问题 请问，在做WRKY基因家族分析提取结构域序列的时候perl script/domain_xulie.pl WRKY_hmm_out.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa WRKY_domain.fa 1.2e-28；有必要提取第二个domain吗

问题 各位大佬好！我在筛选一批转录组数据里的差异基因时，当进行到构建dds对象的时候，r语言出现以下报错，说“一些值不是整数”，当我上网查这个错误的时候，有人说是“数据已进行归一化，无法进行DESeq2分析”，请问各位大佬，还有什么解决方法嘛？？谢谢谢谢

问题 R语言分析GEO数据，您好老师，19年参加培训的时候就是用的R3.6.1，自己运行出现如下报错

> boxplot(AffyBatch,col = cols,xaxt="n") Error in getCdfInfo(object) : Could not obtain CDF environment, problems encountered: Specified environment does not contain HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(Bi...

文章 linux命令详解之ls

...命令。ls命令的输出信息可以进行彩色加亮显示，以分区不同类型的文件。 语法ls（选项）（参数）选项-a：显示所有档案及目录（ls内定将档案名或目录名称为“.”的视为影藏，不会列出）； -A：显示除影藏文件“.”和“..”...

文章 PLoS One好投吗？听说必须要提供WB原始数据？

...能中？只能说too naive！！ PLoS One：请各位注意，我已经不那么水了! 其实，PLoS One一直算是一个比较有“原则”的期刊，原因有三： 1，对于伦理审核的要求极高，对非商业化的细胞系、潜在的生物安全和现场调查等都有自己...

文章 紧扣前沿热点--多种研究培训，总有你需要的！

...员处理数据的能力不足之间的矛盾。所以，谁会生物信息分析，谁能处理基因数据谁就是课题组最靓的仔！ 今年暑期（7月底开始）组学大讲堂为大家准备了丰富多样的线下和直播培训内容，早报名可享受早鸟价优惠！ 学习...

问题 老师您好！用meme分析motif时，输入/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../WRKY_pep_confirmed.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 100命令后显示zsh：no such file ordi

问题 基因重叠问题

老师，我在做基因家族分析的时候，发现鉴定出来的两个基因有重叠区域（重叠区域占了80%，两个基因的结构域也在这个重叠区域），并且去查看了基因组的注释信息，发现确实有重叠，当然这两个基因并不是可变剪接类型。这...

文章 好用的perl模块推荐

...>mkpath; 删除也同样有很多功能可以高效化你的脚本而不需要每次都判断 # 删除空目录或文件，如果目录不为空，这个方法将会失败。path("path/to/your/file.txt")->remove;# 删除一个非空目录及其内容path("path/to/your/directory")->remov...

问题 绘制火山图时出错

分析的文件样本数很少（个位数）。样本数多的文件，分析就不会报错。所以这个应该怎么改呢（我前一段时间做都不会报错，难道是数据需要更新？）

问题 转录组怎么和BSA结果联系起来？

转录组结果和BSA结果是否可以互相联合起来分析，怎么分析？

问题 不同物种构建进化树

不同物种做同一个基因同源基因的进化树的时候，是所有基因一起进行进化分析，还是每一个物种单独分析之后再把图汇总到一起？如果一起做的话，不同物种之间的基因会交叉出现在进化树上，这样可以吗？

文章 R| set.seed()作用使随机结果具有复现性

...，rnorm()函数为随机生成多个随机数，每次使用都会得到不同的结果 > rnorm(3) [1] -2.0235077 0.3552526 0.6239982 > rnorm(3) [1] 1.101044 -1.297740 1.717356 如果我们想要让结果复现的话，就需要设定生成随机数的种子 > set.seed(1)    #...

文章 TCGA的ENSEMBL编号转换成gene symbol

TCGA 数据库中的基因编号采用的Esembl 的编号，但是有些分析软件，需要输入的基因编号是 gene symbol ，这就需要将Esemble 的ID 转换成gene symbol  。 今天介绍采用clusterProfiler 进行转换： # 加载相关软件包 > library(clusterProfiler) > ...

问题 尊敬的老师！！恳请您在百忙中帮忙解答！根据群体遗传进化课程我构建进化树，显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序，。排序后VCF文件缩小了很多，是对的吗？是不是我的vcf文件有问题，但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的，急需亲爱的老师们解答！！！

run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF