搜索蛋白保守结构域结果说明

如果是用hmmsearch命令查询我们序列中的保守结构域： hmmsearch --domtblout hmm_WRKY.txt --cut_tc WRKY.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa target length是我们输入序列总长度；query length 输入的查询序列也就是蛋白结构域的总长度；筛选的时...

文章 GEO数据库之芯片数据下载

...的数据信息，它只能是单一平台的数据，往往，GSE 和GDS中会包含多个GSM数据； 一个GPL Accession，则对应一个platform信息。 R包安装与加载 GEOquery ## try http:// if https:// URLs are not supportedsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("GEOq...